一、Development of SSR Markers towards Genetic Mapping in Cotton(Gossypium hirsutum L. )（论文文献综述）
张小微[1]（2021）在《基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位》文中提出
边盈盈[2]（2021）在《陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析》文中指出棉花是我国重要的经济作物和油料作物,棉籽油更是与大豆油、花生油、油菜籽油和向日葵油共称为我国五大食用油。目前,对棉籽含油量的研究主要集中于油分代谢通路上的关键基因（如Gh13LPAAT5、Gh PEPC2、Gh ACCase、Gh WRI1a和Gh PDAT）的家族分析,及油分含量相关位点的QTL的定位,而通过QTL定位结果挖掘与油分相关的候选基因并进行功能验证的研究仍鲜有报道。因此,本研究利用陆海BILs群体棉籽油分含量的数据,进行棉籽油分含量相关的QTL定位,并结合生物信息学和功能基因组学,筛选出候选基因进行初步的功能分析。具体结果如下:1.利用核磁共振仪器测得5个环境下带壳棉籽的油分数据,对亲本和群体的表型数据进行描述性统计分析,海7124的平均含油量为33.75%,中棉所36的平均含油量为28.97%,亲本海7124的油分含量显着高于陆地棉中棉所36,5个环境中群体的变异系数都在10%以上,说明群体内的变异丰富,适合进行QTL分析。2.利用ICiMapping的双亲本种群的QTL作图模型（BIP）进行定位,鉴定到9个与油分含量相关的QTLs,其中D03染色体上定位的QTL表型解释率（PVE）和LOD值较高,分别为34.73%和16.88,并且在5个环境中都检测到,因此将D03染色体上的QTL视为稳定QTL。3.参考已有的研究,发现棉籽油分在胚珠发育的20天开始快速积累,基于此对定位得到的稳定区间内的基因进行筛选,结合高油材料海岛棉海7124和低油材料陆地棉TM-1的转录组数据,在D03染色体上的QTL区间中筛选出9个在胚珠发育20天高表达的基因。发现Gh＿D03G1072基因在油分快速积累前期基本不表达,在油分快速积累（胚珠发育20天）时期表达量较高,该基因注释为羟基类固醇脱氢酶,将其命名为GhHSD1。4.对HSD1基因在小麦、玉米、拟南芥、花生、大豆、棉花等不同物种中的直系同源基因编码的蛋白质构建进化树进行分析,结果表明棉花中的HSD1基因与大多数油料作物中的基因聚为一大类,而与淀粉类作物亲缘关系较远,该结果说明HSD1基因的进化伴随着物种间的分化。进一步分析HSD1基因的保守结构域,结果发现不同物种的蛋白序列都具有典型的保守功能域,该功能域为油体固醇蛋白所特有:在蛋白序列的中间有一个保守的酶活位点为Yxxx K,其次,在蛋白质的N端（氨基端）是一个共辅酶的结合位点,序列为Gxxx Gx G。5.分析35S::GhHSD1和35S::Gb HSD1转基因酵母阳性克隆的总油分含量以及脂肪酸组分正十二烷酸（C12:0）、肉豆蔻酸（C14:0）、棕榈酸（C16:0）、硬脂酸（C18:0）和油酸（C18:1）的含量,结果表明转基因酵母株系的总油分以及脂肪酸各个组分含量相较于对照都显着增高。与野生型相比,过表达陆地棉GhHSD1基因的拟南芥后代种子油分含量提高,并且提高了油酸（C18:1）、亚油酸（C18:2）、亚麻酸（C18:3）、花生酸（C20:0）和二十碳烯酸（C20:1）的含量。综上,本研究结合转录组分析以及QTL定位结果,确定候选基因为GhHSD1（Gh＿D03G1072）,它编码羟基类固醇脱氢酶,初步对候选基因进行功能验证,为增加棉花油分含量和改良棉籽油品质奠定理论基础。
吕士凯[3]（2021）在《真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究》文中提出小麦（Triticum aestivum L.）是世界上最主要的粮食作物之一,条锈病和白粉病均是严重威胁小麦生产安全的病害。小麦杂种衰亡是一种并不少见的过早衰老或过早死亡表型,是优良基因转移及品种改良的障碍。杂种衰亡可能是由植物响应病原菌胁迫相关基因进化出多效性的叠加导致的。NAC转录因子基因家族在植物衰老和生物胁迫响应中均发挥重要的调节作用。开展小麦抗病研究,挖掘抗病TaNAC基因并探究其抗病机制,对保证小麦生产安全具有重要意义,且有助于丰富对小麦抗病机制的理解。开展小麦杂种衰亡的遗传规律分析验证、调控基因的精细定位及调控机制的多组学研究,有助于克隆杂种衰亡调控基因并解析其分子基础和调控机理,有助于消除杂种衰亡基因对育种选择造成的障碍,促进小麦育种事业的发展。同时开展小麦真菌胁迫响应、杂种衰亡及相关NAC转录因子调控的研究,明确三者的关系,有助于丰富对植物抗病基因功能与机制的理解,促进小麦聚合抗病基因杂交育种进程。本研究以兼抗白粉病与条锈病的普通小麦优异种质N9134为材料,在两种病菌胁迫下对TaNAC基因进行系统性克隆。按照从N9134得到和从小麦参考基因组提取两类,对TaNAC转录本进行比对分析,同时分析克隆得到TaNAC转录本的特征,研究它们结构变异与真菌胁迫的关系,进一步探究TaNAC基因可变剪切在小麦真菌胁迫响应中的调控规律。基于多种不同遗传群体,开展小麦杂种衰亡研究,分析并完善Ne基因的复等位基因、剂量效应等理论。创制杂种衰亡回交分离群体并结合开发的SNP标记,构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱。基于杂交测验和分子标记检测,系统分析Ne1和Ne2在我国小麦品种（系）中的分布情况。此外,基于背景一致的性状分离遗传群体（两种表型4种基因型）,借助转录组（2+3）、蛋白组和代谢组测序技术,开展小麦杂种衰亡调控机制的研究。主要研究结果如下:1、小麦TaNAC基因家族被重新鉴定为包括460个基因位点的559个转录本（IWGSC Ref Seq v1.1）;发现N9134中约1/3（54/154）的TaNAC基因在苗期参与白粉菌和条锈菌胁迫的响应过程。从两种真菌胁迫的N9134中,获得186个TaNAC转录本（167个为克隆得到）,其中180个为新转录本并上传到Gen Bank。发现真菌胁迫的N9134中,差异表达TaNAC基因转录的“非正常”编码转录本的比例更高（p=0.0098）,TaNAC MTFs编码序列的比例相对参考基因中的比例更高（p=0.003）;发现紧随NAM结构域、且相对保守的氨基酸基序（WV[L/V]CR）可能与TaNAC转录因子响应真菌胁迫有关。结果表明,小麦TaNAC基因可以通过形成不同结构变异转录本的方式响应真菌胁迫。发现并整理的响应条锈病和（或）白粉病胁迫的TaNAC及其结构变异转录本,为解析TaNAC参与小麦对生物胁迫的响应机制提供了丰富资源。2、选取由13个基因可变剪切形成的35个TaNAC转录本进行深入分析,发现可变剪切事件通过改变转录本的序列结构,进而改变其编码产物的结构、理化性质等,最终影响其亚细胞定位和转录调控活性等。通过分析TaNAC基因及其编码区的靶标taemi RNAs,发现具有可变剪切转录本的TaNAC基因与tae-mi RNA的结合位点均位于非可变剪切区域。综合上述结果推断,TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与小麦响应真菌胁迫的过程;靶定位点在TaNAC基因编码区的tae-mi RNA可以独立于可变剪切行使转录后调控功能。3、构建了冬小麦Ne1和Ne2的高密度遗传图谱,其中,Ne1位于5BL上的标记NWU5B4137（383.40 Mb）和NWU5B5114（388.01 Mb）之间（IWGSC Ref Seq v1.0）,两标记相距0.50 c M;Ne2与2BS上的标记Lseq102（156.59 Mb）和TC67744（157.76Mb）共分离。系统遗传分析发现,N9134的Ne1不同于Spica和Ta4152-60的Ne1,周麦22的Ne2不同于Manitou、WL711和Pan555的Ne2;Ne基因的剂量效应也存在于中度和重度杂种衰亡系统,遗传背景也可能影响杂种衰亡的症状。通过系统分析国内外1364种小麦品种（系）中Ne1和Ne2的基因型频率,明确了二者在我国小麦主产区中呈现离散分布的特征及比例;发现我国现代小麦品种（系）Ne基因型频率的现状应该由地方品种（系）（贡献Ne1）和现代引进品种（系）（贡献Ne2）共同作用形成。根据本研究的材料及其系谱分析推断,冬小麦的Ne1可以直接来源于野生二粒小麦,而Ne2可能起源于黑麦。本研究为图位克隆Ne1和Ne2打下了坚实基础,向更好地理解小麦杂种衰亡迈出了重要一步。4、利用衰亡表型且基因型为Ne1Ne2的样本与正常表型基因型分别为Ne1ne2ne2、ne1ne1Ne2、ne1ne1ne2ne2的样本,通过转录组（2+3）、蛋白质组和代谢组联合分析,发现杂种衰亡过程主要涉及植物与病原体的互作（ko04626）、植物激素信号转导（ko04075）、内质网中的蛋白质加工（ko04141）、氨基酸的生物合成（ko01230）、苯丙烷类化合物的生物合成（ko00940）、α-亚麻酸代谢（ko00592）等KEGG途径。推断:植株防御系统失调引起在没有病菌侵染时防御反应仍被激活,产生最初的代谢产物（氨基酸）;而Ne1和Ne2协同表达,导致前述产物代谢途径失调,使其持续积累;达到一定浓度后,其作为反应底物或信号物质,激活茉莉酸（Jasmonic acid,JA）信号介导的衰老和病程相关程序性细胞死亡,继续产生并积累各种氨基酸,循环往复持续进行,导致Ne1Ne2基因型植株从一定发育阶段开始,表现细胞死亡加速的杂种衰亡性状;NAC转录因子参与这一过程的调控,且茉莉酸起关键信号转导作用。由防御系统失调引起的病程相关程序性细胞死亡,既是杂种衰亡性状的启动因素,也是杂种衰亡表型的主要形式。
