一、癌症发生的分子生物学研究方法以及生物治癌药物的开发（论文文献综述）
李若曦[1]（2021）在《老药二次研发策略在抗疟疾和抗罕见病结膜黑色素瘤新药研发中的应用》文中研究指明本论文聚焦老药二次研发方向,以抗肿瘤临床候选药物Quisinostat为先导结构精准设计合成了一系列新型抗疟疾HDAC抑制剂,并系统研究了其抗疟疾活性、安全性、成药性和作用机制;同时发现抗心律不齐临床药物普罗帕酮具有抗结膜黑色素瘤新用途,并以普罗帕酮为先导结构进行了初步的药物化学改造工作。本论文由两部分组成:第一部分为基于Quisinostat的抗疟疾HDAC抑制剂的设计合成与活性研究。疟疾（malaria）是一种由疟原虫引起的全球性恶性传染病,其中恶性疟原虫（Plasmodium falciparum,Pf）流行性最广,危害最大。由于耐药疟疾的威胁愈演愈烈,目前临床上急需具有新结构、新作用机制与多时期杀虫药效的抗疟疾新药。多年研究表明恶性疟原虫组蛋白去乙酰化酶（Plasmodium falciparum histone deacetylase,PfHDAC）具有成为新型抗疟疾药物靶标的潜力。前期研究中本团队合作方中科院上海巴斯德研究所江陆斌研究员团队发现临床Ⅱ期异羟肟酸类抗肿瘤HDAC抑制剂Quisinostat具有良好的体内外多时期抗疟疾药效。Quisinostat由于细胞毒性大、治疗窗口窄,限制了其临床应用潜力,但Quisinostat可作为药物化学结构修饰绝佳的起点。因此,本论文以Quisinostat为先导化合物展开老药二次研发,旨在通过结构改造提高衍生物的安全性,同时保持Quisinostat原有的优秀抗疟疾活性。根据HDAC抑制剂的结构特征以及Quisinostat与PfHDAC1的分子对接结果,可将Quisinostat结构分为Zn2+结合基团（ZBG）、连接链（linker）和表面结合基团（CAP）三个区域。首先,我们保持Quisinostat原有嘧啶异羟肟酸药效团（ZBG区）和N-甲基吲哚（CAP区）不变,基于骨架跃迁策略合成了具有新结构的二胺linker衍生物A1～A6,并基于对人源细胞选择性较高的衍生物A5与A2,通过精心修饰CAP基团,分别合成了具有全新结构骨架的衍生物B1～B39与C1～C30。其中,衍生物B35、B39和C9体外抑制红内期野生型恶性疟原虫3D7的IC50值分别为11.3 nM、11.5 nM和3.19 nM,与Quisinostat 的活性相当（IC50=5.2 nM）,而 B35、B39 和 C9 对人源细胞（HepG2 和 293T）的选择性分别比Quisinostat提高60～80倍、100～140倍和8～10倍,充分表明通过结构改造可以显着提升衍生物的安全性。B35、B39和C9可有效抑制数种多重耐药型红内期临床恶性疟原虫增殖,不与常用抗疟疾临床药物产生交叉抗性,特别是环期生存实验表明C9可以有效抑制青蒿素耐药的恶性疟原虫6218和6320的增殖,表明新衍生物具有克服临床耐药疟疾的潜力。体外肝微粒体实验与小鼠药代实验表明B35、B39与C9的代谢稳定性与部分药代性质优于Quisinostat。小鼠急性毒性和体内药效实验表明B35、B39与C9等新衍生物的动物安全性优于Quisinostat,其中B35和B39在75～150 mg/kg下具有部分红内期体内药效,C9可在60 mg/kg下治愈小鼠红内期约氏疟原虫（P.yoelii）感染,30 mg/kg下部分治愈小鼠肝期伯氏疟原虫（P.berghei）感染,同时在有效剂量下不影响小鼠存活情况。该结果初步表明C9具有多时期（红内期和肝期）体内抗疟疾疗效。红内期时期特异性杀虫实验表明C9与Quisinostat类似,可清除红内期的环状体、滋养体与裂殖体疟原虫,其中针对裂殖体的药效最好,是一个有良好开发潜力的临床前抗疟疾候选化合物。为了探究新衍生物抗疟疾作用机制,我们首先通过Western blot表征恶性疟原虫组蛋白H3乙酰化水平实验证明B35、B39与C9均为PfHDAC抑制剂。我们进而利用glmS核酶构建了PfHDAC1/2基因敲减虫株,并通过测试化合物抑制基因敲减虫株增殖的活性表明PfHDAC1是C9的作用靶点。体外重组蛋白活性抑制实验进一步表明C9抑制PfHDAC1活性的IC50为0.34 nM,强于其它已知PfHDAC1抑制剂,仅弱于Quisinostat（IC50=3 pM）。