一、整合素与信号转导（论文文献综述）
崔学磊[1]（2021）在《乳腺癌扩增序列BCAS1调控人左脑认知网络计算》文中指出本文构建了人左脑乳腺癌扩增序列（BCAS1）反馈/上/下游激活和抑制的分子及知识网络,其与认知密切相关。本文通过整合GRNInfer和DAVID,基于BCAS1反馈/上/下游激活和抑制不同分子的共同知识,提出BCAS1调控人左脑认知的新系统机制并完成的多重亚网验证如下:整合BCAS1上游激活、下游激活癌症通路,本文提出并验证BCAS1的癌症通路诱导人左脑认知,通过其上游激活内分泌和中枢神经系统|细胞外空间|鞘脂信号转导通路|细胞运动|粘着斑存在于ZFP36L2,DDIT4,LGALS3BP亚网;或下游激活β连环蛋白结合|成神经细胞增殖的负调节|间隙连接组装|轴突再生|细胞间粘附信号转导|肌动蛋白细胞骨架存在于HSPA2,AF016004亚网。（1）BCAS1正自反馈激活癌症通路通过内分泌和中枢神经系统|细胞外空间|鞘脂信号转导通路|细胞运动|粘着斑| β连环蛋白结合|成神经细胞增殖的负调节|间隙连接组装|轴突再生|细胞间粘附信号转导|肌动蛋白细胞骨架影响认知并正向验证。（2）BCAS1正自反馈抑制蛋白激酶活性;其反馈和下游抑制蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性;其反馈和下游抑制肽基丝氨酸磷酸化;其上游和下游抑制大脑发育;其上游和反馈抑制细胞周期以负向验证。（3）通过BCAS1不同游的负自反馈激活或抑制网络,提出BCAS1限速MAPK、血管内皮生长因子受体、FCε受体、小GTP酶介导的信号转导,凋亡过程的正负调节,血小板活化,DNA模板化转录的调节、蛋白激酶、未折叠的蛋白和ATP结合,结构分子活性,内吞作用,胞液以负向验证。综上,本文提出并验证了 BCAS1影响认知的新系统机制。而这个新系统分析为人左脑认知理论和应用研究增加了新的内容,为人左脑认知机制的研究提供了重要的理论基础并具备应用价值。
赵巧君[2]（2021）在《蛋白质相互作用网络定向算法的研究》文中研究表明蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction,PPI）网络中的生物信号转导在生命活动中占有非常重要的地位,影响着生物体的大部分生理活动。蛋白质间信号转导方向的研究,有助于理解和预测细胞对各种信号的反应、细胞内基因和蛋白质的功能、内环境稳态机制等。近几年,随着生物信息学的广泛应用,蛋白质相互作用的数量和质量有了显着的提高,但是这些PPIs缺乏信号传导的方向信息,尤其是针对复杂的人类PPI。本研究为区分有向的PPI和无向的PPI并预测有向的PPI间信号流方向性,提出了一个结合蛋白质语义相似性和重叠聚类的网络传播算法来定向人类蛋白质相互作用网络,具体研究工作内容如下:首先,本文构建了一个无向的VEGF信号转导网络,在网络传播算法的基础上,结合蛋白质语义相似度,研究网络传播算法在区分有向和无向的PPI以及定向有向PPI信号流的性能。结果分析表明:虽然网络传播算法可定向蛋白质相互作用网络,但是在区分有向和无向的PPI方面存在缺陷。然后,针对算法的缺陷,将聚类算法和网络传播算法相结合,并用于人类整合素介导的蛋白质相互作用网络,获得了484个无向的PPIs和682个有向的PPIs及其信号流的方向性;为评估改良后的算法,分别对预测的有向PPI和预测的无向PPI进行评估,并与原方法进行了比较,获得较优越的结果;利用广度优先搜索算法,从定向的整合素介导的PPI网络中提取了部分信号转导通路,对提取的有向通路进行分析。最后,本文扩展了人类整合素介导的蛋白质相互作用网络,构建了一个由473个蛋白质组成的PPI网络。在这个网络中,定向算法获得了1664对无向的PPIs和2556对有向的PPIs。为了评估网络的定向结果,利用GO功能富集分析评估了无向PPI;利用ROC曲线评价有向PPI的信号流方向性,并将结果与基于最短路径的方法进行比较,证明了本研究方法的可靠性。综上所述,本研究提出了一个定向人类蛋白质相互作用网络的算法,该算法区分了网络中无向的PPI和有向的PPI,并为有向的PPI进行了信号流的定向。这些方向信息不仅为挖掘新的信号转导通路提供依据,而且有助于促进基因组相关疾病的研究进展,协助开发药物,研究信号转导途径未知调节剂等。
苏骁男[3]（2021）在《纤维连接蛋白额外结构域A促进肝纤维化及血管异常增生的作用与机制研究》文中研究指明研究背景肝纤维化是众多慢性肝脏疾病发生发展中重要的病理过程,其主要表现为肝脏内纤维结缔组织的异常沉积和病理性的血管增生。在各种慢性损伤因素的持续刺激下,肝纤维化会逐渐向肝硬化发展,进而引起肝门静脉高压、食管静脉曲张等一系列严重并发症。肝纤维化肝硬化在发达国家中造成的死亡率高达约45%,尽管有证据表明早期及时地对其进行干预可以缓解甚至逆转肝纤维化肝硬化,但临床上目前仍然缺乏统一规范的治疗方案。因此,进一步探究肝纤维化的发病机制,研发新的肝纤维化治疗靶点,对临床有着重要的指导意义。肝纤维化的发病机制主要包括两个方面。一方面,肝星状细胞在各种刺激下持续活化,分泌大量细胞外基质,造成纤维结缔组织过度沉积,导致肝脏硬度升高,压迫正常肝脏组织。另一方面,肝窦内皮细胞的活化导致肝内血管病理性增生血管网络发生重构,引起肝内血管阻力增加,进而影响正常肝脏血供,引起门脉高压。肝内血管异常增生对肝纤维化的发生发展有着重要的促进作用,有研究表明在肝纤维化早期利用特异性抗血管药物可以抑制肝纤维化的发展,但其具体机制目前还有待进一步的研究。纤维连接蛋白（Fibronectin）作为细胞外基质的重要组成成分,其包含有额外结构域 A 的 RNA 剪接体 FN-EDA（Fibronectin containing Extra Domain A）特异性表达在胚胎早期,以及特定的病理环境中。FN-EDA在包括肺、肾脏、皮肤、肝脏、骨髓在内的多种组织器官的纤维化中都扮演了重要的角色,但其具体机制目前尚未完全阐明。在肝纤维化中,早期研究提示FN-EDA参与了星状细胞的活化;但近期研究表明,FN-EDA主要影响了肝星状细胞的迁移能力而对于星状细胞的活化影响有限。肝内血管病理性异常增生作为肝纤维化过程中的重要部分,目前被认为是治疗肝纤维化的一个重要靶点。尽管FN-EDA在胚胎阶段参与了心血管系统的发生,并且有研究指出其促进了视网膜血管的生成,但FN-EDA在包括肝纤维化在内的一系列纤维化疾病中,对血管异常增生的影响以及其分子机制,目前尚未见报道。综上,本研究主要分为三个部分。第一部分利用临床标本、小鼠肝纤维化模型以及体外细胞共培养模型,深入探讨了 FN-EDA在肝纤维化中与肝内血管增生的关系以及作用效应。第二部分通过细胞实验和动物模型,深入探究了 FN-EDA促进肝纤维化血管增生的主要通路和具体调控机制。第三部分通过动物实验初步探究FN-EDA与其受体的特异性阻断剂Irigenin对肝纤维化血管增生潜在的治疗作用。本研究从崭新的角度揭示FN-EDA促进肝纤维化发生发展的相关机制,为肝纤维化的临床治疗策略提供了潜在的靶点以及相应的理论基础。第一部分星状细胞上的FN-EDA促进肝纤维化及血管异常增生研究目的FN-EDA在纤维化疾病中发挥着重要作用,但其在纤维化中对血管异常增生的影响尚不明确。本研究旨在探究FN-EDA与肝纤维化及血管异常增生的关系。研究方法1.检测FN-EDA在肝纤维化样本中的表达水平运用RT-qPCR检测临床肝纤维化患者以及正常人的肝脏组织中FN-EDA mRNA的表达水平,运用免疫蛋白印迹实验与免疫组织化学染色检测纤维化患者及正常人群肝脏组织中FN-EDA表达水平和定位情况,并进行统计分析。2.检测纤维化肝组织中FN-EDA与血管标志物CD31的表达并分析其相关性运用RT-qPCR检测临床肝纤维化患者的肝脏组织中FN-EDA与CD31的表达水平;运用免疫组化检测患者以及造模小鼠肝纤维化肝组织中FN-EDA与CD31的表达水平和定位情况,量化统计后进行相关性分析。3.研究FN-EDA对肝纤维化血管异常增生的促进作用通过组织免疫荧光双染实验明确FN-EDA的主要来源（星状细胞）后,体外实验构建抑制FN-EDA表达的星状细胞。同时利用共培养体系,检测星状细胞在敲低FN-EDA前后对内皮细胞成管以及迁移功能的影响。同时利用FN-EDA特异性阻断抗体,进一步验证FN-EDA在该过程中的作用。4.在FN-EDA抑制的小鼠模型中检测肝纤维化及肝内血管增生情况利用带有FN-EDA shRNA的腺相关病毒AAV9,构建FN-EDA敲低的小鼠肝纤维化模型。利用冰冻切片组织免疫荧光实验以及Western blot检测CD31以及α-SMA的表达水平和分布情况。研究结果1.FN-EDA在肝纤维化肝组织中的表达水平显着升高通过RT-qPCR、Western blot、免疫组化检测FN-EDA在纤维化肝组织及正常肝组织中的表达水平。结果显示,与正常肝组织相比,纤维化肝组织中的FN-EDA的表达水平显着升高,并且主要定位在纤维化肝组织的窦间隙附近。2.在肝纤维化中FN-EDA与肝内血管增生正相关通过RT-qPCR及免疫组化检测FN-EDA以及血管标志物CD31在纤维化肝组织中的mRNA水平。结果显示,在纤维化肝组织中FN-EDA与CD31的表达呈显着正相关。同时利用四氯化碳构建小鼠肝纤维化模型,每隔两周取造模小鼠的肝组织,免疫组化检测FN-EDA与CD31在肝组织中的表达情况。结果显示,随着造模时间的延长,FN-EDA与CD31的表达呈现升高趋势,且两者的变化情况存在同步性。3.星状细胞表达的FN-EDA促进了血管增生通过免疫荧光双染实验检测小鼠纤维化肝组织中FN-EDA与星状细胞标志物α-SMA、肝细胞标志物白蛋白、内皮细胞标志物CD31的共定位情况。结果显示FN-EDA的定位主要和α-SMA重合,提示FN-EDA主要来源于星状细胞。因此我们利用Transwell细胞培养板将LX-2星状细胞与HUVEC、SK-hep1以及人原代HSEC进行共培养,期间敲低LX-2中的FN-EDA或预先加入FN-EDA特异性中和抗体IST-9及3E2,然后进行成管和迁移实验。结果显示,敲低LX-2中FN-EDA或预先加入上述中和抗体显着抑制共培养条件下内皮细胞的成管长度及迁移数目。4.