杨乐[4]（2021）在《陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位》文中研究表明棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,对后代进行选育,能使野生种系的有益性状转移到栽培陆地棉中,从而培育棉花新品种。本研究以高产、适应性广的陆地棉栽培品种中棉所35号为母本,以具有抗黄萎病、耐寒、耐旱等特点的陆地棉野生种系帕默尔棉TX-832为父本,构建了包含182个家系的（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系群体。利用SSR标记和SLAF-seq测序获得的SNP标记构建了覆盖陆地棉全基因组的高密度遗传图谱,结合六个环境下重组自交系群体的产量性状和纤维品质表型数据,鉴定了产量和纤维品质性状QTL。主要研究结果如下:1.遗传图谱构建将SLAF-seq测序获得的15765个SNP标记和亲本间具有多态性的153个SSR标记,共计15918个标记,利用作图软件进行遗传图谱构建,将共分离标记整合,最终获得一张包含3311个位点的陆地棉种内高密度遗传图谱,覆盖全长4690.73c M（A亚组2603.84 c M,D亚组2086.90 c M）,位点间平均距离为1.46 c M。其中,SNP位点3158个,SSR位点153个;A亚组位点1758个（1679个SNP位点,79个SSR位点）,D亚组位点1553个（1479个SNP位点,74个SSR位点）;该图谱各条染色体覆盖陆地棉TM-1基因组比率均达95.97%以上。2.群体产量和纤维品质的性状表现（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系各产量性状和纤维品质变异范围较广,整体上都呈连续的正态分布。群体在铃重、籽指、衣分、衣指、纤维长度、整齐度和断裂比强度等性状中都表现出明显的超亲分离现象。相关性分析表明:籽指、衣指、铃重、纤维长度、断裂比强度、整齐度、伸长率等指标两两之间在至少一个环境下呈显着或极显着正相关;马克隆值、衣分、衣指等指标两两之间在多个环境下呈极显着正相关。3.产量、纤维品质QTL定位利用构建的高密度遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状,在26条染色体鉴定到了68个产量QTL和180个纤维品质QTL。有24个QTL有利等位基因来自帕默尔棉,其余224个QTL有利等位基因均来自中棉所35号。68个产量性状QTL中包括30个铃重QTL、10个衣指QTL、15个衣分QTL、13个籽指QTL,LOD值介于2.5-10.57,解释表型变异介于6.2%-23.5%;180个纤维品质QTL包含55个长度QTL、45个整齐度QTL、51个断裂比强度QTL、9个马克隆值QTL、20个伸长率QTL,LOD值介于2.5-15.31,解释6.1%-33.8%的表型变异。有57个QTL在三个及三个以上环境下均检测到,q LPA07.1在六个环境下都稳定存在,解释表型变异为6.4%-11.8%,中棉所35号使其表型效应值增加;q FMD03.1在四个环境下均检测到,解释10.5%-33.8%的表型变异,增效基因来自中棉所35号。有154个QTL密集分布在除A06、D02、D06外的23条染色体的42个QTL簇内。这些稳定QTL和QTL簇对候选基因克隆、功能分析等研究奠定了基础。
余静文[5]（2021）在《基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘》文中研究表明海岛棉（Gossypium barbadense L.）是世界上广泛种植的栽培棉之一,因其在纤维品质和抗病性等性状上的突出表现而受到人们的广泛关注。近年来,随着测序技术快速发展,测序成本的降低,基因组学的相关研究进入了高通量、高精度的新时期。基于新型测序技术的海岛棉高质量基因组组装已经完成,而利用高通量的重测序可实现对海岛棉群体的精细分析和基因定位,并为海岛棉基因组资源的高效利用创造条件。新疆自治区是我国目前唯一的海岛棉生产基地,利用分子标记探索新疆棉区自育海岛棉群体遗传变异特点,鉴定具有遗传改良价值的关键基因对加速新疆海岛棉育种进程有着重要意义。本研究对240份海岛棉材料进行了高通量重测序,构建海岛棉的高精度基因组变异图谱,并利用鉴定的遗传变异多态性解析该海岛棉群体的结构和连锁不平衡特点。对12个重要的性状进行表型鉴定和全基因组关联分析,为海岛棉分子生物学研究和遗传改良提供重要遗传信息,主要研究内容和结果如下:1.对220份新疆自育海岛棉资源和20份其它棉区的海岛棉种质资源进行重测序。共获得6.34 Tb的测序数据。通过与基因组的序列比对和群体变异检测,共鉴定到3632231个高质量的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和221354个片段的插入缺失（Insertion-deletion,In Del）。2.利用系统发育分析、主成分分析（Principal components analysis,PCA）和STURUCTURE分析等方法对该群体进行群体结构预测,发现240个海岛棉材料大致分为5个亚群,其中新疆海岛棉群体大致由4个亚群组成。新疆之外,包括美国、埃及、东亚国家、我国云南和海南等地的海岛棉种质资源单独聚类,并与新疆自育海岛棉存在一定的遗传距离。说明新疆海岛棉逐渐形成了独具特色的海岛棉资源类型。3.海岛棉不同亚群间性状表型变异丰富,特别是纤维品质性状。群体遗传学发现,不同亚群间的遗传多样性差异不明显,国外海岛棉种质资源的遗传多样性整体水平高于新疆海岛棉。连锁不平衡（Linkage disequilibrium,LD）分析发现,新疆海岛棉种质资源的LD水平高于陆地棉和亚洲棉,且At亚组的LD衰减距离大于Dt亚组。4.分别在两个试验点对12个重要的棉花性状进行连续两年的表型鉴定,利用统计分析计算性状间的相关性以及广义遗传力（Broad-sense heritability,BSH）,并对表型的多样性进行分析。极显着正相关的性状有单铃重与皮棉和籽棉产量、衣分与皮棉产量、株高与皮棉和籽棉产量、株高与第一果枝节位和单株铃数,以及单株铃数与皮棉和籽棉产量。极显着负相关的性状有第一果枝节位和皮棉产量、衣分、单株铃数。总体看来,纤维品质性状之间的相关性强于产量性状。BSH的变化范围为0.17（单株铃数）至0.57（衣分）,其中纤维品质性状的遗传力水平整体来看高于产量性状,可见纤维产量更易受到环境因素的影响。5.用表型数据的最优线性无偏估计（Best linear unbiased prediction,BLUP）值与基因型数据进行全基因组关联分析（Genome-wide association studies,GWAS）,基于较严格的阈值（p<0.05/n）共鉴定了168个显着相关核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）。基于建议相关的阈值（p<1/n）共鉴定了2645个SNP。所鉴定的SNP在基因组上分布不均匀,其中D11号染色体的SNP最多,其次为A07染色体。Dt亚组的SNP数量多于At亚组。对于研究的性状而言,鉴定到的纤维强度关联信号最多,其次是衣分,而籽棉产量和第一果枝节位没有鉴定到显着的关联信号,这可能与性状本身的复杂性和对环境因素的敏感性等因素有关。6.基于上述关联分析结果,利用连锁不平衡系数、基因功能注释和RNAseq等方法筛选候选基因,并用不同纤维强度或衣分表型的海岛棉材料进行q PCR表达分析。鉴定出3个与纤维强度相关的候选基因,包括编码酪蛋白激酶I的基因GB＿D11G34371、编码微管相关蛋白的基因GB＿D11G3460和GB＿D11G3471;1个与衣分相关的重要候选基因GB＿A07G1034,该基因编码一种受BRs调节的受体激酶。综上所述,本研究利用重测序完成了海岛棉群体的基因分型,解析了海岛棉的群体结构、连锁不平衡和遗传多样性等特征。并对新疆海岛棉12个重要的性状进行了GWAS分析,其中纤维强度和衣分性状鉴定到了较多的稳定关联SNP。着重分析以上两个性状的关联结果,最终筛选到了2个与纤维强度相关和1个与衣分相关的候选基因。为海岛棉遗传改良提供重要理论基础和目的基因。
李鑫[6]（2020）在《陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析》文中研究指明花青素是一种重要的植物色素,在植物的花,果实和叶片中广泛分布。花和果实中的花青素起到吸引昆虫授粉和种子传播的功能,而叶片部位积累的花青素会受到阳光和其他胁迫诱导,其生物学功能为保护植物免受紫外线伤害,抵御病虫侵害。陆地棉红色植株R1是因为花青素的积累而导致的叶片颜色改变,并具有抗虫性的优点。另一陆地棉品系亚红株Rs的叶片颜色较红色植株R1稍浅,有较高光合作用效率的特点。由于花青素在陆地棉中的重要功能,对其进行遗传学研究对于改良棉花品质具有重要的理论指导和应用价值。陆地棉品种T586含有红色植株性状,和渝棉一号之间的遗传背景相差较大,前期研究利用SSR分子标记和重组自交系构建了陆地棉的高密度遗传图谱,对于陆地棉的育种研究及基因定位具有重要的价值。但是两种材料之间的SSR标记数量已接近饱和,并且SSR标记的分布密度较低。随着陆地棉的基因组的公布,基因组重测序技术使得陆地棉开发SNP标记和In Del标记也变得较为容易,便于我们对陆地棉的质量性状进行图位克隆和精细定位。本论文通过对陆地棉材料T586和渝棉一号进行基因组重测序,获得了材料间的SNP及In Del位点信息。利用重组自交系群体,通过开发SNP标记成功将红色植株R1基因定位为Gh PAP1D基因,遗传转化实验证实Gh PAP1D在棉花中具有促进花青素合成和积累的功能,并通过转录组和双荧光素酶报告系统对Gh PAP1D在棉花中的花青素调控机制进行了探究。论文还对亚红株突变体的花青素调控基因也进行了基因功能研究,转录组测序分析发现Gh PAP1A的表达差异与亚红株性状相关,序列分析发现亚红株的Gh PAP1A基因启动子区含有50bp的串联重复,GUS染色发现Gh PAP1A的启动子区的50bp串联重复差异是该基因在亚红株中上调表达的原因,并通过烟草遗传转化和VIGS验证了Gh PAP1A基因具有调控花青素合成的功能。