人源HDAC抑制实验表明C9抑制Ⅰ型人源HDAC的活性与Quisinostat相近,而B35与B39抑制Ⅰ型人源HDAC的活性下降10～20倍。综上所述,本论文以Quisinostat为先导设计并合成了 75个嘧啶异羟肟酸类衍生物并系统研究了其体内外抗疟疾药效、安全性和成药性,从中发现具有针对红内期与肝期的多时期杀虫活性、可有效清除耐药恶性疟原虫且体内外安全性显着提升的新型PfHDAC1抑制剂C9。本论文的研究结果进一步表明PfHDAC1作为新型抗疟疾药物靶点的研究潜力。目前基于C9的深入结构改造与药效及机制研究正在进行中。同时我们发现泛PfHDAC抑制剂B35与B39安全性显着提升且具有一定的抗疟疾活性,同样具有较大的研究潜力。第二部分为普罗帕酮抗罕见病结膜黑色素瘤新用途衍生物的设计合成与活性研究。结膜黑色素瘤（conj unctival melanoma,以下简称CM）是一种致命性的眼部恶性肿瘤,是近年来才逐渐得到重视的罕见疾病领域。目前临床上既无公认的CM治疗方案,也无治疗CM的有效药物,且缺乏系统的CM治疗新药开发与临床研究报道。因此,开发安全有效的抗CM药物迫在眉睫。通过与上海市第九人民医院的贾仁兵研究员课题组共同合作筛选本团队老药库抑制CM细胞增殖的活性,我们首次发现1C型抗心律不齐药物盐酸普罗帕酮具有抗CM新用途。然而普罗帕酮体内外抗CM活性不能满足临床治疗需求。为了推动抗CM新药研发,本论文以普罗帕酮为先导化合物展开抗CM药物化学研究,旨在通过结构改造提高衍生物的抗CM活性与安全性。根据普罗帕酮的结构特点,我们将其划分为三个结构域,并经过三阶段结构改造合成了衍生物D1～D46。体外研究表明衍生物D33和D34抑制CRMM1细胞增殖活性（IC50分别为0.57和0.13 μM）分别比普罗帕酮（IC50=24.70 μM）提高了 43倍和190倍。同时,D33和D34对人源黑色素细胞PIG1的选择性（SI分别为14.5和19.1）分别比普罗帕酮（SI=2.3）提高了 6.3倍和8.3倍。综上所述,我们以普罗帕酮为先导,通过结构改造获得体外抑制CM细胞增殖活性与选择性显着提升的新衍生物,初步达到提高衍生物的抗CM活性与安全性的目的。目前基于新衍生物的抗CM结构改造与机制研究正在进行中。
严俊芳[2]（2021）在《电离辐射诱导非小细胞肺癌DNA损伤与线粒体功能紊乱的应答机理研究》文中进行了进一步梳理肺癌作为全球第一大癌症,是威胁人类健康的凶险癌症类型。放射治疗作为疗效明确的肺癌治疗手段,被应用于肺癌治疗的各个阶段。放射治疗的辐射效应主要引起核基因组的损伤和细胞质损伤比如线粒体功能紊乱。重离子治癌作为先进的放射治疗手段,因其独特的物理优势,能诱发显着的生物学效应,明显提高肺癌病人的治愈率,但其机理仍不清楚。本文以非小细胞肺癌为研究对象,首先探究了X射线和碳离子以及两者联合博来霉素诱导的复杂DNA损伤的动态应答机制。其次,围绕碳离子单独或协同替加环素诱导线粒体功能紊乱展开研究,并对DNA损伤应答与线粒体功能紊乱的相互作用机制做了初步探究,重点阐述重离子治癌的生物学效应机理,使其治癌优势发挥更大。首先,本文对比X射线发现肺癌细胞对碳离子辐照更加敏感,且碳离子诱导的复杂DSB损伤频率较X射线增加。两种射线联合博来霉素后复杂DSB损伤频率为X射线<X射线联合博来霉素<碳离子<碳离子联合博来霉素。随着损伤频率的增加,识别因子γH2AX和53BP1更难募集到损伤位点,募集出现滞后现象。通过修复蛋白的差异表达分析发现,除X射线辐照外,其余各组非同源末端连接（NHEJ）修复因子Ku70的表达上调,而同源重组（HR）修复因子Rad51表达没有显着性差异,表明复杂DSB损伤修复可能以NHEJ为主。碳离子组和碳离子联合博来霉素组中单链损伤识别蛋白XRCC1的表达均下调,说明DNA单链断裂（SSB）逐渐被修复。下一步,对比抗肿瘤药物替加环素发现碳离子、替加环素及两者联合能够抑制A549和H1299细胞增殖并诱导线粒体功能紊乱,且联合作用诱导的毒性作用和线粒体功能紊乱最显着。线粒体功能紊乱体现在ATP产生降低,线粒体膜电势降低和线粒体Ca2+摄入量增加。在A549细胞中,碳离子、替加环素及两者联合作用诱导细胞凋亡。而在H1299细胞中,碳离子及两者联合作用诱导凋亡和自噬水平增加。