敲低FN-EDA抑制了小鼠模型中的肝纤维化及血管增生水平在四氯化碳诱导的C57BL/6小鼠肝纤维化造模过程中,利用带有FN-EDA shRNA的AAV9通过尾静脉注射方式敲低小鼠肝脏中的FN-EDA。通过组织免疫荧光以及Western blot检测FN-EDA的敲低情况以及相应小鼠肝脏中CD31和α-SMA的表达情况。结果显示,与对照组相比,四氯化碳诱导的小鼠纤维化肝脏中的FN-EDA,α-SMA与CD31表达水平显着提高;敲低FN-EDA的表达显着抑制了肝纤维化中α-SMA与CD31的表达。提示FN-EDA参与了肝纤维化及血管增生。第二部分肝纤维化中FN-EDA通过整合素激活VEGFR2促进血管异常增生研究目的FN-EDA在肝纤维化中促进了血管异常增生,但其具体作用机制尚不明确。本研究旨在研究FN-EDA促进了血管异常增生的具体机制,为肝纤维化抗血管增生治疗提供潜在靶点。研究方法1.探究FN-EDA对VEGFR2的调控效应运用Western blot分别检测:利用AAV-9敲低小鼠体内FN-EDA并进行肝纤维化造模后,小鼠肝脏中的VEGFR2磷酸化水平;敲低LX-2星状细胞中的FN-EDA后,共培养条件下HUVEC与HSEC的VEGFR2磷酸化水平;以及利用FN-EDA特异性中和抗体阻断后内皮细胞的VEGFR2的磷酸化水平。并进行统计分析。另外,利用VEGF与VEGFR2的特异性阻断剂ZM323881与FN-EDA共同或单独刺激HUVEC,检测内皮细胞VEGFR2磷酸化水平的变化。2.探究EDA片段自身对内皮细胞的活化作用分别利用不含有EDA片段的FN,全长的FN-EDA蛋白以及重组EDA片段蛋白刺激HUVEC以及HSEC,检测在不同刺激下两种内皮细胞的成管与迁移能力以及内皮细胞VEGFR2相关通路的变化。3.探究FN-EDA作用于内皮细胞的特异性受体利用FN-EDA与TLR4的抑制剂Restorvid以及FN-EDA与整合素的抑制剂Irigenin分别预处理后再用FN-EDA刺激HUVEC与HSEC,检测在阻断不同受体后两种内皮细胞的成管与迁移能力以及内皮细胞VEGFR2相关通路蛋白磷酸化的变化。利用不同的整合素中和抗体anti-α4、anti-α9、anti-β1和对照IgG预处理后再用重组EDA蛋白刺激HUVEC与HSEC,检测在阻断不同整合素亚基后两种内皮细胞的成管与迁移能力以及内皮细胞VEGFR2相关通路的变化。4.探究CD63是否介导了 FN-EDA刺激下整合素到VEGFR2之间的信号转导4.1检测FN-EDA是否通过反式激活作用促进了 VEGFR2的磷酸化利用FN-EDA与整合素的抑制剂Irigenin预处理后再加入FN-EDA共同刺激HUVEC,通过Western blot检测整合素下游FAK、Src的磷酸化水平变化。并利用Src磷酸化抑制剂SU6656预处理后再加入FN-EDA共同刺激HUVEC,通过Western blot检测阻断Src后FN-EDA对VEGFR2磷酸化的影响。4.2检测CD63是否参与了整合素与VEGFR2共受体的形成利用带有Flag标签的重组EDA蛋白刺激HUVEC后,用相应标签抗体进行蛋白免疫共沉淀实验。通过Western blot检测与重组EDA蛋白结合的膜蛋白复合物,观察VEGFR2、整合素β1与CD63三者的结合情况。4.3抑制或过表达CD63后检测FN-EDA对整合素下游通路及VEGFR2磷酸化水平的影响在HUVEC中利用lipo3000单独转染CD63 siRNA或先后转染CD63 siRNA和CD63过表达质粒后,用FN-EDA继续刺激6小时。随后利用Western blot检测整合素下游FAK和Src以及VEGFR2磷酸化水平的变化。4.4抑制或过表达CD63后检测FN-EDA对内皮细胞功能的影响在HUVEC中利用lipo3000单独转染CD63 siRNA或先转染CD63 siRNA,24小时后转染CD63过表达质粒,72小时后用FN-EDA继续刺激6小时,检测在敲低或敲低后过表达CD63的情况下,FN-EDA对HUVEC的成管和迁移能力的影响。4.5检测CD63在肝纤维化中的表达水平及分布情况利用免疫组化检测纤维化肝组织中CD63的表达水平以及分布情况。利用免疫荧光双染检测CD63与内皮细胞标志物CD31的共定位情况。研究结果1.FN-EDA促进了内皮细胞上VEGFR2磷酸化与正常肝组织相比,纤维化肝组织中的VEGFR2磷酸化水平显着升高;敲低小鼠肝脏中的FN-EDA显着抑制了纤维化肝组织中的VEGFR2磷酸化水平。敲低LX-2星状细胞中的FN-EDA后显着抑制共培养条件下HUVEC以及人原代HSEC上的VEGFR2磷酸化水平。FN-EDA特异性中和抗体IST-9、3E2显着抑制共培养条件下HUVEC以及人原代HSEC上的VEGFR2磷酸化水平。Western blot显示FN-EDA敲低后的LX-2星状细胞中VEGF的表达水平有一定降低。因此利用VEGF与VEGFR2的特异性阻断剂ZM323881与FN-EDA共同或单独刺激HUVEC,检测内皮细胞VEGFR2磷酸化水平的变化。结果显示,ZM323881只能轻微抑制FN-EDA促进的VEGFR2磷酸化。以上结果提示FN-EDA可以以VEGF非依赖的方式促进VEGFR2磷酸化。2.EDA片段自身可以促进内皮细胞激活以及VEGFR2磷酸化分别利用不含有EDA片段的FN,全长的FN-EDA蛋白以及重组EDA片段蛋白刺激HUVEC以及HSEC,检测在不同刺激下内皮细胞成管和迁移能力的变化以及VEGFR2相关通路蛋白的磷酸化情况。结果显示,FN-EDA以及重组EDA蛋白显着促进内皮细胞的成管长度与迁移数目,以及VEGFR2、PI3K、AKT、PLCγ和ERK的磷酸化。3.FN-EDA通过整合素受体促进VEGFR2磷酸化3.1阻断FN-EDA与整合素结合显着抑制内皮细胞激活以及VEGFR2磷酸化利用FN-EDA与整合素的抑制剂Irigenin以及与TLR4的抑制剂Restorvid预处理后再用FN-EDA刺激HUVEC与HSEC,检测两种内皮细胞的成管长度和迁移数目。结果显示,加入Irigenin显着抑制内皮细胞的成管长度和迁移数目以及VEGFR2磷酸化,而Restorvid几乎对此没有作用。上述结果提示FN-EDA主要通过整合素受体影响内皮细胞功能及VEGFR2的激活。3.2 FN-EDA主要通过整合素β1促进内皮细胞的激活分别利用不同的整合素中和抗体anti-α4、anti-α9、anti-β1和对照IgG与重组EDA蛋白共同刺激HUVEC与HSEC,检测在阻断不同整合素下两种内皮细胞的成管长度、迁移能力以及VEGFR2的磷酸化水平。结果显示,anti-α4、anti-β1显着抑制FN-EDA促进的内皮细胞成管能力,而anti-α9并无明显抑制作用;anti-α9、anti-β1 显着抑制 FN-EDA 促进的内皮细胞成管能力,而 anti-α4 并无明显抑制作用;anti-α4、anti-α9、anti-β1抑制FN-EDA促进的VEGFR2磷酸化水平,其中anti-β1作用尤为显着。以上结果提示整合素β1为FN-EDA激活内皮细胞最重要的整合素。4.FN-EDA通过整合素激活VEGFR2依赖于CD634.1 FN-EDA通过整合素下游Src反式激活作用VEGFR2磷酸化利用FN-EDA与整合素受体抑制剂Irigenin共同或单独刺激HUVEC,Western blot检测整合素下游FAK、Src的磷酸化水平。结果显示,FN-EDA可以显着促进FAK、Src的磷酸化,Irigenin抑制了该促进作用。接着利用FN-EDA与Src磷酸化阻断剂SU6656共同或单独刺激HUVEC,Western blot检测,Src以及VEGFR2的磷酸化水平。结果显示,抑制Src磷酸化后,FN-EDA促进的VEGFR2磷酸化得到抑制。4.2 CD63参与了整合素与VEGFR2共受体的形成利用带有Flag标签的重组EDA蛋白刺激HUVEC后,用相应标签抗体进行蛋白免疫共沉淀实验。Western blot检测与重组EDA蛋白结合的蛋白复合物中,相应蛋白的水平。结果显示,VEGFR2、整合素β1与CD63可以在与EDA结合的蛋白复合物中检测到,提示CD63参与了整合素β1与VEGFR2共受体的形成。4.3 CD63介导了 FN-EDA刺激下整合素到VEGFR2之间的信号转导利用CD63 siRNA和CD63过表达质粒,在HUVEC中敲低或敲低后过表达CD63,随后用FN-EDA进行刺激,Western blot检测整合素下游FAK和Src以及VEGFR2的磷酸化水平。结果显示,敲低CD63可以显着抑制FN-EDA刺激的VEGFR2磷酸化水平升高,但对FN-EDA刺激的整合素下游FAK和Src的磷酸化水平无明显抑制作用,并且敲低后再过表达CD63可以恢复VEGFR2的磷酸化水平。提示CD63介导了 FN-EDA刺激下整合素到VEGFR2的信号转导。4.4敲低CD63抑制了内皮细胞的成管和迁移功能利用CD63 siRNA和CD63过表达质粒,在HUVEC中敲低或敲低后过表达CD63,随后用FN-EDA进行刺激,进行成管和迁移实验。结果显示,敲低CD63可以显着抑制FN-EDA促进的内皮细胞的成管长度和迁移数目,再次过表达CD63上述抑制效应解除。4.5在肝纤维化中CD63高表达于肝窦内皮细胞通过免疫组化实验检测小鼠纤维化与正常肝组织中CD63的表达情况。结果显示,与正常肝组织相比,CD63的在纤维化肝组织中表达显着升高,并且主要表达在肝窦部位。利用免疫荧光双染实验检测CD63与内皮细胞标志物CD31共定位情况,结果显示CD63主要表达部位定位在内皮细胞上。第三部分FN-EDA阻断剂Irigenin抑制了小鼠肝纤维化及血管增生研究目的我们前期研究证实了 FN-EDA在肝纤维化中通过整合素激活了 VEGFR2促进了血管增生。Irigenin作为FN-EDA与整合素特异性的阻断剂,体外实验证实了其可以抑制FN-EDA促进的内皮细胞激活。本部分旨在探究FN-EDA 阻滞剂Irigenin作为潜在抗纤维化及血管增生的药物价值。研究方法1.构建阻断FN-EDA与整合素结合的小鼠肝纤维化模型通过向健康的6周龄C57BL/6小鼠腹腔注射四氯化碳的方式构建小鼠肝纤维化模型,从造模的第2周开始,每两天一次,以5mg/kg的剂量,用FN-EDA与整合素的阻断剂Irigenin对小鼠进行灌胃给药。