主要结果如下:1.通过基因组重测序技术获得陆地棉材料T586和渝棉一号间的SNP和In Del差异信息对陆地棉材料T586和渝棉一号进行了全基因组重测序,分别获得了31.42Gbp和29.55Gbp的Clean data数据,平均测序深度约为10×。对测序数据进行质控发现测序碱基的质量较高（Q20>=96.21%）,且GC含量在36.53%～37.07%之间,表明通过测序获得的数据量和测序质量都合格,并且GC含量分布正常。通过比对陆地棉参考基因组TM-1发现,两个样本的比对率在98.89%～99.53%之间,平均覆盖深度在10.65×～13.19×之间,比对结果正常可以用于后续的SNP和In Del变异检测。SNP检测结果发现,相对于参考基因组TM-1,T586样品和渝棉一号分别检测到2,288,133和1,890,741个SNP位点。其中大部分SNP位点分布在基因间区（2,014,437和1,678,640个）,其次位于内含子区（分别有117,309和88,167个）。同时对T586和渝棉一号进行材料间的SNP检测发现,共检测到2,131,593个SNP位点差异,也是主要分布于基因间区。分析SNP突变频率发现,其中转换突变大于颠换突变（ts/tv=2.2）,总体来说两材料间获得的SNP数量较多,有利于开发相应的分子标记。对In Del位点进行检测发现,相对于参考基因组T586和渝棉一号分别获得了191,876和130,718个In Del位点,主要也是分布在基因间区（151,087和104,163个）,其次分布于内含子区（15,357和10,101个）。统计两样品间的In Del位点发现,材料间共含有184,801个In Del位点,且分布位置也主要位于基因间区。对编码区的In Del长度进行统计,发现In Del的数量随着其长度的增加而逐渐减少,并且其中3倍长度的In Del数量要高于其两侧。2.对棉花红色植株R1基因进行遗传定位、序列分析和功能验证利用重测序获得的SNP数据,在R1基因定位区间内开发SNP标记,共筛选到8个在亲本间具有较好多态性的SNP标记。使用新开发标记对RIL群体进行基因分型,将R1基因定位于新开发标记S5和S6之间,两标记的物理距离约232Kb,区间内包含有3个注释基因。转录组和q RT-PCR分析发现三个基因中只有Gh PAP1D（Gohir.D07G082100）的表达水平有差异。比对克隆发现两种材料中Gh PAP1D启动子区含有一段228bp的串联重复差异,因此遗传定位结果表明Gh PAP1D与红色植株R1性状相关。烟草和棉花遗传转化实验发现,超量表达Gh PAP1D基因的棉花和烟草材料的花青素含量显着上升,并且叶片颜色呈现红色,表明Gh PAP1D基因具有调控花青素的合成和积累的功能;另外通过VIGS方法下调Gh PAP1D在棉花红色植株的表达,发现红色植株的叶片颜色变为绿色,花青素含量也相应下降,进一步证实了在棉花叶片中Gh PAP1D起到了调节花青素合成的作用。为明确Gh PAP1D在棉花叶片中是怎样调控花青素的合成的,对超量表达Gh PAP1D的转基因棉花和其Null系的叶片及群体中的红色植株和绿色植株进行了转录组测序。超量表达植株中共发现567个差异表达基因,其中上调基因有305个,下调基因262个。差异基因中有38个和花青素合成相关的基因上调,没有发现下调表达的花青素合成相关基因。其中花青素合成途径的后期结构基因如DFR（Gohir.D06G004300）,2个UFGT基因（Gohir.A02G139800,Gohir.D03G050200）和2个GST基因（Gohir.A07G074300,Gohir.D07G079000）在群体中的红色植株中也显着上调,说明Gh PAP1D通过调控花青素合成途径的结构基因的表达来行使促进花青素合成的功能。并通过双荧光素酶报告检测实验验证了Gh PAP1D可以与下游结构基因Gh UFGT（Gohir.A02G139800）和Gh GST（Gohir.A07G074300）的启动子结合,并且起到转录激活的作用。另外对超量表达Gh PAP1D的红色棉花叶片的抗虫性进行了检测。叶片对棉铃虫的抗虫性检测结果发现超量表达Gh PAP1D不仅会影响棉铃虫的取食偏好,而且会抑制棉铃虫的生长。叶片对朱砂叶螨的抗虫性检测发现,超量表达Gh PAP1D的红色叶片对朱砂叶螨的生长和繁殖都具有抑制作用。因此超量表达Gh PAP1D增强了棉花叶片对两种害虫的抗虫性,说明Gh PAP1D是一种可利用的广谱抗虫基因位点。3.亚红株中花青素调控基因Gh PAP1A的表达水平分析,序列分析及功能验证表型观察发现亚红株突变体具有和红色植株相似的红色叶片表型,并且颜色浅于红色植株R1,花青素含量测定发现亚红株中的颜色改变与花青素含量相关。对亚红株进行转录组测序,分析其中花青素合成途径相关基因的表达情况,发现5个花青素合成相关的结构基因的表达水平相对绿色植株上升,但是没有红色植株R1上升幅度大。另外检测花青素合成途径的调控基因Gh PAP1的表达情况发现,亚红株中Gh PAP1A基因的表达水平显着上升,而Gh PAP1D基因表达并无变化,因此表明Gh PAP1A与亚红表型相关。对比克隆亚红株和绿色植株Gh PAP1A的启动子和基因组序列发现,两个材料的Gh PAP1A基因组序列之间具有105个SNP和16个In Del差异,其中第三个外显子区具有3个错义突变（T133I,Y180C and C230S）,另外在基因启动子区上游217bp处发现一段50bp的串联重复差异。进一步比对亚洲棉材料相应的Ga PAP1序列发现,亚红株中的Gh PAP1A编码区和内含子区序列与亚洲棉的序列完全一致,启动子区只有50bp串联重复序列的差异,序列的高度相似性表明亚红株中的Gh PAP1A基因是最近由亚洲棉渗入而来。GUS染色发现亚红株的Gh PAP1A启动子活性高于亚洲棉,说明启动子区50bp的串联重复差异引起了亚红株Gh PAP1A基因表达的上调。为了检测亚红株和绿色植株中的Gh PAP1A基因的3个错义突变是否影响基因功能,在烟草中通过遗传转化超量表达这两种来源的Gh PAP1A基因。表型观察发现,两种转基因烟草的表型一致,叶片颜色都呈现红色且花青素含量都相比于野生型烟草显着上升,而两种转化子之间的花青素含量没有差异。因此说明亚红株和绿色植株中的Gh PAP1A基因编码区的差异不影响其调控花青素合成的基因功能,同时也说明亚红株表型是由于Gh PAP1A的表达上调导致的。同时通过VIGS方法在亚红株材料中下调Gh PAP1A的表达,红色叶片转变为绿色并且花青素含量也显着下降,进一步证实了Gh PAP1A基因在亚红株叶片中起到调控花青素合成的功能。
祝德[7]（2020）在《利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应》文中研究表明陆地棉较窄的遗传基础限制了其遗传改良的潜力,挖掘海岛棉优异外源基因,对于改良现有陆地棉栽培品种的农艺性状具有重要意义。为了揭示海岛棉基因组在陆地棉遗传背景中的遗传效应,本研究以供体亲本海岛棉3-79与受体亲本陆地棉栽培种鄂棉22号（Emian22）组合,通过杂交与回交方法构建的棉花海陆种间染色体置换系群体为基础,结合以PCR扩增为基础的分子标记技术和高通量测序技术对染色体置换片段进行鉴定评估,着重分析了棉花海陆种间置换系群体产量、纤维品质、棉籽含油量等农艺性状的遗传效应,并对群体中叶片大小突变材料进行了QTL定位,最后解析了海陆种间材料在棉籽油份形成过程中的基因表达情况。主要结果如下:1. 棉花海陆种间染色体置换系遗传效应分析本研究对棉花海陆种间染色体置换系的遗传效应进行了分析。首先分别利用传统SSR等分子标记和全基因组重测序获得SNP标记,对棉花海陆种间染色体置换系群体进行染色体导入片段鉴定。利用515个分子标记在325份材料中共检测到480个染色体置换片段,染色体置换片段总长为2695.19 c M,覆盖整个棉花基因组的78.42%,其中A亚基因组为73.73%,D亚基因组为83.33%。利用全基因组重测序技术仅在313份材料中检测到导入片段,共有1,211个来自海岛棉的染色体置换片段,其长度在97 kb～104.23 Mb之间,平均长度为4.43 Mb,覆盖整个棉花基因组86.11%。本研究还对置换系群体中叶型、花药开裂和光籽等异常突变表型性状的遗传位点进行了分析。同时对置换系群体14个农艺性状表型进行考察,发现性状基本都表现出连续性分布,且性状间存在显着的相关性。结合田间试验表型数据和全基因组重测序的基因型数据对14个性状进行QTL检测,共检测到分布在20条染色体上的64个QTL位点,其中38个位于A亚基因组,26个位于D亚基因组,表型解释率在0.73%～14.67%之间。通过对置换系群体纤维性状的加性效应来源进行评估,发现海陆亲本的遗传背景对于纤维品质的提升均具有贡献。对纤维性状的加性效应主要来源于陆地棉亲本（35.73%）,海岛棉仅贡献22.83%,在陆地棉背景中,A11染色体显示了对纤维性状较高的加性效应,在D07染色体几乎全部加性效应由陆地棉遗传背景提供。对纤维品质性状加性效应的评估,为后续充分利用海陆种间遗传背景优势资源提供了指导。2. 叶片大小性状QTL精细定位置换系群体中家系N35的叶片大小表现出超亲现象,显着大于陆地棉亲本Emian22,其在A11号染色体上携带了来自海岛棉的染色体导入片段。利用遗传连锁作图对控制叶面积的QTL进行分析,不同作图软件均在含有272个单株的初定位F2群体中均检测到位于16 Mb～17 Mb之间的主效应QTL位点。在含有2,292个单株的精细定位F2群体中,利用Win QTLcart 2.5软件与Icimapping 4.0软件均在16 Mb～17 Mb检测到控制叶片大小的QTL,结合在相同区间存在置换片段的两个家系N12和N125,最终将控制叶片面积的QTL位点界定在10.75Mb～13.75 Mb和16.57 Mb～16.66 Mb两个候选区间内。利用参考基因组注释信息与基因组织表达模式信息,在两个QTL区间内鉴定到25个候选基因,其中大多数均与植物生长激素相关。3. 棉花海陆种间棉籽油份相关基因的表达差异分析置换系亲本海岛棉3-79和陆地棉Emian22的棉籽含油量存在显着差异。通过对亲本材料棉籽不同发育时期（10 DPA、20 DPA、30 DPA）进行转录组测序,发现在棉籽发育20 DPA时期海陆棉种基因表达出现显着差异,在进入30 DPA时期后,Emian22基因下调表达数目显着大于3-79。对棉籽发育过程中脂质代谢相关基因分析发现,海陆种间棉籽含油量差异形成的原因是由包括PDHC酶类、SAD酶类、FATA酶类等基因的表达丰度差异以及持续表达的时间差异引起。此外,转录因子WRI1类、NF-YB6类和b ZIP（DPBF）类在棉籽油份合成过程中扮演重要角色。利用已鉴定QTL位点候选区间和高油家系材料,鉴定到19个潜在控制棉籽含油量的候选基因,为后续进一步解析棉籽油份遗传机理提供了基础。本研究首次将全基因组重测序技术引入棉花种间染色体置换系的遗传研究中,该研究结果为将来染色体置换系的构建提供了指导作用,置换系群体农艺性状QTL位点的挖掘以及纤维品质性状加性效应来源的分析,为将来棉花海陆种间遗传育种提供了新的见解与种质资源。