在分子水平上,对比于替加环素的应答通路AMPK/mTOR,碳离子及联合作用通过Akt/AMPK/mTOR通路调控线粒体翻译蛋白影响线粒体翻译,从而调控线粒体功能,且P53缺陷株H1299细胞对线粒体翻译抑制敏感。最后,初步探究发现ATM/p53/mTOR信号通路是DNA损伤和线粒体功能紊乱的共同调控通路。ATM抑制增加了A549细胞对碳离子的辐射敏感性,主要表现在ATM抑制能够下调碳离子辐照后DSB修复因子Ku70和γH2AX的表达,降低DNA损伤修复能力,同时增加线粒体对Ca2+的摄取,导致线粒体功能紊乱。另外,抑制ATM能够降低辐照后p53磷酸化水平,增加mTOR的磷酸化。进一步发现p53磷酸化抑制后可通过降低AMPK磷酸化水平和激活Akt,从而上调mTOR活性。以上结果表明ATM不仅参与DSB修复,还可通过p53调控mTOR通路,进而调控线粒体功能。碳离子辐照24小时后,LC3-II/I比值发生下调,caspase-3活性增加,ATM抑制则能够下调LC3-II/I比值。因此,自噬水平的降低和细胞凋亡的增加共同决定了细胞的命运,ATM抑制则加重了这一现象。综上所述,本研究对比了X射线和重离子诱导的DNA损伤识别修复的动态应答过程,同时为重离子诱导线粒体功能紊乱提供了新的见解。最后,探究了DNA损伤修复和线粒体功能紊乱的的共同调控机制,连接了碳离子辐射后细胞核和线粒体的直接的双向信号,为重离子治癌提供了直接的生物学依据。
郭志伟[3]（2021）在《PI3K/AKT/mTOR信号通路在亚砷酸钠联合黄芪甲苷抗肝癌中的作用研究》文中研究说明临床报告亚砷酸钠（NaAsO2）对肝癌等实体肿瘤的疗效较好,但有毒副作用。研究表明黄芪甲苷（AS-Ⅳ）具有抗癌、抗氧化应激、提升免疫力、保护肝脏等表现。本试验假设NaAsO2联合AS-Ⅳ或能产生协同抑癌的作用。鉴于PI3K/AKT/mTOR信号通路在肝癌等多种肿瘤中被激活,且与细胞增殖、凋亡、分化及自噬有关。论文拟通过HepG2细胞和裸鼠肝癌模型,运用毒理学、组织形态学和分子生物学等方法,以PI3K/AKT/mTOR信号通路及关键调控点为切入点,从体内外多层面（机体、组织、细胞、蛋白、基因水平）系统探究NaAsO2联合AS-Ⅳ的协同抗肝癌作用。第一部分NaAsO2和AS-Ⅳ最佳有效浓度的筛选及其抑制HepG2细胞增殖的转录组学研究（1）采用NaAsO2和AS-Ⅳ处理HepG2细胞,设置0.078、0.156、0.312、0.625和1.250μg/m L五个浓度,作用HepG2细胞24、48、72、96 h,筛选出了NaAsO2的最佳浓度为0.5μg/m L,AS-Ⅳ的最佳浓度为0.8μg/m L,药物联合组采用0.5μg/m L NaAsO2+0.8μg/m L AS-Ⅳ进行研究,时间为72 h。（2）不同处理组（药物组）与对照组基因表达差异分析结果显示,下调基因数量明显高于上调基因,表明NaAsO2和AS-Ⅳ对基因的影响以下调为主,且组间共同表达差异基因为181个,提示不同处理间可能存在共同的作用途径。所有处理组以多细胞生物过程调控、发育过程调控、解剖结构发育等参与生物过程的基因最多。所有处理组富集的集中作用通路主要有细胞因子-细胞因子受体相互作用、铁死亡、造血细胞系、雌激素信号通路等,并在组间还发现PI3K-AKT、FOXO、c AMP、MAPK等多条信号通路均存在显着差异（P<0.05）,提示NaAsO2与AS-Ⅳ主要通过调控癌症相关信号通路发挥抗肝癌作用。第二部分NaAsO2和AS-Ⅳ抑制HepG2肝癌细胞增殖的体外研究（1）本研究采用CCK8法、划痕试验、Transwell试验检测了在NaAsO2和AS-Ⅳ单独及联合使用下HepG2细胞的活性及迁移侵袭能力。除划痕试验显示仅NaAsO2+AS-Ⅳ组细胞迁移能力降低外（P<0.05）,其余试验均显示NaAsO2组、AS-Ⅳ组和NaAsO2+AS-Ⅳ组细胞增殖率、迁移侵袭能力显着下降（P<0.05）,其中NaAsO2+AS-Ⅳ组最为显着,在GNGT1siRNA组,HepG2细胞增殖率升高,迁移侵袭能力增强（P<0.05）。（2）采用流式细胞术检测NaAsO2和AS-Ⅳ单独及联合对HepG2细胞周期及凋亡的影响。结果显示:NaAsO2组、NaAsO2+AS-Ⅳ组及GNGT1siRNA组G0/G1期细胞所占百分比均显着降低（P<0.05）;NaAsO2组、AS-Ⅳ组、NaAsO2+AS-Ⅳ组及GNGT1 siRNA组S期细胞所占百分比均显着增高（P<0.05）。