2.Irigenin阻断FN-EDA与整合素后检测小鼠肝纤维化中血管增生的水平取造模6周的小鼠肝脏,用1%OsO4固定制片后,利用透射电子显微镜观察并记录肝窦内皮细胞窗孔结构的大小和数量以及基底膜的厚度;运用Western blot检测阻断FN-EDA与整合素小鼠肝纤维化造模后肝脏VEGFR2磷酸化水平;运用免疫组化检测肝脏组织中CD31的表达水平,并进行统计学分析。3.Irigenin阻断FN-EDA与整合素后检测小鼠肝纤维化的水平取造模6周的小鼠肝脏,石蜡包埋制片后,HE、Masson染色检测肝纤维化水平,免疫组化检测α-SMA的表达水平,并进行统计学分析。4.在不同时间点检测Irigenin阻断FN-EDA与整合素后小鼠肝纤维化及血管增生的情况利用上述造模方法,持续造模10周。每两周收集一批肝脏组织,进行Masson染色以及免疫组化检测α-SMA、CD31的表达,并进行统计学分析。研究结果1.Irigenin抑制了小鼠肝纤维化模型中的肝内血管增生收集造模6周的肝脏组织,利用透射电子显微镜拍摄肝窦内皮细胞的形态学变化。结果显示,与对照组相比,纤维化组中的肝窦内皮细胞窗孔大小和数量明显减少,基底膜显着增厚。给予Irigenin有效地减少肝窦内皮的激活,保留了窗孔结构,减少了基底膜的形成。通过Western blot检测小鼠肝脏VEGFR2磷酸化水平,进行统计分析。结果显示,给予Irigenin显着抑制了纤维化肝组织中的VEGFR2磷酸化水平。通过免疫组化检测CD31的表达,结果显示,Irigenin有效地减少了肝脏CD31的水平。2.Irigenin抑制了小鼠肝纤维化模型中的肝脏纤维化水平收集造模6周的肝脏组织进行HE染色、马松染色以及免疫组化检测α-SMA。结果显示,给予Irigenin显着抑制了纤维化肝组织中炎性细胞的浸润、纤维结缔组织沉积以及α-SMA的表达。3.Irigenin主要在肝纤维化早期抑制了肝脏血管增生以及纤维化水平从造模第二周开始,每两周收集一批上述肝脏组织进行马松染色,以及免疫组化检测α-SMA与CD31,持续10周。结果显示,Irigenin可以有效抑制小鼠体内的血管增生,但其对肝脏纤维化的抑制效果主要发生在纤维化早期,到了纤维化晚期该抑制作用出现减弱。研究结论1.通过对肝纤维化临床标本,小鼠肝纤维化模型的研究,证实了 FN-EDA在肝纤维化中促进了肝内血管的异常增生。2.在肝纤维化中,星状细胞来源的FN-EDA通过旁分泌作用促进了内皮细胞的血管增生功能。FN-EDA可以通过整合素受体,尤其是整合素β1,在CD63的介导下以VEGF非依赖的方式激活VEGFR2,促进内皮细胞活化。3.体内实验证实阻断FN-EDA和整合素结合可以有效地缓解肝纤维化血管增生的进程。
王超[4]（2021）在《过度压缩应力通过p38/NF-κB调控髓核细胞退变的机制及椎间盘蠕变特性研究》文中研究指明研究背景和目的全球范围内,下腰痛（low back pain,LBP）是引发劳动能力丧失的首要原因,而椎间盘退变（intervertebral disc degeneration,IVDD）导致的盘源性腰痛是LBP最常见的类型。应力负荷是IVDD的始动条件,过度应力的作用下,椎间盘细胞外基质（Extracellular matrix,ECM）产生重构,表现为合成代谢减弱而分解代谢增强,包括髓核部分聚蛋白聚糖（Aggrecan,AGG）、Ⅱ型胶原（typeⅡcollagen,ColⅡ）和组织金属蛋白酶抑制剂（Tissue inhibitors of metalloproteinases,TIMP）-1减少,基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinases,MMP）-3增多,同时还伴随炎症因子以及环氧合酶（Cyclooxygenase,COX）-2的表达增多,引起髓核组织含水量降低,严重时出现纤维环撕裂以及终板软骨钙化,随之而来的椎间盘内压下降导致椎间盘生物力学性能的改变以及承担应力的作用下降,这又进一步加剧了过度应力下椎间盘ECM的代谢失衡,形成“恶性循环”,最终导致出现LBP或下肢放射痛等IVDD相关的临床表现。髓核细胞（nucleus pulposus cells,NPCs）感受外界机械刺激并产生生物学效应的具体机制尚不明确。研究表明,整合素受体能够感受外界的机械刺激信号,过度应力下整合素α5β1的表达明显升高,且其下游的p38磷酸化水平显着提高,另外有报道显示过度应力可以通过核转录因子κB（nuclear transcription factor kappa B,NF-κB）介导引发髓核ECM的重构,所以我们推测过度应力可以通过整合素/p38/NF-κB信号通路导致髓核细胞退变。另外,黏弹性是椎间盘重要的生物力学性能,表现为应力下椎间盘形变与时间成非线性关系的蠕变过程,椎间盘含水量是其重要的结构基础,故本课题认为椎间盘黏弹性质受到退变程度的显着影响。我们首先通过构建过度应力导致IVDD的动物模型以及人NPCs体外加压细胞实验,探究了应力导致髓核退变的机制并在细胞层面进行验证,阐明该机制有助于寻找新的治疗靶点,从而延缓应力下椎间盘退变的过程。而后本研究进行了不同退变程度椎间盘在不同模式应力下的蠕变实验,阐述了椎间盘ECM发生退变后对其黏弹性质的影响。本课题在描述IVDD“恶性循环”过程的基础上,也有助于更好地理解盘源性腰痛的发病过程。第一部分过度压缩应力致大鼠尾椎间盘退变及其机制方法:（1）借助尾椎外固定加压装置（Ilizarov-type apparatus）构建大鼠Co5～Co7椎间盘退变动物模型,其中实验组给与1.3MPa的压缩应力,对照组不加压,同等条件下饲养1个月;（2）通过X线和核磁共振成像（magnetic resonance imaging,MRI）检查,测定加压前后椎间隙高度指数（disc height index,DHI）变化百分比（%DHI）以及T2像信号强度值,确定椎间盘退变程度及模型有效性;（3）通过HE染色及番红O-固绿染色对取出的椎间盘组织形态进行观察,计算其退变程度Yurube评分;（4）进行免疫组织化学（Immunohistochemistry,IHC）染色,观察髓核退变指标的表达情况,包括AGG、ColⅡ、MMP-3、TIMP-1和COX-2,同时观察整合素α5β1的表达情况;（5）提取髓核组织的总RNA和总蛋白,应用实时荧光定量聚合酶链反应（quantitative real-time polymerasechain reaction,q RT-PCR）和蛋白免疫印迹法（Western-Blot,WB）再次检测髓核退变指标及整合素α5β1的表达情况以及信号通路关键分子p38和NF-κB的磷酸化水平。结果:（1）成功构建应力致大鼠尾椎间盘退变动物模型,其中对照组和实验组各20只大鼠;（2）X线检查表明,加压前后对照组和实验组大鼠Co5/6、Co6/7的%DHI分别为（95.66±4.76）%VS（54.76±8.92）%、（94.34±4.57）%VS（51.36±9.70）%,T2像髓核部分信号强度值分别为（1360.8±182.4）VS（470.1±279.8）、（1367.0±146.8）VS（527.5±275.9）,差异均有统计学意义（P<0.05）;（3）HE染色、番红-固绿染色显示实验组椎间盘组织形态学发生明显退变,对照组和实验组的Yurube评分分别为（4.40±0.63）和（11.55±0.55）,差异有统计学意义（P<0.05）;（4）IHC染色结果表明实验组髓核组织中ColⅡ、AGG和TIMP-1的含量明显减少,而COX-2和MMP-3的含量明显增多,同时整合素α5β1的表达明显增多;（5）q RT-PCR及WB检测同样显示了髓核退变指标和整合素α5β1的变化,另外WB检测结果显示p38和NF-κB的磷酸化水平明显上升。结论:应用尾椎外固定加压装置成功构建了过度压缩应力致椎间盘退变的动物模型,且整合素α5β1、p38和NF-κB在过度应力致髓核退变过程中发挥了关键作用。第二部分周期性压缩应力调控髓核细胞退变的机制研究方法:（1）采集Pfirrmann分级≤Ⅲ级患者的术中椎间盘标本,提取髓核细胞并进行传代培养;（2）制作髓核细胞/琼脂糖复合体,并进行1周的培养;（3）对复合体进行细胞活力检测以及IHC检测,观察髓核细胞活性以及其中ColⅡ和AGG的表达情况,确认复合体有效性;（4）使用细胞应力加载系统（Flexercell,FX-5000C,美国）对髓核细胞/琼脂糖复合体施加不同大小的周期性压缩应力,频率为1Hz,并持续2小时,分组情况如下。A组:对照组;B组:适度压力组,0.3MPa;C组:过度压力组,1.3MPa;D组:过度压力+GRGDSP,1.3MPa,加压前1h向培养孔板中加入整合素受体阻滞剂（GRGDSP）50μg/m L;E组:过度压力+SB203580,1.3MPa,加压前1h向培养孔板中加入p38抑制剂（SB203580）5μM。（5）应用q RT-PCR及WB方法分别测定不同分组髓核细胞退变指标、整合素α5β1表达以及p38和NF-κB磷酸化水平的变化。结果:（1）成功制作髓核细胞/琼脂糖复合体,培养1周后细胞活力良好,并出现明显的ColⅡ和AGG表达;（2）适度压力下复合体内ColⅡ和AGG合成明显增多;（3）而过度压力下复合体内合成反应明显减少,分解反应明显增多,且出现炎性反应,具体表现为C组COX-2和MMP-3较B组明显增加,而AGG、Col II以及TIMP-1均明显减少;（4）与此同时,我们发现过度应力下髓核细胞整合素α5β1受体的表达明显增多,且p38和NF-κB出现明显活化;（5）加入GRGDSP后,D组髓核细胞退变程度较C组明显改善,活化的p38和NF-κB分子的比例显着下降;（6）加入SB203580后,E组髓核细胞退变程度较C组也有明显改善,活化的NF-κB比例同样显着下降。结论:适度应力促进髓核细胞合成代谢;过度应力能够通过整合素α5β1/p38/NF-κB信号通路导致髓核细胞退变,且整合素受体阻滞剂或p38抑制剂能够部分减轻这一效应。