李婧慧[8]（2020）在《新疆陆地棉品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析》文中研究表明【目的】棉花（Gossypium hirsutum L.）是重要的纤维作物,新疆是中国最大的商品棉生产基地和棉花种子生产基地。棉花种子的质量是保障棉花产业健康发展的根本,然而,目前棉花种子市场多、乱、杂和套牌情况非常严重,严重影响了新疆棉花质量和棉农收益,危害了棉花产业的健康发展。为切实提升棉花质量,迫切需要加强棉花种子生产各环节的质量抽检和监督工作。本研究旨在筛选出适用于鉴别新疆陆地棉品种的多态性引物,构建品种DNA指纹图谱和专属二维码,并进行遗传多样性分析,为新疆陆地棉品种分子鉴定提供实用标记,为切实提升新疆棉花种子质量,开展棉花种子质量检查、监督提供技术支撑。【方法】本研究选用SSR、STS和InDel标记进行核心引物的筛选,结合特征引物法和引物组合法,完成新疆陆地棉品种DNA指纹图谱和专属二维码的构建,利用NTSYS软件进行遗传多样性分析。【结果】（1）（1）利用筛选出的多态性高、稳定性好的分子标记对150份新陆早和新陆中棉花品种DNA进行PCR扩增,52对引物共检测出159种扩增带型,每对引物扩增带型数介于27之间,平均为3.06;扩增条带总数为307,每对分子标记扩增条带数变幅是213,平均值是5.90;其中多态性条带总数为253,每对核心引物扩增出的多态性条带变化范围为112,平均值为4.87;多态性条带比例最低40.0%,最高100.0%;52对引物的多态性信息含量为0.183 20.767 8,平均值为0.479 7。在150份新陆早和新陆中棉花品种中,12个品种具有特征引物,用20对引物组合可将150份新陆早和新陆中棉花品种完全区分。（2）利用NTSYS软件聚类分析显示,遗传相似系数约在0.705 6处可将150份新陆早和新陆中棉花品种分为4类,遗传相似系数为0.503 10.993 6,平均值为0.706 4,表明150份陆地棉品种遗传基础较狭窄。新陆早棉花品种和新陆中棉花品种的相似性系数分别为0.536 70.993 6和0.503 10.987 7,平均值分别为0.716 3和0.719 2。新陆早棉花品种和新陆中棉花品种在不同年份间的平均遗传相似系数为0.693 80.743 4,变化不大,说明新疆陆地棉遗传基础狭窄这一问题长期存在。新陆早棉花品种总体呈微下降趋势;新陆中棉花品种总体呈上升趋势,但近期表现为下降趋势。（2）（1）利用筛选出的52对核心引物,在27份彩色棉品种中扩增出155个多态性带型,每对引物检测到的多态性带型个数变幅为27,平均为2.98。扩增条带总数为348,每对分子标记扩增条带数变幅是217,平均值是6.69;其中多态性条带总数为263,每对核心引物扩增出的多态性条带变化范围为117,平均值为5.06;多态性比例最低40.0%,最高100.0%。52对引物的PIC值为0.137 10.776 4,平均值为0.454 3。27份新彩棉品种中,12个品种具有特征SSR引物,7对SSR引物组合可将其他15个品种区分开;用9对引物组合即可将27个新彩棉品种完全区分开。（2）聚类分析显示,27个新彩棉品种遗传相似系数为0.412 20.955 9,平均值为0.650 6,表明现有新彩棉品种遗传基础相对丰富,绿色棉相对棕色棉遗传多样性更高;根据遗传相似矩阵,约在0.6115处,27个新彩棉品种可分为3类,聚类结果与品种选育系谱较为吻合。【结论】本研究共筛选出61对多态性高、鉴别能力强的分子标记,构建了新疆177个陆地棉品种的DNA指纹图谱。150份新疆陆地棉品种间遗传基础较狭窄,27份新疆彩色棉品种间遗传基础相对丰富。
冯娟娟[9]（2020）在《棉花CMS-D8恢复基因Rf2定位及标记开发》文中提出棉花是全世界最重要的纺织工业原料,棉花杂种优势的利用可以提高棉花产量,三系杂交制种是利用棉花杂种优势理想的工具。三裂棉细胞质雄性不育CMS-D8实现了三系配套,但尚未用于实践应用,且恢复基因Rf2至今未成功克隆及功能验证。本研究期望对三裂棉细胞质雄性不育的恢复基因Rf2进行定位并开发紧密连锁的InDel分子标记。研究结果不仅有助于缩短改良恢复系的周期,促进三裂棉细胞质雄性不育三系用于实践生产杂交制种,也为Rf2的分离奠定了基础。本研究取得的结果主要为:1.本研究构建了1623个单株的BC1F1（（不育系×恢复系）×保持系）分离群体,育性调查结果显示群体内有850株可育单株、不育773株,其分离比符合1:1,表明CMS-D8育性恢复由单基因显性控制。2.采用亲本重测序,子代BSA重测序技术结合高通量SNP基因分型把Rf2初步定位于D05染色体的54.11 Mb-55.99 Mb,候选区间大小为1.88 Mb。根据候选区间内的In Del变异开发出16个多态性InDel标记,通过对6个交换单株的分析,对Rf2进行了精细定位,进一步把区间缩小到1.48 Mb。选择目标区间内与Rf2基因共分离的InDel标记可用于恢复系改良过程中追踪Rf2基因。3.获得了能同时区分恢复基因Rf1和Rf2的InDel1892标记,变异位点序列分析发现CMS-D8恢复系有32 bp插入,哈克尼西棉细胞质雄性不育CMS-D2恢复系有182 bp插入。InDel1892标记结合本课题前期开发的不育胞质相关的atpA SCAR标记可用于鉴定三系杂交种,并区分杂交种包含的恢复基因类型。4.采用实时荧光定量PCR分析了候选区间内的8个PPR家族基因在CMS-D8三系材料间的表达模式,结果发现GhD05G3391在恢复系中的表达量极显着低于不育系和保持系。结合本课题已有的CMS-D8三系的RNA-Seq数据,鉴定到一个编码NB-ARC结构域抗病蛋白基因GhD05G3374在恢复系中的表达量极显着高于不育系和保持系。
郭晓豪[10]（2020）在《陆地棉低世代群体连锁图谱构建与纤维品质性状QTL定位》文中研究说明我国是棉花种植与消费的大国,而棉花作为重要的经济作物之一,是天然纤维的主要来源。近年来,纺织工业技术的不断创新和人民生活水平的不断提高对优质育种提出了新要求,因此,尽快培育高产优质的陆地棉品种具有重要的意义。纤维品质性状属于多基因控制的复杂数量性状。过去,基于表型选择的常规育种手段耗时比较长,准确性也比较低。分子标记辅助选择（Molecular marker assisted selection,MAS）育种可以通过利用与目标数量性状基因座（Quantitative trait locus,QTL）紧密连锁的分子标记,对子代性状加以选择。从而极大地提高了准确度,加快了育种进程。中棉所679是中棉所选育出的陆地棉高强纤维品系材料,为了对其纤维品质性状进行QTL定位,本研究使用中棉所679与普通材料农垦5号杂交,构建了一个由200个单株组成的F2群体及两个包含200个对应家系的F2:3群体。对三个子代群体进行纤维品质性状的检测,并使用简单重复序列（Simple repeat sequence,SSR）标记对两个亲本进行多态性筛选,得到的多态性标记对F2群体进行基因分型和构建连锁图谱。以F2群体的基因型为基础,对F2及F2:3群体的纤维长度、整齐度、纤维强度、马克隆值和伸长率5个纤维品质性状进行QTL定位,其中F2:3群体的两个生物学重复以表型的平均值进行QTL定位。主要研究结果如下:1.双亲间多态性SSR引物筛选与F2群体基因型检测:共使用6688对SSR引物在双亲间筛选多态性,得到149对高质量的多态性引物,多态性比例为2.23%。2.遗传图谱构建:使用149对SSR多态性引物对F2群体进行基因分型和标记连锁分析,构建了包括119个位点,28个连锁群的遗传连锁图谱。图谱总长度为1173.5 cM,其中,最大的连锁群全长为153.2 cM,包含14个标记,最小的连锁群长为3.3 cM,包含2个标记。28个连锁群平均每个有4.25个标记,标记之间的平均距离9.86 cM。3.利用根据F2基因型信息所构建的遗传图谱,结合F2及F2:3群体的5个纤维品质性状对两个世代群体进行QTL定位,共检测到20个纤维品质QTL,其中在F2群体中检测到9个QTLs,在F2:3群体中检测到11个QTLs。这些QTLs分布11个连锁群上,解释表型变异为3.81-10.31%。纤维长度QTL检测到3个,3个QTLs分布在3个连锁群,解释了表型变异的6.07%-9.80%。这些QTLs的增效基因均来自中棉所679,且qFL-D11-1在F2群体与F2:3群体中均能检测到;检测到5个整齐度QTLs,其中F2群体中检测到1个,F2:3群体中检测到4个,解释的表型变异为4.83%-9.01%;检测到3个纤维强度QTLs,3个QTLs均来自F2群体,这些QTLs解释了表型变异的5.47%-8.07%;检测到4个马克隆值QTLs,其中2个来自F2群体,2个来自F2:3群体,解释了表型变异的3.81%-10.31%;检测到4个伸长率QTLs,其中1个来自F2群体,3个来自F2:3群体,解释了表型变异的7.13%-8.78%。鉴定稳定的QTL位点对精细定位和提高MAS育种的准确性具有重要意义,本实验通过联合分析,鉴定出一个在两个世代中均能检测到的QTL,并且发现控制纤维品质性状的基因可能成簇存在。本研究将为之后挖掘纤维品质性状相关基因及MAS育种奠定基础。