NaAsO2组、AS-Ⅳ组、NaAsO2+AS-Ⅳ组诱导细胞凋亡作用均显着升高（P<0.01）,NaAsO2与AS-Ⅳ联用诱导细胞凋亡的作用显着高于NaAsO2和AS-Ⅳ单独使用（P<0.01）,且NaAsO2诱导细胞凋亡的作用显着高于AS-Ⅳ（P<0.01）。（3）在体外采用免疫荧光、Real time PCR和Western Blot法检测NaAsO2和AS-Ⅳ对PI3K/AKT/mTOR通路关键基因、蛋白（PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、mTOR、p-mTOR）的影响。结果显示:GNGT1、PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、mTOR、p-mTOR在HepG2细胞中均有表达。各药物组GNGT1 m RNA表达量均显着升高（P<0.05）,GNGT1 siRNA组GNGT1 m RNA和蛋白表达量均显着降低（P<0.05）。从整体上看,经NaAsO2和AS-Ⅳ单独及联合处理后,各组细胞PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、mTOR、p-mTOR表达量明显下降,在抑制上游基因GNGT1后,以上基因蛋白表达均显着升高（P<0.05）,提示GNGT1可能参与了对PI3K/AKT/mTOR通路的调控。从各药物组对目的基因、蛋白的影响看,以NaAsO2+AS-Ⅳ组调控变化最为显着（P<0.05）,呈现出NaAsO2+AS-Ⅳ组>NaAsO2组>AS-Ⅳ组的结果。第三部分NaAsO2和AS-Ⅳ抗肝癌作用的体内研究（1）建立裸鼠肝癌移植瘤模型,分为对照组（即模型组,给予等量生理盐水）、NaAsO2组（30 mg/kg）、AS-Ⅳ组（30 mg/kg）、NaAsO2+AS-Ⅳ组（各15 mg/kg）,给药频率次/3 d,持续25 d。结果显示裸鼠体重无显着变化,而NaAsO2+AS-Ⅳ组瘤体积在第16 d显着减小（P<0.05）,NaAsO2组、AS-Ⅳ组及NaAsO2+AS-Ⅳ组瘤体积在第19 d均显着减小（P<0.05）。（2）采用ELISA法检测了不同处理对裸鼠血清肿瘤标志物AFP、DCP、CEA和TNF-α的影响,结果显示:NaAsO2组、AS-Ⅳ组和NaAsO2+AS-Ⅳ组血清AFP、DCP、TNF-α含量均显着低于对照组（P<0.05）;AS-Ⅳ组和NaAsO2+AS-Ⅳ组血清CEA含量均显着降低（P<0.05）。以上指标在NaAsO2+AS-Ⅳ组降低最为显着（P<0.05）。（3）采用HE和TUNEL染色法观察NaAsO2和AS-Ⅳ对裸鼠肝癌移植瘤的病理组织学影响,结果表明NaAsO2+AS-Ⅳ组的肿瘤细胞核固缩及细胞凋亡最为明显。（4）在体内采用Real time PCR和Western Blot法检测NaAsO2和AS-Ⅳ对PI3K/AKT/mTOR通路关键基因、蛋白的影响,结果显示:NaAsO2组、AS-Ⅳ组和NaAsO2+AS-Ⅳ组PI3K、AKT和mTOR m RNA表达量均显着低于对照组（P<0.05）,其中NaAsO2+AS-Ⅳ组表达量最低。NaAsO2+AS-Ⅳ组PI3K、AKT、mTOR、p-PI3K、p-mTOR蛋白表达量均显着低于对照组（P<0.05）;NaAsO2组、AS-Ⅳ组和NaAsO2+AS-Ⅳ组GNGT1 m RNA表达量均显着高于对照组（P<0.05）。本研究采用祛邪与扶正中药联合方案进行抗肝癌研究,结果表明NaAsO2与AS-Ⅳ均具有抗肝癌作用。体外研究显示出NaAsO2与AS-Ⅳ联用抑制HepG2细胞的作用显着高于二者单独使用,初步表明二者具有协同抗肝癌作用。体内研究显示低剂量NaAsO2与低剂量AS-Ⅳ联合的抗肝癌作用仍优于其高剂量单独使用,进一步表明二者具有协同抗肝癌作用。PI3K/AKT/mTOR通路关键基因、蛋白（PI3K、p-PI3K、AKT、p-AKT、mTOR、p-mTOR）与致癌性密切相关,体内外研究结果均显示NaAsO2与AS-Ⅳ下调了其表达,表明NaAsO2与AS-Ⅳ可通过PI3K/AKT/mTOR信号通路发挥抗肝癌作用,且NaAsO2与AS-Ⅳ联用对目的基因、蛋白的调控作用更为显着,从分子水平表明NaAsO2与AS-Ⅳ存在协同抗肝癌作用,同时提示PI3K、AKT和mTOR可以作为抗肝癌药物的治疗靶点。