第三部分不同退变程度椎间盘在不同大小压缩应力下的蠕变特性方法:（1）应用新鲜胸腰椎尸体标本制作包含椎间盘和上下方各一半椎体的脊柱功能单元（functional spinal unit,FSU）作为实验试样,并进行MRI检查,确定椎间盘退变的Pfirrmann分级;（2）对退变程度不同的椎间盘施加同一模式的周期性压缩应力,通过蠕变的时间-应变曲线,应用三参数本构方程结合lsqcurvefit函数计算椎间盘的黏弹性参数;（3）对退变程度相似的椎间盘施加不同大小的压缩应力,观察其蠕变特性,绘制椎间盘蠕变的时间-应变曲线,同样的方法计算其黏弹性参数。结果:（1）成功制备生物力学实验所需要的FSU,核磁共振检查证实其Pfirrmann分级为Ⅰ级到Ⅴ级不等;（2）椎间盘退变等级提高后,相同模式应力下的蠕变应变明显增大,且计算得到的椎间盘黏弹性参数发生明显改变;（3）对于退变等级相似的椎间盘,所受应力增大时,椎间盘的应变明显增大,但计算得到的黏弹性参数无明显变化。结论:椎间盘的蠕变特性受到退变等级的明显影响,椎间盘的黏弹性质与其退变等级成反比,表明椎间盘退变后承受外界应力的能力下降;而在退变程度相似的情况下,应力大小虽然与椎间盘的蠕变应变有关,但并不影响其黏弹性质。小结本课题应用大鼠尾椎外固定加压构建过度应力下椎间盘退变的动物模型,初步探索了过度应力导致椎间盘退变的机制,实验表明过度应力下椎间盘髓核合成代谢减弱而分解代谢增强,且整合素α5β1、p38和NFκB在其中发挥重要作用。而后本课题进一步通过细胞应力加载系统对轻度退变椎间盘标本提取的人髓核细胞进行了不同模式的周期性应力加载。结果证实,过度应力可以通过髓核细胞整合素α5β1/p38/NF-κB信号通路的激活导致MMP-3和COX-2分泌增多且Col II和AGG合成减少,导致髓核细胞合成代谢减弱、分解代谢增强,并出现明显炎性反应,进而引起椎间盘退变。最后,通过生物力学实验对不同退变程度椎间盘在不同大小应力加载下的蠕变特性进行了研究,结果表明,椎间盘的退变导致其黏弹性显着下降,在同等应力下的形变明显增大,表明其承担应力的能力明显下降。本课题的研究阐述了过度应力引起髓核细胞退变的机制,而退变又使得椎间盘的黏弹性发生改变,导致其承受外界应力的能力降低,这又进一步加剧了应力下的椎间盘退变。本研究有助于完整理解IVDD的“恶性循环”以及LBP的发生过程,并寻找新的治疗靶点,从而延缓应力下椎间盘退变的过程。
付芳[5]（2020）在《微环境刚度调控间充质干细胞成骨成脂分化的分子网络机制》文中指出间充质干细胞是一种容易获得的成体干细胞来源。它们能够有效地分化成许多特化细胞谱系。它们被用于构建功能性器官或用于原位组织修复和再生。最近的研究表明,间充质干细胞向特化细胞的分化效率及其在损伤组织中的植入率太低,无法实现实质性的修复和再生。因此,寻找能够提高骨髓间充质干细胞分化成熟度的新方法,阐明其促进分化和再生的功能及机制,已成为再生医学研究的重要课题。力学信号是调控细胞命运的新方式,其中微环境刚度可以调控间充质干细胞的增殖和分化。目的:探讨微环境刚度指导间充质干细胞分化的信号转导机制。方法:分离、纯化并鉴定人骨髓间充质干细胞。依照不同比例,混合丙烯酰胺和双丙烯酰胺,制备13-16 k Pa和62-68 k Pa刚度的聚丙烯酰胺凝胶,分别模拟脂肪刚度和钙化前骨刚度。利用刚度诱导人骨髓间充质干细胞成脂成骨分化。利用i TRAQ蛋白质组学方法鉴定参与刚度引发的力学信号转导的蛋白质,并进行亚细胞结构定位、GO富集分析、KEGG富集分析、蛋白质结构域富集分析和网络分析。结果:1.利用全骨髓培养法获得人骨髓间充质干细胞。模拟脂肪刚度促进间充质干细胞成脂分化,模拟钙化前骨刚度促进间充质干细胞成骨分化。2.62-68 k Pa/13-16 k Pa的差异表达最高的蛋白是富含脯氨酸蛋白Bst NI亚家族3（proline-rich protein Bst NI subfamily 3,PRB3）。PRB3是富含糖基化的脯氨酸的糖蛋白。目前,没有PRB3参与力学信号转导的研究,预计可以成为下一步的实验验证的对象。3.62-68 k Pa/13-16 k Pa的差异表达蛋白集中分布在细胞核、细胞质、细胞膜和细胞外,说明从细胞核到细胞外的位置都参与了刚度引起的信号转导过程。62-68 k Pa/13-16 k Pa差异表达蛋白的GO富集分析提示:在细胞组成中,富集到组蛋白位点体、U2型剪接体、转录活跃染色质、前剪接体、U2 sn RNP、核斑点、剪接体tri-sn RNP复合体;在分子功能中,富集到核小体DNA结合、核小体结合、染色质DNA结合、DNA结合、磷脂酰肌醇二磷酸结合;在生物进程中,富集到RNA代谢过程、基因表达、DNA为模板转录、核酸为模板转录、RNA生物合成过程、核酸代谢过程、通过剪接体对m RNA剪接的负调控、从RNA聚合酶III启动子转录sn RNA、RNA代谢过程的调控、RNA剪接的负调控等。总差异蛋白与代谢过程相关,提示微环境刚度改变了细胞代谢,这与力学刺激改变新陈代谢是一致的。这些下调条目都与基因表达调控相关,主要发生在转录调控水平。提示在62-68 k Pa上,细胞的转录调控全面下调。4.62-68 k Pa/13-16 k Pa的差异表达蛋白富集到成骨细胞的命运承诺和脂肪组织发育,与间充质干细胞分化的结果是一致的。成骨分化SLC26A2、SMAD5、SH3PXD2B、BMP1、WWTR1、FAT4、PENK;成脂分化TBL1XR1、SH3PXD2B、SPG20。利用蛋白质相互作用网络预测到的关键基因DDX49、SNRPG、SF3A2、RRP9、LSM8、PTBP1、SRSF4、ELL、UPF3B、KLHL22,目前没有文献表明和力学刺激相关。可能在刚度指导间充质干细胞分化的信号转导中起关键作用。结论:1.微环境刚度控制间充质干细胞的命运,硬环境诱导间充质干细胞成骨分化,软环境诱导间充质干细胞成脂分化。2.蛋白组学数据支持微环境刚度控制间充质干细胞分化,转录调控、细胞代谢,Hippo通路和钙相关通路蛋白有望成为间充质干细胞成脂分化的新分子机制。
何美美,葛云霄,焦灿,陈卓,李雪莉,高冠赏,杜英[6]（2020）在《整合素胞内调控蛋白的分子特性与功能》文中进行了进一步梳理整合素（integrin）是一类重要的细胞表面黏附分子,由α和β亚基通过非共价键组成异源二聚体,对于免疫细胞的组织定位、凝血、癌细胞转移以及组织和器官的发育等都至关重要。整合素的胞内结构域通常很短,但是却可以结合多种细胞内信号蛋白,对整合素介导的"outside-in"和"inside-out"信号通路发挥重要作用。因此,筛选和鉴定可以特异性识别整合素胞内结构域的调控蛋白,对阐明整合素介导双向信号转导的机制尤为重要。该文系统地总结了可以分别结合整合素α亚基和β亚基的胞内调控蛋白,分别从各个蛋白的分子结构、在整合素胞内段的结合位点、调控机制以及生理和病理功能等方面做了详尽的阐释,并对整合素胞内调控蛋白的临床应用前景作出展望。
柳颖[7]（2020）在《杂交瘤细胞中百菌清特异性抗体基因的表达及调控机制》文中研究指明目前,农药残留问题仍然是食品安全领域的焦点问题,迫切需要建立快速、可靠的残留分析方法。免疫分析方法以其灵敏度高、检测迅速、易操作等特点,在快速诊断领域占有巨大市场。杂交瘤细胞作为制备免疫分析法的核心元件单抗的主要工程细胞,具有制备技术成熟、抗体表达量多、抗体特异性高等优势。本研究对体外培养条件下,杂交瘤细胞表达农药特异性抗体及其调控机制进行探究,为提高杂交瘤细胞的稳定性以及抗体表达量提供理论基础。研究内容与结果:（1）以百菌清（BJQ）特异性杂交瘤细胞为研究对象,表征了培养过程中出现不分泌特异性抗体的转阴现象,表现为增殖加快、不表达抗体轻链和/或重链蛋白,并对抗体基因及其转录表达进行比对分析,发现阴性细胞特异性抗体基因序列丢失或未丢失但表达量显着下调。（2）选择BJQ抗体基因表达量显着下调的对数生长期的D4细胞株与阳性细胞株E2进行转录组比较分析,发现D4癌基因Pet2上调,抑癌基因Lrig1下调;RNAi验证发现与囊泡转运相关基因Vapa、浆细胞分化关键因子Prdm1以及转录因子Foxb1与抗体表达显着相关。（3）利用CRISPR library对百菌清杂交瘤细胞进行全基因组基因编辑,利用农药压力筛选和流式分选方式对CRISPR敲除细胞文库进行抗体表达升高和降低的全生长周期细胞筛选,对富集的功能基因进行分析和归纳:调控杂交瘤细胞抗体表达的主要“油门”基因为抑癌基因Hivep3、Lrig1,MAPK通路基因Grap、Kras,转录调控因子Cebpb、Foxb1、Prdm1、Prdm2、Pax5,囊泡转运相关蛋白Rab12、Vapa、Vapb;主要“刹车”基因为促癌基因Pet2、Rad51、Rad50、Wnt2、Relb,抑制凋亡的基因Ucp2、Perp,促进周期进程的基因cdc25b、Id1、Plk2、Cdkl2,细胞周期进程中的周期蛋白和激酶,胞间信号传导相关的基因Rabgef1,MAPK及上游受体通路基因Rgs4、Gapt、Ralb、Rasef,PI3k/Akt通路中的基因Akt3。其中Foxb1、Prdm1、Vapa为si RNA干扰验证基因,与抗体表达成显着正向关,Pet2、Ccnd2为sh RNA干扰验证基因,与抗体表达呈显着负相关;并通过Erk/MAPK信号通路调控细胞周期和抗体基因表达。（4）对百菌清免疫各阶段的小鼠脾脏细胞进行转录组分析,发现百菌清刺激后,B细胞激活、增殖和分化为浆细胞的过程主要通过BCR级联的Ras-Erk/MAPK信号通路,启动细胞生长及抗体基因表达,与杂交瘤细胞主要通路一致。（5）对杂交瘤细胞抗体表达及调控机制进行归纳:杂交瘤细胞融合了B细胞表达特异性抗体的基因功能及SP2/0细胞不断增殖分裂的功能,在体外培养阶段两者同步进行并互相制约,通过Erk/MAPK通路及上下游相关调控因子进行细胞生长及抗体表达的调控;平台生长期细胞增殖的抑制可以促进抗体的表达,而因基因突变导致的细胞增殖异常加快会抑制抗体的表达。本研究表征了杂交瘤细胞抗体基因及其表达的多样性,探讨了百菌清特异性杂交瘤细胞抗体的表达及调控机制,明确了主要关键调控因子和信号通路,该研究为进一步提高杂交瘤细胞特异性抗体表达的稳定性及产量提供一定的理论基础。