二、Development of SSR Markers towards Genetic Mapping in Cotton(Gossypium hirsutum L. )（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Development of SSR Markers towards Genetic Mapping in Cotton(Gossypium hirsutum L. )（论文提纲范文）
（2）陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 我国棉花生产现状 |
| 1.2 QTL定位原理与方法 |
| 1.2.1 数量性状及其遗传位点 |
| 1.2.2 遗传作图群体类型 |
| 1.2.3 遗传标记的类型 |
| 1.2.4 常见的分子标记 |
| 1.2.5 QTL定位方法 |
| 1.3 棉籽油分含量研究进展 |
| 1.3.1 棉籽油分含量和组成成分研究 |
| 1.3.2 棉籽油分含量QTL研究进展 |
| 1.3.3 其他油料作物油分含量研究进展 |
| 1.3.4 控制棉花油分含量基因的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 海陆群体油分含量QTL定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 海陆群体油分含量测定 |
| 2.1.3 数据分析方法 |
| 2.1.4 棉籽油分含量性状QTL定位 |
| 2.1.5 棉籽油分含量相关候选基因HSD1 的筛选 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 棉籽油分含量的测定数据 |
| 2.2.2 群体油分含量方差分析 |
| 2.2.3 油分含量性状QTL定位结果 |
| 2.2.4 稳定 QTL 候选基因的挖掘 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 候选基因HSD1 功能验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 HSD1 系统发育树分析 |
| 3.1.3 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 基因克隆 |
| 3.1.4 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 亚细胞定位表达载体构建 |
| 3.1.5 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 酿酒酵母表达载体构建与转化 |
| 3.1.6 转基因酵母阳性株的鉴定及诱导表达 |
| 3.1.7 酵母RNA的提取及q RT-PCR |
| 3.1.8 拟南芥表达载体构建 |
| 3.1.9 拟南芥的筛选与油分含量和脂肪酸各组分含量测定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 GhHSD1和GbHSD1 基因克隆与序列分析 |
| 3.2.2 同源进化树分析和多重序列比对 |
| 3.2.3 GhHSD1和GbHSD1 亚细胞定位 |
| 3.2.4 转GhHSD1和GbHSD1 基因酵母油脂含量的变化 |
| 3.2.5 GhHSD1 基因对拟南芥油脂含量的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦条锈病与白粉病 |
| 1.1.1 小麦抗条锈病基因和抗白粉病基因的研究 |
| 1.1.2 小麦抗条锈病和白粉病的其他研究 |
| 1.2 植物NAC转录因子 |
| 1.2.1 植物NAC转录因子简介 |
| 1.2.2 植物激素参与的NAC转录因子调控 |
| 1.2.3 NAC转录因子的调控作用 |
| 1.2.4 小麦NAC转录因子(TaNAC)的研究现状 |
| 1.3 植物中的杂种衰亡 |
| 1.3.1 植物中杂种衰亡的简介 |
| 1.3.2 杂种衰亡的可能原因和调控机制 |
| 1.3.3 远缘杂交与基因互作 |
| 1.3.4 小麦中的杂种衰亡 |
| 1.4 分子标记开发及多组学研究方法 |
| 1.4.1 分子标记技术的发展与分子标记开发 |
| 1.4.2 多组学研究方法 |
| 1.5 研究方案 |
| 1.5.1 选题目的及意义 |
| 1.5.2 研究内容和方案 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 TaNAC TFs参与调节小麦对白粉病和条锈病的抗性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 植物材料和处理 |
| 2.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 2.2.3 筛选真菌胁迫响应相关的TaNAC基因 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR分析 |
| 2.2.5 普通小麦NAC转录因子基因家族重鉴定和序列分析 |
| 2.2.6 TaNAC转录因子的系统进化及蛋白序列特征分析 |
| 2.2.7 基因及其编码产物的序列结构、理化性质等生物信息学分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基于IWGSC Ref Seq v1.1 对小麦NAC转录因子基因家族重鉴定 |
| 2.3.2 基于转录组数据筛选并分析真菌胁迫响应的TaNAC基因 |
| 2.3.3 从真菌胁迫后的N9134 中克隆TaNAC基因并重命名新转录本 |
| 2.3.4 获得的TaNAC转录本及其编码产物的序列结构、理化性质等分析 |
| 2.3.5 白粉菌和条锈菌侵染下小麦TaNAC基因的表达分析 |
| 2.3.6 真菌胁迫下N9134中TaNAC转录本的结构变体 |
| 2.3.7 真菌胁迫下差异表达TaNAC转录因子的结构特征分析 |
| 2.3.8 TaNAC膜结合转录因子(Membrane-bound TFs,MTFs)的比较分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 时空特异表达和可变剪切表明:TaNAC转录本可进一步丰富和完善 |
| 2.4.2 小规模复制或删除事件有助于丰富TaNAC基因及其转录本序列结构变异的多样性 |
| 2.4.3 膜结合TaNAC通过形成不同结构变体的调控方式发挥不同的功能 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 TaNAC基因基于可变剪切和miRNA的转录后调控参与真菌胁迫响应 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料和处理 |
| 3.2.2 RNA提取与基因克隆 |
| 3.2.3 实时荧光定量PCR分析TaNAC结构变异转录本差异表达 |
| 3.2.4 洋葱表皮细胞瞬时表达分析亚细胞定位 |
| 3.2.5 转录调控活性分析 |
| 3.2.6 生物信息学分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 一对TaNAC可变剪切结构变异转录本在白粉菌胁迫下的表达分析 |
| 3.3.2 克隆得到TaNAC可变剪切转录本的序列结构分析 |
| 3.3.3 TaNAC结构变异转录本编码产物的结构特征和理化性质分析 |
| 3.3.4 TaNAC可变剪切结构变异转录本编码产物的高级结构分析 |
| 3.3.5 比对分析TaNAC结构变异转录本的亚细胞定位 |
| 3.3.6 比较分析TaNAC结构变异转录本的转录调控活性 |
| 3.3.7 结合于小麦TaNAC基因编码区的mi RNA的预测分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 TaNAC基因可以通过可变剪切的转录后调控方式参与胁迫响应 |
| 3.4.2 TaNAC基因可变剪切和mi RNA耦联的转录后调控 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 小麦杂种衰亡调控基因的精细定位及其在我国的分布与演化 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 植物材料 |
| 4.2.2 等位性测验 |
| 4.2.3 表型调查和数据分析 |
| 4.2.4 取样和提取基因组DNA |
| 4.2.5 分子标记的筛选和开发 |
| 4.2.6 绘制遗传图谱 |
| 4.2.7 杂种衰亡相关小麦材料的系谱分析和基因型检测 |
| 4.2.8 荧光原位杂交(FISH) |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 分析验证本研究冬小麦群体中存在的杂种衰亡 |
| 4.3.2 中度和重度杂种衰亡系统中也存在Ne基因的剂量效应 |
| 4.3.3 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的复等位基因确实分别存在不同 |
| 4.3.4 构建冬小麦杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的高密度遗传图谱 |
| 4.3.5 杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 在中国各麦区离散的分布特征 |