刘寰宇[4]（2021）在《芪甲扶正方防治肺癌癌因性疲乏的有效性及作用机制研究》文中进行了进一步梳理背景癌因性疲乏是由肿瘤本身或者肿瘤相关治疗引起的令人不安的、持续的、不可缓解的主观疲乏感或疲惫感。癌因性疲乏的发生率高达60-90%,严重影响着患者的生活质量和生活能力,还可能增加患者对肿瘤转移和肿瘤复发的恐惧心理,甚者可能影响患者的生存期。目前,癌因性疲乏的发病机制尚不清楚,致使针对癌因性疲乏的治疗药物开发严重滞后,尚无FDA批准的治疗药物。中医药治疗癌因性疲乏优势明显。芪甲扶正方是北京中医药大学东直门医院用于辅助治疗非小细胞肺癌尤其是肺腺癌的一个院内制剂,具有健脾益肾、固摄扶正的作用,由黄芪、鳖甲、乌梅、仙鹤草、瓦楞子、秦艽、半枝莲、莪术、鼠妇等药物组成,已在临床应用多年。既往临床研究表明,其能改善非小细胞肺癌患者尤其是肺腺癌患者的乏力、气短症状。但芪甲扶正方治疗肺癌癌因性疲乏的疗效尚未明确,其具体的分子作用机制亦有待于进一步探索。目的1通过临床试验明确芪甲扶正方治疗脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏的有效性。2通过体内实验从免疫、炎症角度探究芪甲扶正方抗肺癌癌因性疲乏的作用机制。方法1设计前后自身对照的观察性临床试验,通过Piper疲乏修订量表和卡氏评分表记录脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏患者服用芪甲扶正方治疗前和服用1个周期（28天）后的评分情况,并采用配对t检验的统计方法比较两次评分以明确芪甲扶正方治疗脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏的有效性。2 基于TCMSP、TCMID、Pubchem、Swiss Target Prediction等数据库收集芪甲扶正方所含9位中药的有效成分及作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库获取“肺腺癌相关性疲乏”相关的靶基因;将药物作用靶点集合映射到疾病相关靶点集合上,获取交集基因;使用String构建蛋白互作（Protein-Protein interaction,PPI）网络并筛选重要靶点;通过Cytoscape构建药物-成分-靶点调控网络;利用DAVID数据库对交集基因进行GO、KEGG富集分析;运用Genebank数据库分析交集基因的组织器官定位;最后利用AutoDock Vina1.1.2分析主要活性成分和关键靶点的结合能力,并使用PYMOL软件将对接结果进行可视化展示。3通过移植瘤诱导的小鼠疲乏模型观察芪甲扶正方治疗肺癌癌因性疲乏的作用及免疫炎症相关的作用机制:①构建移植瘤诱导的小鼠疲乏模型,设立对照组、荷瘤组、中药组。自植瘤第7日起对照组和荷瘤组均给予蒸馏水灌胃,中药组给予芪甲扶正方煎剂灌胃,药物浓度为3.905 g/mL,给药体积标准为每日0.1 mL/10g,各组均每日干预一次,连续干预14日;通过比较对照组和荷瘤组在植瘤第0天、第7天、第14天、第17天、第21天5个时间点小鼠一般情况、体重、平板跑台实验的电击次数、悬尾实验的悬尾不动时间、骨骼肌ATP含量、血液常规指标,以明确移植瘤小鼠是否存在疲乏样行为以及疲乏样行为随时间的变化规律;通过比较中药组和荷瘤组小鼠在植瘤第7天、第14天、第17天、第21天等4个时间点的平板跑台实验的电击次数、悬尾实验的悬尾不动时间、血液常规指标,以明确芪甲扶正方对移植瘤诱导的小鼠疲乏样行为的预防作用。②给药结束后通过流式细胞仪分析各组小鼠外周血T细胞亚群百分比。使用流式微球捕获芯片技术检测各组小鼠外周血中IL-1β、IL-6、IL-17、CD25的表达水平。③在给药第7天、第14天、第17天、第21天等不同时间点使用游标卡尺测量荷瘤组和中药组小鼠瘤体的长径、短径,计算瘤体积以绘制瘤体生长曲线;给药结束后剥离瘤体称取瘤体重量并通过苏木精-伊红染色观察荷瘤组和中药组小鼠的瘤体形态、通过免疫组织化学的方法比较荷瘤组和中药组小鼠瘤体组织中Ki67蛋白表达水平。