陈金铭,王纯,张敏,王仕娇,陈思敏,曾建红[8]（2020）在《中药干预整合素及TGF-β/Smad信号转导通路在防治纤维化中的作用》文中提出整合素（integrins）是介导细胞与细胞外基质间信号转导的细胞表面重要的黏附受体,参与发育及创伤愈合等重要生理过程。转化生长因子-β（transforming growth factor-beta, TGF-β）是促纤维化介质,在体内分布极为广泛。TGF-β/Smad通路是促使组织纤维化的主要信号转导通路,对细胞外基质（extracellularmatrix,ECM）有重要的调节作用。大量研究证明,整合素与TGF-β相互作用、紧密联系,参与机体各种正常生理及纤维化等病理过程。纤维化疾病研究的相关资料显示,中药可通过调节整合素、TGF-β和Smads的表达,干预整合素及TGF-β/Smads通路,干扰纤维化进程,进而起到防治纤维化的作用。本文就中药干预整合素及TGF-β/Smad通路影响肝、肾、心肌纤维化进程等方面进行综述。
冯晶晶[9]（2020）在《关于介导循环白细胞免疫应答的跨膜蛋白（PSGL-1，CD40L）与受体间的相互作用及力学调控机制的研究》文中研究指明血管破损后发生的血小板凝血与白细胞炎症反应过程,涉及到血小板的黏附、活化、聚集及其与白细胞相互作用等血流动力学环境中发生的关键事件。循环的血小板通过黏附分子的介导与白细胞发生相互作用,协同介导冠脉斑块的早期形成和发展以及斑块破裂后的血栓形成。血小板分泌的CD40L和P-选择素是介导血小板与白细胞相互作用的关键分子,但其中的胞内力化学信号转导过程尚未清晰。首先,我们利用平行平板流动腔技术,在不同剪切力（0.10.5 dyn/cm2）条件下,观测和分析了白细胞在活化血小板上的黏附和滚动。实验中,将血小板黏附在包被v WF-A1分子的流动腔底板上,通过加载10 dyn/cm2流体剪应力激活血小板不同的时间（0 min、2.5 min和7.5 min）。随后,白细胞悬浮液以不同流速流过流动腔。利用高速摄像仪,观察和记录白细胞在活化的血小板上的黏附事件数、拴缚生存时间及滚动速度。结果表明:白细胞在流经活化血小板时,随着剪切力的增加,白细胞滚动速度呈现先减少后增加的趋势;而白细胞在血小板上的拴缚生存时间呈现先延长后缩短的趋势。这一双相力依赖的白细胞在活化血小板上的滚动黏附特性,不仅涉及到血小板关键分子（P-选择素和CD40L）的分泌,而且与复合物（PSGL-1/P-选择素、CD40L/CD40）的逆锁键机制相关。同时,血流剪应力刺激血小板激活时间的增加,将缩短白细胞在血小板上的滚动速度,提示力学刺激的强度或时间将调节血小板上关键分子（P-选择素和CD40L）的分泌。然后,我们运用原子力显微镜技术,在单分子水平,测量CD40L与受体CD40（单体和二聚体）、αMβ2的黏附频率,提取并分析黏附复合物（CD40L/CD40、CD40L/αMβ2）在不同拉力水平下分子键生存时间和解离常数。双相力依赖的CD40L-CD40、CD40L-αMβ2分子键解离常数提示,在受力阈值之下,CD40L/CD40、CD40L/αMβ2受-配体间的结合亲和力随力的增大而增强,而当力超过力学阈值之后,CD40L/CD40、CD40L/αMβ2受-配体间的结合亲和力随力的增大而减弱。CD40的二聚将显着增强CD40L-CD40分子键的生存时间,提高其能承受的最大断裂力。CD40聚化和血流剪应力共同诱导的CD40L-CD40亲和力的增强,CD40在脂筏上发生的聚化过程可能是两个细胞间形成稳定的胞间通讯所必需的。这些发现可能有助于在分子和细胞水平上理解CD40L-CD40（或αMβ2）诱导的重要生理或病理过程,揭示CD40L与其受体（CD40和αMβ2）相互作用的力学调控机制,旨在更深入理解心脑血管疾病的生理病理过程。最后,我们使用分子动力学（MD）模拟和基于统计的分子间氢键分析方法,研究了力学环境中PSGL-1胞质区与根蛋白FERM域的相互作用。MD模拟可从原子水平提供分子间运动的细节,通过时间函数来理解PSGL-1/ERM复合物的动态行为。通过分析氢键的平均数目和解离概率表明,“逆锁-滑移”键和力共同调控PSGL-1和ERM蛋白相互作用的结合亲和力。构象分析和残基溶剂可及表面积的变化都表明,经由PSGL-1传导的50pN的力可以介导根蛋白ITAM-like序列上磷酸化位点Y205的暴露。我们的结果证明了一条经由PSGL-1胞内域激活Syk的力学信号通路,并且在原子层面上对PSGL-1/ERM/Syk之间的相互作用给予了阐释。本文,针对白细胞与血小板相互作用这一前沿科学问题,综合运用生物化学与分子生物学、细胞分子生物力学等的理论原理、实验技术和分析方法,结合原子力显微镜、平行平板流动腔与分子动力学模拟等技术手段,开展系统深入的研究。力图阐明力如何调节白细胞在活化血小板上的滚动黏附,揭示血小板跨膜蛋白CD40L与其受体（CD40、αMβ2）相互作用的力学调控机制,探明白细胞上的PSGL-1与ERM蛋白相互作用的力-化学协同调控机制。旨在更深入理解心脑血管疾病的生理病理过程,为心脑血管疾病患者的临床治疗和康复,相关分子药物靶点的发现和抗体药物的新设计提供解决方案。
穆翔[10]（2020）在《整合素α5在上皮性卵巢癌中的表达及其临床意义的研究》文中研究指明目的:研究整合素α5（ITGA5、integrinα5）在上皮性卵巢肿瘤中的表达情况,并分析其与上皮性卵巢癌的临床病理参数之间的关系。方法:选择2015年1月至2017年12月在青岛市市立医院妇科中心住院患者的卵巢肿瘤组织共80例（上皮性卵巢癌40例,交界性上皮性肿瘤20例,良性上皮性肿瘤20例）。通过采用免疫组织化学法检测ITGA5蛋白在各组卵巢肿瘤组织中的表达情况以及实时荧光定量PCR技术检测各组卵巢肿瘤组织中ITGA5 m RNA的相对表达量进而分析其与上皮性卵巢癌临床病理参数之间的关系。结果:1.1 ITGA5蛋白阳性染色主要表达于胞膜,上皮性卵巢癌组中ITGA5阳性率为80.00%,显着高于交界性上皮性肿瘤组40.00%和良性上皮性肿瘤组20.00%（P<0.01）。1.2上皮性卵巢癌组织中ITGA5蛋白的阳性表达率,在不同年龄、病理类型间比较,差异无统计学意义（P>0.05）;而在不同病理分化程度、手术病理分期间比较,差异均有统计学意义（P<0.05）;在有无淋巴结转移之间比较,差异亦有统计学意义（P<0.01）。1.3 Spearman等级相关分析显示上皮性卵巢癌组织中ITGA5的表达与卵巢癌的手术病理分期（r=0.854,P<0.05）、病理分化程度（r=0.765,P<0.05）、有无淋巴结转移（r=0.895,P<0.01）呈正相关。2.实时荧光定量PCR检测结果显示ITGA5 m RNA在上皮性卵巢癌组织中的相对表达量（19.91±6.79）高于交界性上皮性肿瘤组（1.51±0.22）及良性上皮性肿瘤组（0.19±0.06）,差异有统计学意义（P<0.05）。结论:1.ITGA5在卵巢癌组织中的表达量明显高于交界性肿瘤和良性肿瘤,ITGA5可能与卵巢癌的发生、发展有关。2.ITGA5与卵巢癌的病理分化程度、手术病理分期及淋巴结转移密切相关,ITGA5有望成为卵巢癌早期诊断和预后评估的新指标。
二、整合素与信号转导（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、整合素与信号转导（论文提纲范文）
（1）乳腺癌扩增序列BCAS1调控人左脑认知网络计算（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 选题背景及意义 |
| 1.2 BCAS1在人左脑认知中网络研究现状 |
| 1.3 材料和方法 |
| 1.4 本文结构安排 |
| 第二章 BCAS1知识网络 |
| 2.1 BCAS1上游激活知识网络 |
| 2.2 BCAS1反馈激活知识网络 |
| 2.3 BCAS1下游激活知识网络 |
| 2.4 BCAS1上游抑制知识网络 |
| 2.5 BCAS1反馈抑制知识网络 |
| 2.6 BCAS1下游抑制知识网络 |
| 2.7 本章小结 |
| 第三章 BCAS1分子网络构建 |
| 3.1 BCAS1上游激活分子网络 |
| 3.2 BCAS1反馈激活分子网络 |
| 3.3 BCAS1下游激活分子网络 |
| 3.4 BCAS1上游抑制分子网络 |
| 3.5 BCAS1反馈抑制分子网络 |
| 3.6 BCAS1下游抑制分子网络 |
| 3.7 本章小结 |
| 第四章 BCAS1网络系统分析 |
| 4.1 BCAS1的激活串机制分析 |
| 4.1.1 癌症通路 |
| 4.1.2 酶结合 |
| 4.1.3 聚(A) RNA结合 |
| 4.1.4 RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节 |
| 4.2 BCAS1的激活和抑制共存串机制分析 |
| 4.2.1 MAPK信号传转导通路 |
| 4.2.2 血管内皮生长因子受体信号转导通路 |
| 4.2.3 Fcε受体信号转导通路 |
| 4.2.4 小GTP酶介导的信号转导 |
| 4.2.5 结构分子活性 |
| 4.2.6 蛋白激酶结合 |
| 4.2.7 ATP结合 |
| 4.2.8 未折叠的蛋白质结合 |
| 4.2.9 DNA模板化转录的调节 |
| 4.2.10 胞液 |
| 4.2.11 内吞作用 |
| 4.2.12 凋亡过程的负调节 |
| 4.2.13 血小板活化 |
| 4.2.14 凋亡过程的正调节 |
| 4.3 BCAS1的抑制串机制分析 |
| 4.3.1 大脑发育 |
| 4.3.2 细胞周期 |
| 4.3.3 肽基丝氨酸磷酸化 |
| 4.3.4 蛋白激酶活性 |
| 4.3.5 蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
（2）蛋白质相互作用网络定向算法的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 生物信息学 |
| 1.1.2 蛋白质间信号流的方向性 |
| 1.2 定向蛋白质相互作用的研究现状 |
| 1.2.1 实验方法 |
| 1.2.2 计算方法 |
| 1.3 研究意义 |