| 4.3.6 N9134 和周麦22 中杂种衰亡调控基因Ne1 和Ne2 的来源 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 F_1 与亲本的千粒重百分比更适合为杂种衰亡分级标准之一 |
| 4.4.2 遗传背景应该是杂种衰亡表型差异的另一个影响因素 |
| 4.4.3 普通小麦的Ne1 和Ne2 可能分别直接源于野生二粒小麦和黑麦 |
| 4.4.4 N9134 的Ne1 和周麦22 的Ne2 可能是杂种衰亡调控新基因 |
| 4.4.5 引进品种直接影响中国现代品种杂种衰亡基因频率(尤其Ne2) |
| 4.4.6 导致杂种衰亡的基因位点也可以对小麦育种起积极作用 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 小麦杂种衰亡调控机制的多组学分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 多组学分析的植物材料 |
| 5.2.2 基于BSA的转录组测序(BSR) |
| 5.2.3 基于PacBio三代平台的全长转录组测序 |
| 5.2.4 iTRAQ定量蛋白质组测序 |
| 5.2.5 广泛靶向代谢组分析 |
| 5.2.6 多组学联合分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 小麦杂种衰亡的BSR分析 |
| 5.3.2 小麦杂种衰亡的全长转录组分析 |
| 5.3.3 小麦杂种衰亡的定量蛋白质组学分析 |
| 5.3.4 小麦杂种衰亡的代谢组学分析 |
| 5.3.5 基于转录组、蛋白质组和代谢组的多组学联合分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 各组学分析结果及多组学联合分析结果的问题与不足 |
| 5.4.2 小麦中杂种衰亡、真菌病害抗性、TaNAC转录因子三者的关系 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 全文总结 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 主要创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 附文 |
| 附录B 附表 |
| 附录C 附图 |
| 致谢 |
| 博士毕业有感 |
| 作者简介 |
（4）陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类与发展 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 陆地棉野生种系特征性状 |
| 1.2.2 陆地棉野生种系研究进展 |
| 1.3 棉花遗传图谱的构建 |
| 1.3.1 DNA分子标记 |
| 1.3.2 遗传作图群体 |
| 1.3.3 棉花种间遗传图谱研究 |
| 1.3.4 陆地棉种内遗传图谱研究 |
| 1.4 SNP标记的开发 |
| 1.4.1 SNP标记 |
| 1.4.2 全基因组高通量重测序技术开发SNP标记 |
| 1.4.3 利用基因芯片技术开发SNP标记 |
| 1.4.4 利用简化基因组测序来开发SNP标记 |
| 1.4.5 SLAF测序技术的应用 |
| 1.5 棉花QTL定位研究 |
| 1.5.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.5.2 棉花农艺性状QTL研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料和方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验仪器设备 |
| 3.3 棉花基因组DNA提取 |
| 3.3.1 棉花基因组DNA提取试剂 |
| 3.3.2 CTAB法提取棉花基因组DNA |
| 3.4 SSR标记检测 |
| 3.4.1 PCR反应体系建立及反应程序 |
| 3.4.2 SSR引物来源 |
| 3.4.3 SSR扩增产物检测主要试剂 |
| 3.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.5 SLAF-seq及群体基因型分型 |
| 3.5.1 酶切方案的设计 |
| 3.5.2 文库的建立和测序 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 遗传图谱的构建 |
| 3.6.2 表型数据 |
| 3.6.3 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体F_(2:6)高密度遗传图谱的构建 |
| 4.1.1 SSR标记检测群体各单株基因型 |
| 4.1.2 SLAF-seq检测群体各单株基因型 |
| 4.1.3 遗传图谱的构建 |
| 4.2 群体产量性状和纤维品质表型统计分析 |
| 4.2.1 群体产量和纤维品质性状表现 |
| 4.2.2 群体产量性状和纤维品质方差分析 |
| 4.2.3 群体产量性状和纤维品质间相关性分析 |
| 4.3 群体产量性状和纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.2 纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 作图亲本的选择 |
| 5.2 作图标记选择及高密度遗传图谱构建 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇统计分析 |
| 5.5 环境稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 6.2 产量和纤维品质QTL的初步定位 |
| 6.3 环境稳定QTL和QTL簇 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（5）基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 棉花种质资源概况 |
| 1.1.1 海岛棉起源与分类 |
| 1.1.2 海岛棉遗传多样性研究进展 |
| 1.1.3 新疆海岛棉育种进程 |
| 1.2 海岛棉种质资源的利用 |
| 1.2.1 种间杂种优势利用 |
| 1.2.2 海岛棉与陆地棉种间渐渗作用 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析原理与流程 |
| 1.3.2 棉花基因组测序研究进展 |
| 1.3.3 海岛棉群体遗传图谱的构建 |
| 1.3.4 海岛棉全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.5 全基因组关联分析的扩展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 研究报告 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 田间试验 |
| 2.2.2 表型鉴定与分析 |
| 2.2.3 文库构建和测序 |
| 2.2.4 序列质量检测和过滤 |
| 2.2.5 基因分型 |
| 2.2.6 群体结构分析 |
| 2.2.7 LD和群体遗传多样性分析 |
| 2.2.8 群体受选择分析 |
| 2.2.9 全基因组关联分析 |
| 2.2.10 候选基因的鉴定 |
| 2.2.11 表达分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 SNP和 In Del的鉴定 |
| 2.3.2 群体结构特点 |
| 2.3.3 连锁不平衡和遗传多样性分析 |
| 2.3.4 选择区域鉴定 |
| 2.3.5 关联群体的表型变异 |
| 2.3.6 全基因组关联分析 |
| 2.3.7 纤维强度相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.3.8 衣分相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基于重测序的海岛棉基因分型 |
| 2.4.2 独特的新疆自育海岛棉种质资源 |
| 2.4.3 不同性状关联位点的鉴定 |
| 2.4.4 棉花纤维性状相关候选基因 |
| 2.4.5 展望 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
（6）陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 棉花基因组特点和研究现状 |
| 1.1.1 棉花的分类 |
| 1.1.2 棉花基因组研究现状 |
| 1.2 基因组重测序及其应用 |
| 1.2.1 基因组重测序与遗传图谱 |
| 1.2.2 基因组重测序与基因定位 |
| 1.2.3 棉花分子标记的发展 |
| 1.2.4 基因组重测序在棉花中的研究应用 |
| 1.3 花青素研究现状和在植物中的改良应用 |
| 1.3.1 花青素的生物学作用 |
| 1.3.2 花青素的合成途径和调控机制 |
| 1.3.3 花青素在改良作物品质的应用 |
| 1.3.4 棉花红色植株突变体 |
| 1.3.5 棉花红色植株R1和亚红株Rs基因的研究现状 |
| 1.3.6 花青素与植物抗虫性 |
| 第二章 引言 |
| 2.1 研究意义及立题依据 |
| 2.2 技术路线 |
| 第三章 陆地棉品种T586和渝棉一号的基因组重测序及R1性状的定位克隆 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 主要药品试剂 |
| 3.1.3 主要仪器设备 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 DNA提取和稀释 |