④以Western Blot方法检测各组瘤体组织中Akt、P-Akt、c-Myc等Akt/c-Myc信号轴关键靶点蛋白表达水平,以免疫组化方法检测荷瘤组和对照组瘤体组织中c-My c表达水平。结果1本研究共纳入29例脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏患者,PFS-R评分结果显示:治疗前疲乏总评分为（7.07±1.36）,治疗后总评分为（6.78±1.32）,与治疗前比较,治疗后疲乏总分较治疗前下降（P<0.05）;治疗前行为维度评分为（7.05± 1.58）分,治疗后为（6.77±1.50）分,治疗后评分较治疗前下降（P<0.05）;治疗前情感维度评分为（6.92±1.29）分,治疗后为（6.66±1.21）分,治疗后评分较治疗前下降（P<0.05）;治疗前感觉维度评分为（7.18±1.47）分,治疗后为（6.83±1.49）分,治疗后评分较治疗前下降（P<0.05）;治疗前认知维度评分为（7.10±1.54）分,治疗后为（6.85±1.55）分,治疗后评分较治疗前下降（P<0.05）;治疗前KPS评分为（80.24±10.14）,治疗后为（87.83±8.73）（P<0.05）,治疗后较治疗前下降（P<0.05）。2芪甲扶正方抗肺癌癌因性疲乏的调控网络共含9味中药、108种活性成分、87个药病交集靶点;度值较高的前5个成分和交集靶点分别为槲皮素、山奈酚、黄芩苷、鞣花酸、异鼠李素和CASP3、VEGFA、EGFR、MYC、IL-6;KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、P53、TNF、MAPK、ErbB、Ras、FoxO等通路;关键基因主要分布在肺、红细胞、T细胞、B细胞;分子对接结果表明EGFR与木犀草素、IL-6、MAKP3与β-谷甾醇、MAKP8与鞣花酸具有较强的结合能力。3通过移植瘤诱导的小鼠疲乏模型观察芪甲扶正方防治肺癌癌因性疲乏的作用及免疫炎症相关的作用机制结果①与对照比较,荷瘤组小鼠在实验过程中逐渐出现毛发干枯、神疲、抓取反抗减弱、活动度降低等情况、取材前1只死亡;与对照组比较荷瘤组第14天、17天、21天平板跑台电击次数增加（P<0.05）;与对照组比较荷瘤组第7天、14天、17天、21天悬尾不动时间延长（P<0.05）;与对照组比较,荷瘤组小鼠骨骼肌ATP含量降低（P<0.05）;与对照组比较,荷瘤组小鼠白细胞计数增加、红细胞计数降低、血红蛋白含量降低（P<0.05）。②与荷瘤组比较,随着实验时间的延长中药组小鼠毛发干枯、神疲、抓取反抗、活动度等方面优于荷瘤组;与荷瘤组比较,中药组小鼠第21天平板跑台电击次数低于荷瘤组（P<0.05）。与荷瘤组比较,中药组小鼠第14、17、21天悬尾不动时间低于荷瘤组（P<0.05）;与荷瘤组比较,中药组小鼠骨骼肌ATP含量高于荷瘤组（P<0.05）;与荷瘤组比较,中药组小鼠白细胞计数降低、红细胞计数增加、血红蛋白含量高于荷瘤组（P<0.05）。③与对照组比较,荷瘤组小鼠外周血中的CD3+、CD4+百分比降低、CD4+与CD8+比值降低（P<0.05）;与荷瘤组比较,中药组小鼠外周血中的CD3+、CD4+百分比高于荷瘤组、CD4+与CD8+比值高于荷瘤组（P<0.05）;与对照组比较,荷瘤组小鼠外周血中IL-1β、IL-6、IL-17、CD25的表达增加（P<0.05）;与荷瘤组比较,中药组小鼠外周血中IL-1β、IL-6、IL-17、CD25的表达降低（P<0.05）。④与荷瘤组比较,干预第7天、10天、14天中药组小鼠瘤体积小于荷瘤组（P<0.05）。与荷瘤组比较,中药组瘤重量低于荷瘤组（P<0.05）。与荷瘤组比较,中药组HE染色肿瘤细胞分裂现象少于荷瘤组,Ki67阳性数量低于荷瘤组。⑤与荷瘤组比较,中药组瘤体P-Akt、Akt/P-Akt均低于荷瘤组（P<0.05）。与荷瘤组比较,中药组c-Myc阳性细胞数量低于荷瘤组。结论1芪甲扶正方是治疗脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏、提升患者生活能力的有效药物。2通过移植瘤诱导的方式可以成功构建小鼠肺癌癌因性疲乏模型;芪甲扶正方能减轻移植瘤诱导的肺癌癌因性疲乏小鼠模型的疲乏程度;芪甲扶正方可以改善小鼠肺癌癌因性疲乏模型的T淋巴细胞相关的免疫功能、降低CD4+T淋巴细胞各亚型释放的IL-1β、IL-6、IL-17、CD25的表达、抑制Akt活化介导的增殖从而发挥抗肺癌癌因性疲乏的作用。