| 1.4 结构安排 |
| 1.4.1 主要工作 |
| 1.4.2 本文章节安排 |
| 第二章 基于网络传播算法定向PPI网络 |
| 2.1 蛋白质相互作用网络 |
| 2.1.1 网络的图形表示 |
| 2.1.2 网络的拓扑属性 |
| 2.1.3 网络的矩阵表示 |
| 2.2 网络传播算法 |
| 2.2.1 网络传播的原理 |
| 2.2.2 算法框架 |
| 2.3 VEGF网络的构建 |
| 2.3.1 相关数据库 |
| 2.3.2 PPI数据集 |
| 2.3.3 PPI权重 |
| 2.4 结果分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 结合重叠聚类算法定向人类的PPI网络 |
| 3.1 重叠聚类算法 |
| 3.1.1 寻找内聚性的组 |
| 3.1.2 合并部分重叠的组 |
| 3.1.3 参数设置 |
| 3.1.4 ClusterONE结果选取 |
| 3.2 算法框架 |
| 3.3 整合素介导的PPI网络 |
| 3.3.1 相关的数据库 |
| 3.3.2 数据集 |
| 3.3.3 结果及其分析 |
| 3.3.4 提取信号转导通路 |
| 3.4 人类PPI网络的定向 |
| 3.4.1 网络的构建 |
| 3.4.2 结果及其分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 总结与展望 |
| 4.1 总结 |
| 4.2 主要创新点 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（3）纤维连接蛋白额外结构域A促进肝纤维化及血管异常增生的作用与机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 引言 |
| 第一部分 星状细胞上的FN-EDA促进了肝纤维化及血管异常增生 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 肝纤维化中FN-EDA通过整合素激活VEGFR2促进血管异常增生 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 FN-EDA阻断剂Irigenin抑制了小鼠肝纤维化及血管增生 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 血管异常增生在肝纤维化发生、发展和治疗中的作用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
| 外文论文 1 |
| 外文论文 2 |
（4）过度压缩应力通过p38/NF-κB调控髓核细胞退变的机制及椎间盘蠕变特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 过度压缩应力致大鼠尾椎间盘退变及其机制 |
| 一、过度压缩应力致大鼠尾椎间盘退变模型的构建及评价 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| 二、p38 和NF-κB参与过度应力下的髓核退变 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| (四)讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 周期性压缩应力调控髓核细胞退变的机制研究 |
| 一、髓核细胞/琼脂糖复合体的制备和检测 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| 二、过度压缩应力通过整合素α5β1/p38/NF-κB信号通路致髓核细胞退变 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| (四)讨论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 不同退变程度椎间盘在不同大小压缩应力下的蠕变特性 |
| 一、不同退变程度椎间盘蠕变特性的实验研究 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| 二、不同大小应力下椎间盘蠕变特性的实验研究 |
| (一)材料 |
| (二)方法 |
| (三)结果 |
| (四)讨论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 综述1 应力对椎间盘细胞调控作用的研究进展 |
| 参考文献 |
| 综述2 腰椎间盘蠕变特性的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文和参加科研工作 |
| 致谢 |
（5）微环境刚度调控间充质干细胞成骨成脂分化的分子网络机制（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 间充质干细胞 |
| 1.2 间充质干细胞的成骨成脂分化 |
| 1.3 微环境刚度调控间充质干细胞成骨成脂分化 |
| 1.4 微环境刚度诱导干细胞分化的信号转导网络机制 |
| 1.5 蛋白组学方法在干细胞信号转导中的应用 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验细胞 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 hBM-MSCs的分离与培养 |
| 2.2.2 流式细胞术鉴定表面标志物 |
| 2.2.3 分化潜能检测 |
| 2.2.4 微环境刚度 |
| 2.2.5 iTRAQ实验筛选差异蛋白 |
| 2.2.6 蛋白质功能富集 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 人骨髓间充质干细胞的鉴定 |
| 3.2 刚度改变BM-MSCS分化方向 |
| 3.3 差异表达蛋白质鉴定与分析 |
| 3.3.1 基本鉴定信息 |
| 3.3.2 亚细胞结构定位分类 |
| 3.3.3 差异表达蛋白的GO富集分析 |
| 3.3.4 差异表达蛋白的KEGG富集分析 |
| 3.3.5 差异表达蛋白的蛋白质结构域富集分析 |
| 3.3.6 差异表达蛋白的网络分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 蛋白组学方法在干细胞的应用 |
| 4.2 微环境刚度改变间充质干细胞的分子机制 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（6）整合素胞内调控蛋白的分子特性与功能（论文提纲范文）
| 1 整合素α亚基胞内调控蛋白 |
| 1.1 桩蛋白 |
| 1.2 钙网蛋白 |
| 1.3 乳腺生长抑制剂 |
| 1.4 SHARPIN |
| 1.5 热休克蛋白90 |
| 2 整合素β亚基胞内调控蛋白 |
| 2.1 Talin |
| 2.2 Kindlin |
| 2.3 停靠蛋白 |
| 2.4 整合素胞内结构域相关蛋白 |
| 2.5 细丝蛋白 |
| 3 结语和展望 |
（7）杂交瘤细胞中百菌清特异性抗体基因的表达及调控机制（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 术语与缩略语表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 农药残留及免疫检测技术发展现状 |
| 1.2 农药小分子特异性单克隆抗体研究进展 |
| 1.3 杂交瘤细胞技术 |
| 1.4 杂交瘤细胞识别特异性基础——B淋巴细胞 |
| 1.5 CRISPR/Cas基因编辑在杂交瘤细胞生物学研究中的应用 |
| 1.5.1 基因编辑技术概况 |
| 1.5.2 CRISPR/Cas系统结构 |
| 1.5.3 CRISPR/Cas系统机制 |
| 1.5.4 CRISPR/Cas9基因编辑原理 |
| 1.5.5 CRISPR/Cas9基因编辑文库 |
| 1.5.6 CRISPR/Cas9系统及文库在抗体基因编辑上的应用 |
| 1.6 研究内容及预期目标 |
| 1.6.1 主要研究内容 |
| 1.6.2 预期目标 |
| 1.6.3 研究技术路线 |
| 第2章 杂交瘤细胞株及抗百菌清单抗表型的多样性分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料与设备 |
| 2.2.1.1 试剂材料 |
| 2.2.1.2 试剂盒 |
| 2.2.1.3 仪器设备 |
| 2.2.1.4 培养液及缓冲液配方 |
| 2.2.1.5 试验动物 |
| 2.2.2 农药特异性杂交瘤细胞筛选及单克隆抗体制备 |
| 2.2.2.1 动物免疫 |
| 2.2.2.2 小鼠骨髓瘤细胞(SP2/0)及饲养细胞的准备 |
| 2.2.2.3 细胞融合 |
| 2.2.2.4 阳性杂交瘤单克隆细胞株筛选 |
| 2.2.3 腹水单抗制备与表征 |
| 2.2.3.1 小鼠腹水单抗制备 |
| 2.2.3.2 腹水单抗灵敏度测定 |
| 2.2.3.3 腹水单抗轻重链类型测定 |
| 2.2.4 不同农药特异性杂交瘤细胞株不同处理后阴性率统计 |
| 2.2.5 杂交瘤细胞株抗体分泌FACS分析 |
| 2.2.6 阴阳性单克隆杂交瘤细胞株抗体轻重链类型检测 |
| 2.2.7 BJQ单克隆杂交瘤细胞株抗体产生情况表征 |
| 2.2.7.1 BJQ杂交瘤细胞增殖速率表征 |
| 2.2.7.2 BJQ杂交瘤细胞不同生长阶段Ig G分泌表征 |
| 2.2.7.3 杂交瘤细胞胞内总蛋白提取及浓度测定 |
| 2.2.7.4 胞内蛋白抗体亲和特异性检测 |
| 2.2.7.5 胞内蛋白Ig G定量 |
| 2.2.7.6 胞内蛋白抗体轻重链类型鉴定 |