| 3.2.2 DNA质量检测 |
| 3.2.3 全基因组重测序流程和SNP和InDel检测方法。 |
| 3.2.4 SNP引物开发设计 |
| 3.2.5 HRM高分辨率溶解曲线PCR的反应体系 |
| 3.2.6 遗传连锁图构建 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 T586和渝棉一号的DNA样品提取和质量检测 |
| 3.3.2 全基因组测序获得的数据量和质量可以满足SNP和 InDel检测要求.. |
| 3.3.3 测序数据与参考基因组TM-1的比对情况 |
| 3.3.4 T586 和渝棉一号获得的SNP和 InDel数量统计分析 |
| 3.3.5 比对获得的SNP数目及注释分析 |
| 3.3.6 比对获得的InDel数量及注释结果统计 |
| 3.3.7 染色体上的SNP和 InDel总体分布情况 |
| 3.3.8 红色植株R1的表型观察和性状统计 |
| 3.3.9 R1区域SNP分子标记筛选和R1基因的精细定位 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 陆地棉GhPAP1D的基因功能分析和调控花青素合成机制探究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 植物和昆虫材料 |
| 4.1.2 菌株和载体 |
| 4.1.3 主要仪器设备 |
| 4.1.4 主要试剂和缓存液 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 用于基因克隆和序列分析的引物 |
| 4.2.2 TRV载体构建和瞬时表达 |
| 4.2.3 RNA提取和cDNA合成 |
| 4.2.4 定量PCR分析 |
| 4.2.5 花青素提取和含量测定 |
| 4.2.6 转录组测序和分析 |
| 4.2.7 烟草瞬时表达和双荧光素酶测定 |
| 4.2.8 抗虫性测定 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 GhPAP1D具有调控花青素合成的功能 |
| 4.3.2 转录组和qRT-PCR探究GhPAP1D基因对花青素合成途径的影响 |
| 4.3.3 GhPAP1D基因可转录激活花青素合成结构基因GhUFGT和GhGST |
| 4.3.4 GhPAP1D对自身启动子具有转录激活作用 |
| 4.3.5 棉花叶片中GhPAP1D调控花青素合成的模式 |
| 4.3.6 超量表达棉花GhPAP1D基因可提高棉花的抗虫性 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 亚红株性状的控制基因及其功能分析 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 植物材料 |
| 5.1.2 菌株和载体 |
| 5.1.3 主要仪器设备 |
| 5.1.4 主要试剂和缓存液 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 Rs基因克隆引物和表达量测定引物 |
| 5.2.2 RNA提取和cDNA合成 |
| 5.2.3 转录组测序和分析 |
| 5.2.4 GUS染色测定GhPAP1A启动子活性 |
| 5.2.5 VIGS载体构建和棉花叶片瞬时表达 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 亚红株材料的性状观察和花青素含量测定 |
| 5.3.2 亚红株中花青素合成相关基因的表达分析 |
| 5.3.3 亚红株中GhPAP1A基因的序列分析 |
| 5.3.4 亚红株中GhPAP1A基因与Rs性状相关联 |
| 5.3.5 GUS染色分析发现亚红株的GhPAP1A启动子活性增强 |
| 5.3.6 亚红株中的GhPAP1A基因的功能验证 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 讨论 |
| 6.1 棉花的遗传定位研究 |
| 6.2 棉花中花青素合成途径 |
| 6.3 棉花花青素与抗虫的关系 |
| 6.4 串联重复序列可能在棉花等物种的启动子中起重要作用 |
| 6.5 花青素途径是遗传改造棉花纤维颜色的重要途径 |
| 第七章 主要结论和创新点 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一 缩写词 |
| 附录二 T586和渝棉一号的测序质量分布 |
| 附录三 T586 和渝棉一号重测序获得的Raw reads的分类情况 |
| 附录四 T586 和渝棉一号的reads的错误率分布 |
| 附录五 T586和渝棉一号的测序深度分布 |
| 附录六 T586 和渝棉一号各染色体上的SNP和 InDel数量 |
| 附录七 超量表达GhPAP1D植株和Null系花青素合成相关基因FPKM值 |
| 附录八 T586 和渝棉一号中GhPAP1D基因编码区和启动子区序列比对 |
| 附录九 亚红株中花青素合成基因表达FPKM值 |
| 附录十 亚红株,红色植株,绿色植株和亚洲棉中GhPAP1A序列比对 |
| 附录十一 参与课题 |
| 附录十二 发表文章 |
| 致谢 |
（7）利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 染色体置换系概述 |
| 1.2.1 染色体置换系简介 |
| 1.2.2 染色体置换系在作物遗传育种中的应用 |
| 1.2.2.1 复杂性状的遗传解析与QTL定位 |
| 1.2.2.2 利用置换系进行杂种优势的评估 |
| 1.2.2.3 利用置换系进行遗传改良与基因聚合育种 |
| 1.3 高通量测序技术对作物育种的影响 |
| 1.4 作物数量性状基因(QTL)定位 |
| 1.4.1 QTL定位原理 |
| 1.4.2 遗传连锁分析 |
| 1.4.3 关联分析 |
| 1.4.4 混合分组分析 |
| 1.5 植物油份合成代谢研究概述 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 棉花海陆种间染色体置换系遗传效应分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 所用试剂 |
| 2.2.3 田间种植与管理 |
| 2.2.4 基于SSR分子标记鉴定 |
| 2.2.5 基于全基因组重测序的变异分析 |
| 2.2.6 表型性状考察及数据统计 |
| 2.2.7 QTL定位 |
| 2.2.8 纤维品质加性效应来源评估 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基于PCR的分子标记鉴定 |
| 2.3.2 基于全基因组重测序鉴定 |
| 2.3.3 SSR分子标记与重测序染色体置换片段检测结果比较 |
| 2.3.4 田间表型性状结果 |
| 2.3.5 表型性状相关性分析 |
| 2.3.6 置换系群体特异突变性状的遗传解析 |
| 2.3.7 置换系农艺性状及棉籽含油量QTL分析 |
| 2.3.8 纤维品质性状加性效应来源评估 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 作物染色体置换系构建策略 |
| 2.4.2 海陆种间农艺性状遗传效应分析 |
| 第三章 叶片大小突变体QTL的精细定位 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 技术路线 |
| 3.2.3 田间种植与管理 |
| 3.2.4 叶片性状考察与分析 |
| 3.2.5 多态性分子标记的开发 |
| 3.2.6 QTL定位 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 大叶表型性状考察 |
| 3.3.2 叶片表皮细胞观察 |
| 3.3.3 大叶性状QTL初定位 |
| 3.3.4 叶面积性状QTL的精细定位 |
| 3.3.5 候选基因预测 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 棉花海陆种间棉籽油份相关基因的表达差异分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 棉籽发育转录组数据分析 |
| 4.2.2.1 样品准备 |
| 4.2.2.2 海陆棉种棉籽油份合成差异基因分析 |
| 4.2.2.3 GO和 KEGG富集分析 |
| 4.2.2.4 棉籽油份合成基因表达谱绘制 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 棉籽发育过程中基因表达 |
| 4.3.2 棉籽发育过程中基因表达差异分析 |
| 4.3.3 棉籽发育过程中差异表达基因GO和 KEGG富集分析 |
| 4.3.4 脂质代谢相关差异表达基因的KEGG富集分析 |
| 4.3.5 油份代谢相关转录因子 |
| 4.3.6 海陆棉种棉籽油份基因表达图谱 |
| 4.3.7 油份相关基因变异解析 |
| 4.3.8 候选基因预测 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 海陆种间棉籽油份合成基因表达网络比较 |
| 4.4.2 海岛棉棉籽油份积累基因调控 |
| 参考文献 |
| 附录1 棉花DNA提取 |
| 附表1 CSSLs染色体置换片段统计 |
| 附表2 置换片段Block划分信息 |
| 附表3 叶面积QTL分析中使用引物 |
| 附表4 叶面积QTL区间内候选基因组织表达模式 |
| 附表5 油份转录组测序数据统计 |
| 附图1 棉籽发育过程中差异基因的GO分析 |