周唯[5]（2021）在《基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究》文中进行了进一步梳理研究目的胃癌和食管癌是我国发病率较高的消化系统肿瘤。目前其治疗方法以放化疗为主。复方苦参注射液是常用的抗肿瘤类中药注射液,具有清热利湿、凉血解毒、散结止痛之功效,临床上多用于胃癌和食管癌等消化道肿瘤的治疗。本研究在整合大数据理念指导下,综合运用网状Meta分析、网络药理学、生物信息学、分子生物学等研究方法开展复方苦参注射液治疗胃癌和食管癌的临床评价与机制研究,希冀为科学评价其临床疗效和揭示其分子机制提供高质量证据。研究方法1网状Meta分析首先全面检索国内外数据库中复方苦参注射液等抗肿瘤类中药注射剂治疗胃癌、食管癌的随机对照实验文献并依据纳入排除标准遴选文献,进而应用WinBugs1.4和Stata13.0软件对临床总有效率、生活质量改善和不良反应改善等结局指标进行分析,并生成网状关系图、曲线下面积图和三维数据立方体图,从而解析复方苦参注射液与其他同类注射剂相比的治疗优势与特点。2整合生物信息学分析本论文综合运用了网络药理学、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、芯片Meta分析、分子对接、经典生物信息学的方法整合分析了复方苦参注射液治疗胃癌、食管癌的作用机制。在复方苦参注射液治疗胃癌的作用机制研究中,首先对GEO和TCGA数据库中的miRNA表达数据进行差异分析并且对其进行靶基因预测,之后应用WGCNA对TCGA中的RNA测序数据和临床信息进行关键模块筛选,根据复方苦参注射液成分靶点和以上胃癌关键信息进行复方苦参注射液干预胃癌的ceRNA网络构建。同时,本研究运用芯片Meta分析对比了关键基因在胃癌组织和正常组织之间的表达差异。利用GO和KEGG富集分析以明确关键基因所涉及的生物调控途径;通过生存分析和免疫浸润分析进一步检测了关键基因对胃癌预后的意义。最后,采用分子对接验证关键基因和复方苦参注射液中相关成分的结合能力。在复方苦参注射液治疗食管癌的机制研究中,首先从GEO数据库中下载食管癌高通量测序芯片数据并进行整合差异分析;其次根据TCGA中的食管癌RNA测序数据进行关键模块构建筛选;最后根据DisgeNET数据进行食管癌疾病靶点的数据搜集。根据以上信息进行网络药理学分析,从而分析复方苦参注射液治疗食管癌的作用机制。3分子生物学实验本研究首先采用MTT和CCK-8方法观察复方苦参注射液对胃癌细胞和食管癌细胞的增殖影响。之后分别应用RT-qPCR和Western blot法检测复方苦参注射液对胃癌细胞及食管癌细胞中mRNA和蛋白表达的影响。同时,本研究采用TMT方法系统研究了复方苦参注射液给药后胃癌细胞蛋白变化情况。研究结果1 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌临床评价研究本部分研究共纳入随机对照试验文献68篇,涉及8种抗肿瘤类中药注射剂,相关胃癌患者5525名。网状Meta分析结果显示,与对照组仅用FOLFOX相比,联合使用复方苦参注射液在提高临床总有效率、改善免疫功能指标和生活质量以及减缓不良反应中均具有统计学意义。此外,多指标三维聚类分析结果显示,复方苦参注射液与同类注射液相比在临床疗效和缓解不良反应综合评价中亦有较好排序。2 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗食管癌临床评价研究此部分研究共纳入随机对照试验文献52篇,涉及7种抗肿瘤类中药注射剂,相关食管癌患者3876名。网状Meta分析结果显示,与对照组仅用化疗相比,在提高临床总有效率、改善生活质量、减少恶心呕吐方面复方苦参注射液联合化疗使用成为最优干预措施的概率最大。相关结局指标聚类分析显示,复方苦参注射液在多结局指标评价中亦有明显优势。3 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究采用网络药理学与生物信息学相结合的方法,预测得到复方苦参注射液可能参与调控的ceRNA网络以及复方苦参注射液直接干预胃癌的基因靶点。