| 2.2.7.7 胞内蛋白抗体WB表征 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 阳性单克隆杂交瘤细胞株筛选及腹水单抗表征 |
| 2.3.2 单克隆杂交瘤细胞株阴性率测定 |
| 2.3.3 抗体分泌情况FACS分析 |
| 2.3.4 各农药阴阳性细胞株抗体轻重链类型检测 |
| 2.3.5 BJQ单克隆细胞周期及抗体表达表征 |
| 2.3.5.1 BJQ杂交瘤细胞增殖速率表征 |
| 2.3.5.2 BJQ阳性细胞株E2生长阶段与Ig G分泌 |
| 2.3.5.3 胞内蛋白的抗体特异性鉴定 |
| 2.3.5.4 胞内蛋白IgG定量 |
| 2.3.5.5 胞内蛋白抗体轻重链类型表征 |
| 2.3.5.6 胞内蛋白抗体WB表征 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第3章 杂交瘤细胞株抗体基因及转录水平比较分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料与设备 |
| 3.2.1.1 试剂材料 |
| 3.2.1.2 仪器设备 |
| 3.2.1.3 主要缓冲液 |
| 3.2.1.4 实验材料 |
| 3.2.2 杂交瘤细胞测序 |
| 3.2.2.1 杂交瘤细胞总RNA提取 |
| 3.2.2.2 5’RACE反转录及PCR扩增抗体轻重链可变区序列 |
| 3.2.2.3 抗体基因克隆及Sanger测序 |
| 3.2.3 HEK293(F)重组全抗体瞬时表达 |
| 3.2.3.1 质粒提取 |
| 3.2.3.2 瞬时表达质粒构建及验证 |
| 3.2.3.3 重组全抗体瞬时表达及纯化 |
| 3.2.3.4 瞬时表达重组抗体表征 |
| 3.2.4 HEK293重组全抗体稳定表达 |
| 3.2.4.1 构建慢病毒表达载体 |
| 3.2.4.2 慢病毒包装及滴度测定 |
| 3.2.4.3 重组全抗体稳定表达 |
| 3.2.4.4 稳定表达重组抗体表征 |
| 3.2.5 杂交瘤细胞株免疫组库测序及分析 |
| 3.2.6 杂交瘤细胞转录组测序及生物信息分析 |
| 3.2.6.1 转录组测序 |
| 3.2.6.2 转录组数据生物信息分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 杂交瘤细胞测序 |
| 3.3.1.1 总RNA的提取 |
| 3.3.1.2 特异性PCR产物分析 |
| 3.3.2 百菌清重组抗体瞬时表达 |
| 3.3.2.1 瞬时表达载体构建及验证 |
| 3.3.2.2 重组抗体瞬时表达及纯化表征 |
| 3.3.3 百菌清重组抗体稳定表达 |
| 3.3.3.1 不同表达质粒和表达体系稳定表达重组抗体效果表征 |
| 3.3.3.2 腹水抗体以及瞬时/稳定表达的重组抗体亲和性表征 |
| 3.3.4 BJQ杂交瘤细胞株免疫组库测序 |
| 3.3.5 BJQ阴阳性细胞转录组学测序及分析 |
| 3.3.5.1 RNA样品检测结果 |
| 3.3.5.2 测序数据过滤及测序质量分析 |
| 3.3.5.3 参考基因组比对 |
| 3.3.5.4 样品组间相关性 |
| 3.3.5.5 杂交瘤细胞株抗体基因表达分析 |
| 3.4 讨论与小结 |
| 第4章 抗百菌清单抗表达差异的杂交瘤细胞株转录组分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料与设备 |
| 4.2.1.1 试剂材料 |
| 4.2.1.2 仪器设备 |
| 4.2.1.3 实验材料 |
| 4.2.2 转录组差异表达基因筛选及GO/KEGG富集 |
| 4.2.3 qPCR验证转录组差异表达基因 |
| 4.2.3.1 RNA提取 |
| 4.2.3.2 cDNA合成 |
| 4.2.3.3 qPCR反应 |
| 4.2.4 RNA干扰 |
| 4.2.4.1 基因siRNA片段设计 |
| 4.2.4.2 siRNA转染条件优化 |
| 4.2.4.3 RNA基因干扰 |
| 4.2.4.4 qPCR验证RNAi效果 |
| 4.2.4.5 流式分析RNAi杂交瘤细胞抗体分泌情况 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 差异表达基因分析 |
| 4.3.2 差异基因GO富集分析 |
| 4.3.3 差异基因KEGG富集分析 |
| 4.3.4 显着差异表达基因分析 |
| 4.3.5 qPCR验证转录组数据 |
| 4.3.6 RNAi验证基因功能 |
| 4.3.6.1 siRNA转染效率优化 |
| 4.3.6.2 RNA干扰功能基因表达及抗体分泌 |
| 4.3.7 杂交瘤细胞抗体表达途径及转阴可能因素 |
| 4.4 讨论与小结 |
| 第5章 CRISPR/Cas9文库筛选杂交瘤细胞抗体表达的功能基因 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试剂与材料 |
| 5.2.2 仪器与设备 |
| 5.2.3 文库质粒扩增 |
| 5.2.4 慢病毒包装 |
| 5.2.4.1 去内毒素质粒中提 |
| 5.2.4.2 慢病毒包装 |
| 5.2.4.3 慢病毒滴度测定 |
| 5.2.5 杂交瘤细胞慢病毒文库感染 |
| 5.2.5.1 细胞准备 |
| 5.2.5.2 嘌呤霉素筛选浓度优化 |
| 5.2.5.3 慢病毒感染效率测定 |
| 5.2.6 GeCKO慢病毒文库感染E2细胞株 |
| 5.2.7 农药压力筛选 |
| 5.2.7.1 筛选原理 |
| 5.2.7.2 百菌清农药对杂交瘤细胞致死效应及抗体“中和作用” |
| 5.2.7.3 百菌清农药筛选浓度优化 |
| 5.2.7.4 百菌清农药筛选GeCKOv2E2细胞文库 |
| 5.2.8 流式细胞分选 |
| 5.2.8.1 分选原理 |
| 5.2.8.2 流式细胞分选 |
| 5.2.9 NGS扩增子测序 |
| 5.2.9.1 基因组DNA提取 |
| 5.2.9.2 特异性PCR |
| 5.2.9.3 NGS扩增子测序及数据分析 |
| 5.2.10 sh RNA功能基因验证 |
| 5.2.10.1 shRNA慢病毒质粒构建及慢病毒包装 |
| 5.2.10.2 shRNA慢病毒感染 |
| 5.2.10.3 qPCR验证基因功能 |
| 5.2.10.4 FACS检测杂交瘤细胞抗体表达情况 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 GeCKOv2 library质粒扩增 |
| 5.3.2 GeCKO library慢病毒包装与检测 |
| 5.3.3 杂交瘤细胞慢病毒文库构建 |
| 5.3.3.1 puro筛选浓度优化 |
| 5.3.3.2 慢病毒感染效率测定 |
| 5.3.3.3 GeCKOv2 E2 library慢病毒敲除文库构建 |
| 5.3.4 百菌清农药压力筛选 |
| 5.3.4.1 百菌清农药对杂交瘤细胞的毒性作用 |
| 5.3.4.2 特异性单抗对百菌清农药的“中和作用” |
| 5.3.4.3 百菌清农药筛选时间及浓度优化 |
| 5.3.4.4 百菌清农药筛选GeCKO v2 E2细胞文库 |
| 5.3.5 流式细胞分选 |
| 5.3.6 农药压力筛选NGS扩增子测序分析 |
| 5.3.6.1 核酸样品质控 |
| 5.3.6.2 测序数据质控 |
| 5.3.6.3 gRNA比对与统计结果 |
| 5.3.6.4 阳性基因筛选与注释 |
| 5.3.6.5 样品间相似性分析 |
| 5.3.6.6 显着富集基因分析 |
| 5.3.6.7 GO功能富集分析 |
| 5.3.6.8 KEGG富集分析 |
| 5.3.6.9 药筛富集的功能基因、通路与转录组比对分析 |
| 5.3.7 流式细胞分选测序结果分析 |
| 5.3.7.1 核酸样品质控 |
| 5.3.7.2 测序数据质控 |
| 5.3.7.3 gRNA比对与统计结果 |
| 5.3.7.4 阳性基因筛选与注释 |
| 5.3.7.5 样本间相似性分析 |
| 5.3.7.6 显着差异基因分析 |
| 5.3.7.7 GO功能富集分析 |
| 5.3.7.8 KEGG富集分析 |
| 5.3.7.9 CRISPR library流式筛选及药物筛选功能基因通路与RNA-seq比对分析 |
| 5.3.8 shRNA干扰验证功能基因 |
| 5.3.8.1 shRNA慢病毒感染效率优化 |
| 5.3.8.2 qPCR验证干扰基因及抗体基因表达情况 |
| 5.3.8.3 FACS检测抗体表达情况 |
| 5.4 讨论与小结 |
| 第6章 百菌清抗原免疫小鼠脾脏细胞转录组学分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 实验材料 |
| 6.2.2 转录组测序与生物信息分析 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 脾脏转录组RNA样品检测结果 |
| 6.3.2 脾脏转录组测序数据过滤及测序质量分析 |
| 6.3.3 脾脏转录组数据参考基因组比对 |
| 6.3.4 基因表达分析及显着性DEG筛选 |
| 6.3.5 差异基因GO富集分析 |
| 6.3.6 差异基因KEGG富集分析 |
| 6.3.7 显着差异基因分析 |
| 6.4 讨论与小结 |
| 第7章 抗百菌清杂交瘤细胞抗体表达的调控途径及分子机制探究 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 BJQ特异性杂交瘤细胞株及其单抗的多样性分析 |
| 7.2.1 杂交瘤细胞株及其单抗表型的多样性分析 |
| 7.2.1.1 阴阳性单克隆杂交瘤细胞的定义 |
| 7.2.1.2 不同处理方式测定杂交瘤细胞株阴性率 |
| 7.2.1.3 杂交瘤细胞增殖及抗体分泌情况 |
| 7.2.1.4 流式分析杂交瘤细胞抗体分泌情况及抗体亚型检测 |