| 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（8）新疆陆地棉品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩写词中英文对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 棉花产业发展现状 |
| 1.2 作物品种鉴定方法 |
| 1.2.1 形态学鉴定法-田间小区种植 |
| 1.2.2 分子标记技术 |
| 1.3 作物DNA指纹图谱构建研究进展 |
| 1.4 作物遗传多样性分析研究进展 |
| 1.5 试验设计 |
| 1.5.1 目的和意义 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 新陆早与新陆中棉花品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 棉花基因组DNA的提取 |
| 2.1.3 核心引物的筛选 |
| 2.1.4 PCR扩增 |
| 2.1.5 PCR扩增产物的检测 |
| 2.1.6 数据整理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 核心引物筛选及多态性带型分析 |
| 2.2.2 新陆早与新陆中棉花品种DNA指纹图谱构建 |
| 2.2.3 新陆早与新陆中棉花品种二维码的构建 |
| 2.2.4 新陆早与新陆中棉花品种的遗传多样性分析 |
| 2.2.5 群体结构分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 新疆彩色棉品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 棉花基因组DNA的提取 |
| 3.1.3 核心引物的筛选 |
| 3.1.4 PCR扩增 |
| 3.1.5 PCR产物的检测 |
| 3.1.6 数据整理与分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 核心引物筛选及多态性带型分析 |
| 3.2.2 新疆彩色棉品种DNA指纹图谱构建 |
| 3.2.3 新疆彩色棉品种二维码的构建 |
| 3.2.4 新疆彩色棉品种遗传多样性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 全文结论与展望 |
| 4.1 论文研究主要结论 |
| 4.2 论文研究的创新点 |
| 4.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师评阅表 |
（9）棉花CMS-D8恢复基因Rf2定位及标记开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 细胞质雄性不育 |
| 1.2 棉花细胞质雄性不育 |
| 1.3 棉花杂交制种 |
| 1.4 BSA测序和SNP基因分型 |
| 1.4.1 BSA基因定位 |
| 1.4.2 SNP基因分型 |
| 1.5 分子标记辅助选择育种 |
| 1.5.1 分子标记种类 |
| 1.5.2 分子标记辅助选择 |
| 1.5.3 棉花恢复基因的分子标记及应用 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 田间材料 |
| 2.1.2 实验试剂及耗材 |
| 2.1.3 实验仪器及设备 |
| 2.2 取样及DNA和 RNA的提取 |
| 2.2.1 叶片取样 |
| 2.2.2 花药取样 |
| 2.2.3 DNA和 RNA的提取 |
| 2.3 性状调查 |
| 2.4 遗传分析 |
| 2.5 BSA初定位 |
| 2.5.1 实验材料 |
| 2.5.2 文库构建与测序 |
| 2.5.3 变异检测 |
| 2.5.4 候选区间的确定 |
| 2.6 毛细管电泳基因分型 |
| 2.7 高通量SNP基因分型 |
| 2.7.1 实验材料与目标位点的确定 |
| 2.7.2 文库构建与测序 |
| 2.7.3 目标位点基因型分析 |
| 2.8 荧光定量PCR |
| 2.9 InDel标记开发与连锁分析 |
| 2.10 InDel1892标记位点序列分析 |
| 2.11 分子标记辅助选择 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 性状调查与遗传分析 |
| 3.2 BSA测序 |
| 3.2.1 测序数据统计 |
| 3.2.2 变异检测结果 |
| 3.2.3 候选区间的确定 |
| 3.3 毛细管电泳基因分型 |
| 3.4 高通量SNP基因分型 |
| 3.5 InDel标记筛选与连锁分析 |
| 3.6 恢复系分子标记辅助选择及杂交种鉴定 |
| 3.6.1 InDel1327分子标记辅助选择Rf2 |
| 3.6.2 InDel1892标记分子标记辅助选择Rf_2和Rf_1 |
| 3.6.3 三系杂交种鉴定 |
| 3.7 候选区间内变异与基因分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 回交群体用于Rf2的初定位 |
| 4.2 BSA测序结合基因分型在定位中的优势 |
| 4.3 恢复基因分子标记的开发和定位 |
| 4.4 分子标记辅助选择育种 |
| 4.5 棉花恢复基因候选基因(Rf2) |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（10）陆地棉低世代群体连锁图谱构建与纤维品质性状QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 纤维发育过程研究进展 |
| 1.1.1 纤维发育起始阶段 |
| 1.1.2 纤维发育伸长阶段 |
| 1.1.3 次生壁合成阶段 |
| 1.1.4 纤维脱水成熟阶段 |
| 1.2 遗传标记的发展和应用 |
| 1.2.1 遗传标记技术的发展 |
| 1.2.2 DNA分子标记的分类 |
| 1.2.3 SSR分子标记优点 |
| 1.3 QTL定位方法研究进展 |
| 1.3.1 基于单个标记的分析法 |
| 1.3.2 区间作图法 |
| 1.3.3 复合区间作图法 |
| 1.3.4 基于混合线性模型进行QTL定位的方法 |
| 1.3.5 完备区间作图法 |
| 1.4 纤维品质性状研究进展 |
| 1.4.1 陆海渐渗系群体纤维品质性状的QTL定位 |
| 1.4.2 陆海渐渗系群体纤维品质性状的QTL精细定位 |
| 1.4.3 陆地棉种内群体纤维品质性状的QTL定位 |
| 第二章 材料及方法 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 2.3 实验材料 |
| 2.4 性状调查 |
| 2.5 DNA提取 |
| 2.5.1 棉花基因组DNA提取的步骤 |
| 2.5.2 棉花基因组DNA提取试剂的配方 |
| 2.6 SSR标记多态性筛选与基因型分析 |
| 2.6.1 PCR扩增体系及反应条件 |
| 2.6.2 凝胶电泳与银染显色 |
| 2.7 数据分析 |
| 2.8 QTL命名方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 表型数据分析 |
| 3.1.1 亲本亲性状表现 |
| 3.1.2 F_2及F_(2:3)群体的纤维品质性状表现 |
| 3.1.3 F_2群体及F_(2:3)群体纤维品质性状的相关性分析 |
| 3.2 双亲间多态性标记的筛选与子代群体的基因分型 |
| 3.3 遗传连锁图谱 |
| 3.4 QTL定位分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 QTL成簇分布 |
| 4.2 多态性标记的数量 |
| 4.3 标记在染色体上的分布 |
| 4.4 QTL位点的稳定性 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
四、Development of SSR Markers towards Genetic Mapping in Cotton(Gossypium hirsutum L. )（论文参考文献）
- [1]基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位[D]. 张小微. 新疆农业大学, 2021
- [2]陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析[D]. 边盈盈. 中国农业科学院, 2021(09)
- [3]真菌胁迫响应TaNAC基因和小麦杂种衰亡分子机理研究[D]. 吕士凯. 西北农林科技大学, 2021
- [4]陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位[D]. 杨乐. 西南大学, 2021(01)
- [5]基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘[D]. 余静文. 浙江大学, 2021(01)
- [6]陆地棉花青素合成调控基因的定位克隆和功能分析[D]. 李鑫. 西南大学, 2020(04)
- [7]利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应[D]. 祝德. 华中农业大学, 2020(01)
- [8]新疆陆地棉品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析[D]. 李婧慧. 石河子大学, 2020(08)
- [9]棉花CMS-D8恢复基因Rf2定位及标记开发[D]. 冯娟娟. 中国农业科学院, 2020(01)
- [10]陆地棉低世代群体连锁图谱构建与纤维品质性状QTL定位[D]. 郭晓豪. 河南科技学院, 2020(12)