| 7.2.1.5 BJQ杂交瘤细胞株抗体产生情况分析 |
| 7.2.2 杂交瘤细胞株抗体基因及转录水平比较分析 |
| 7.2.2.1 BJQ特异性杂交瘤细胞抗体序列测定及验证 |
| 7.2.2.2 BJQ阴阳性细胞及SP2/0 细胞免疫组库测序 |
| 7.2.2.3 BJQ五株阴阳性细胞及SP2/0 细胞抗体基因表达情况 |
| 7.3 BJQ特异性抗体表达差异的杂交瘤细胞株转录组学分析 |
| 7.3.1 DEG筛选及RNA-seq可靠性验证 |
| 7.3.2 GO功能及KEGG通路富集分析 |
| 7.3.3 差异表达基因分析 |
| 7.3.4 RNAi相关功能基因分析 |
| 7.4 CRISPR文库筛选杂交瘤细胞抗体表达相关基因及通路分析 |
| 7.4.1 GeCKO文库质粒扩增及慢病毒包装 |
| 7.4.2 慢病毒文库感染杂交瘤细胞 |
| 7.4.3 农药压力筛选与流式细胞分选 |
| 7.4.4 NGS扩增子测序数据分析 |
| 7.4.5 差异基因与功能通路富集分析 |
| 7.4.6 shRNA验证Pet2基因和Ccnd2基因功能 |
| 7.5 BJQ杂交瘤细胞转录组与CRISPR library筛选综合分析 |
| 7.5.1 转录组与CRISPR library筛选方法比较 |
| 7.5.2 两种筛选方式共同富集的基因功能及信号通路 |
| 7.5.3 两种筛选方式共同富集的差异基因分析 |
| 7.5.4 杂交瘤细胞抗体表达 |
| 7.6 骨髓瘤细胞SP2/0 与杂交瘤细胞功能基因表达差异分析 |
| 7.7 百菌清农药抗原免疫小鼠脾细胞各阶段转录组分析 |
| 7.7.1 研究对象的选择 |
| 7.7.2 转录组基因表达分析及差异基因筛选 |
| 7.7.3 脾脏转录组显着差异基因GO/KEGG富集分析 |
| 7.7.4 小鼠机体产生抗BJQ特异性抗体的过程 |
| 7.7.5 杂交瘤细胞与机体B细胞抗体合成途径异同 |
| 7.8 抗百菌清特异性单抗合成及分泌途径及调控机制 |
| 7.8.1 杂交瘤细胞的融合与体外培养 |
| 7.8.2 杂交瘤细胞抗体基因编码与表达 |
| 7.8.2.1 DNA编码水平 |
| 7.8.2.2 表观遗传学编码水平 |
| 7.8.2.3 杂交瘤细胞抗体基因表达调控 |
| 7.8.3 杂交瘤细胞周期进程调控 |
| 7.8.4 信号通路与转录因子调控杂交瘤细胞抗体表达 |
| 7.8.5 杂交瘤细胞抗体基因转录后调控 |
| 7.8.6 杂交瘤细胞抗体装配与修饰 |
| 7.8.7 杂交瘤细胞抗体运输及分泌 |
| 7.8.8 杂交瘤细胞调控抗体合成及分泌的相关机制 |
| 第8章 总结与展望 |
| 8.1 全文总结 |
| 8.2 全文创新点 |
| 8.3 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间主要研究成果 |
（8）中药干预整合素及TGF-β/Smad信号转导通路在防治纤维化中的作用（论文提纲范文）
| 1 纤维化相关蛋白质的生物学特性 |
| 1.1 整合素 |
| 1.2 TGF-β及Smads蛋白 |
| 2 整合素与TGF-β/Smad相互作用 |
| 2.1 整合素对TGF-β的调节作用 |
| 2.2 TGF-β对整合素的调节作用 |
| 3 中药干预整合素-TGF-β/Smad对组织纤维化作用的研究 |
| 3.1 肝纤维化 |
| 3.2 肾纤维化 |
| 3.3 心肌纤维化 |
| 3总结与展望 |
（9）关于介导循环白细胞免疫应答的跨膜蛋白（PSGL-1，CD40L）与受体间的相互作用及力学调控机制的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景和意义 |
| 1.1.1 心血管疾病的形成和危害 |
| 1.1.2 血小板的生理学意义 |
| 1.1.3 血小板对细胞免疫应答的调节 |
| 1.1.4 血小板-白细胞相互作用的基本机制 |
| 1.1.5 参与血小板-白细胞相互作用的重要分子对 |
| 1.2 国内外研究进展 |
| 1.2.1 血小板与白细胞相互作用在心血管疾病中的研究 |
| 1.2.2 炎症血管疾病中的CD40L及其受体 |
| 1.2.3 金属离子诱导白细胞整合素激活研究进展 |
| 1.2.4 P-选择素/PSGL-1在白细胞滚动黏附过程的信号转导作用 |
| 1.3 科学问题的提出及研究的主要内容 |
| 1.3.1 科学问题的提出 |
| 1.3.2 研究的主要内容 |
| 1.4 本章小结 |
| 1.5 论文结构安排 |
| 第二章 循环白细胞在活化血小板上的滚动黏附 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 vWF-A1介导血小板的特异性黏附 |
| 2.3.2 力学刺激上调白细胞在血小板上的黏附水平 |
| 2.3.3 壁面剪切力调节白细胞在血小板上的拴缚生存时间 |
| 2.3.4 壁面剪切力和力学刺激时间共同调节白细胞在血小板上的滚动速度 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 CD40L与受体(CD40,αMβ2)的相互作用及其力学调控机制 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 CD40L和CD40(自身或之间)相互作用的特异性 |
| 3.3.2 CD40 的二聚化增强了它与CD40L(或CD40)相互作用的机械强度 |
| 3.3.3 逆锁-滑移键调节CD40L和CD40(自身或之间)相互作用 |
| 3.3.4 血小板类趋化因子CD40L与αMβ2 相互作用的结合特异性 |
| 3.3.5 二价金属离子增强了CD40L与αMβ2 的复合物的黏附频率和机械强度 |
| 3.3.6 CD40L/αMβ2 解离的力依赖特性 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 分子动力学模拟阐明了PSGL-1与ERM复合物力依赖的解离机制和磷酸化位点的暴露 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 体系的构建和准备 |
| 4.2.2 平衡分子动力学模拟 |
| 4.2.3 拉伸分子动力学模拟 |
| 4.2.4 数据分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 平衡状态下PSGL-1/ERM复合物的最稳定合理的构象 |
| 4.3.2 Y205 磷酸化位点的暴露是PSGL-1与FERM解离的早期事件 |
| 4.3.3 FERM/PSGL-1 复合物在恒力拉伸分子动力学模拟中,磷酸化位点Y205 而不是Y191的拉力诱导的暴露是双相力依赖的 |
| 4.3.4 Catch-slip键调节恒力拉伸过程中PSGL-1/FERM复合物的解离 |
| 4.3.5 恒力拉伸过程中不同拉力下PSGL-1/FERM复合物分子间氢键相互作用呈现多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（10）整合素α5在上皮性卵巢癌中的表达及其临床意义的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 1.组织来源 |
| 2.试剂与器材 |
| 2.1 主要试剂 |
| 2.2 实验耗材 |
| 2.3 实验设备 |
| 2.4 实验室器材处理 |
| 2.4.1 塑料制品 |
| 2.4.2 玻璃制品 |
| 2.4.3 实验试剂配置 |
| 3.实验方法 |
| 3.1 ITGA5免疫组化染色 |
| 3.2 实时荧光定量RT-PCR检测ITGA5基因的表达 |
| 3.2.1 引物的设计 |
| 3.2.2 卵巢组织总RNA提取与浓度检测 |
| 实验步骤 |
| 3.2.3 逆转录生成cDNA |
| 3.2.4 实时荧光定量PCR检测各组卵巢组织中integrinα5 的表达 |
| 3.2.5 mRNA数据分析 |
| 4.统计学方法 |
| 实验结果 |
| 1.荧光定量RT-PCR检测ITGA5 mRNA在卵巢肿瘤组织中的表达((?)±s) |
| 2 免疫组织化学法检测ITGA5蛋白在卵巢肿瘤组织中的表达 |
| 3 卵巢癌组织中ITGA5蛋白的表达与不同临床病理参数的关系 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 缩略词表 |
| 致谢 |
四、整合素与信号转导（论文参考文献）
- [1]乳腺癌扩增序列BCAS1调控人左脑认知网络计算[D]. 崔学磊. 北京邮电大学, 2021(01)
- [2]蛋白质相互作用网络定向算法的研究[D]. 赵巧君. 太原理工大学, 2021
- [3]纤维连接蛋白额外结构域A促进肝纤维化及血管异常增生的作用与机制研究[D]. 苏骁男. 山东大学, 2021(11)
- [4]过度压缩应力通过p38/NF-κB调控髓核细胞退变的机制及椎间盘蠕变特性研究[D]. 王超. 中国人民解放军海军军医大学, 2021(01)
- [5]微环境刚度调控间充质干细胞成骨成脂分化的分子网络机制[D]. 付芳. 吉林大学, 2020(03)
- [6]整合素胞内调控蛋白的分子特性与功能[J]. 何美美,葛云霄,焦灿,陈卓,李雪莉,高冠赏,杜英. 中国细胞生物学学报, 2020(10)
- [7]杂交瘤细胞中百菌清特异性抗体基因的表达及调控机制[D]. 柳颖. 浙江大学, 2020(01)
- [8]中药干预整合素及TGF-β/Smad信号转导通路在防治纤维化中的作用[J]. 陈金铭,王纯,张敏,王仕娇,陈思敏,曾建红. 生命的化学, 2020(06)
- [9]关于介导循环白细胞免疫应答的跨膜蛋白（PSGL-1，CD40L）与受体间的相互作用及力学调控机制的研究[D]. 冯晶晶. 华南理工大学, 2020(02)
- [10]整合素α5在上皮性卵巢癌中的表达及其临床意义的研究[D]. 穆翔. 青岛大学, 2020(01)