对胃癌基因表达谱芯片进行 Meta 分析后发现关键基因 AKR1B1,CTSK,MMP2,TLR4,ADRB2,PDE1C和PTGER3在胃癌组织中具有显着差异。生存分析亦显示AKR1B1,MMP2和PTGER3在影响胃癌患者生存率方面具有重要意义。功能富集分析表明复方苦参注射液可以通过激活诸如PI3K-Akt和Toll样受体信号通路等信号通路来抑制癌细胞增殖并调节免疫力,从而治疗胃癌。4 基于整合高通量数据分析的食管癌关键基因研究此部分旨在确定与食管癌的发病机制和预后相关的潜在关键基因。差异分析结果表明,与正常组织相比,癌症组织中共有134个上调和183个下调的差异表达基因并且据此构建蛋白互作网络。根据度值筛选出十个关键基因（AURKA,CDC20,BUB1,TOP2A,ASPM,DLGAP5,TPX2,CENPF,UBE2C和NEK2）。功能富集分析表明,多种细胞外相关条目和ECM-受体相互作用途径均与食管癌密切相关。5 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗食管癌作用机制研究首先应用WGCNA方法研究基因表达数据与食管癌患者临床特征之间的联系,进而结合芯片分析的差异基因、疾病数据库基因和复方苦参注射液成分对应的预测靶标进行网络药理分析。结果显示EGFR、ERBB2、CCND1和AURKA是与复方苦参注射液治疗食管癌相关的核心基因。此外,通过富集分析预测发现,复方苦参注射液还可以调控食管癌中的ERBB信号通路和PI3K-AKT信号通路等相关通路。6 基于蛋白组学分析复方苦参注射液治疗胃癌的分子作用机制本研究采取TMT定量蛋白质组学研究方法来进行复方苦参注射液干预胃癌细胞后的差异表达蛋白质分析。研究发现,共有差异蛋白794个,其中包括上调蛋白490个以及下调蛋白304个。此外,结果发现复方苦参注射液可以通过影响如PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路等遏制胃癌进展。7 复方苦参注射液对胃癌细胞和食管癌细胞的作用影响实验结果表明,复方苦参注射液可以抑制胃癌细胞和食管癌细胞的增殖。通过RT-qPCR和Western blot实验证实复方苦参注射液可以抑制胃癌细胞中AKR1B1和MMP2的过表达,还可以上调胃癌细胞中的PTGER3;此外,复方苦参注射液也可以下调食管癌细胞中的EGFR和AURKA的异常高表达。研究结论本论文在整合大数据理念指导下,综合运用临床大数据与生物信息大数据研究方法开展复方苦参注射液临床评价与机制研究。结果显示,复方苦参注射液治疗胃癌、食管癌疗效确切且与同类注射液对比有优势或特色,其核心机制与调控胃癌、食管癌关键基因密切相关。同时,本研究还探索实践了以网状Meta分析、网络药理学、生物信息学、分子生物学实验为主链的中医药整合大数据研究模式,为中药上市后再评价特别是疗效与机制评价的有效联通提供了示范与路径。
原凌燕[6]（2021）在《基于转录组数据挖掘分析免疫标志物与恶性黑色素瘤转移机制的研究》文中进行了进一步梳理背景:恶性黑色素瘤（Malignant Melanoma,MM）是极具侵袭力的恶性肿瘤之一,具有发病隐匿,易转移,治疗反应差的特点,死亡病例占皮肤肿瘤总死亡病例的80%。多数患者确诊之前就已经发生远处转移,由于晚期有效的治疗方法和治疗药物有限,伴发转移患者总生存期仅为6-9个月,3年生存率不足15%。目前,即使包括最新获批用于转移性黑色素瘤的分子靶向治疗药物KRAS抑制剂和抗细胞毒性T淋巴细胞抗原（CTLA）-4抗体Ipilimumab在内的免疫治疗的受益群体也相当有限,而且几乎无法预测不同个体伴随治疗的严重副作用。因此,鉴定筛选与恶性黑色素瘤的预后高特异、高选择性相关的标志物,筛选出新治疗方法的获益群体,并据此预测预测筛选开发针对性的治疗方法,对改进MM的治疗至关重要,这也很可能有助于发现未来针对性研发MM新药的潜在靶点。目的:分析和筛选MM原发病例样本和转移病例样本中的差异表达基因,构建预后风险模型,并探索预后风险模型基因对肿瘤微环境的影响,分析基因标志物与MM恶性程度和免疫耐受复杂特性的关系,获取基因标志物影响黑色素瘤恶性表型相关的功能证据,为改善MM转移患者的临床治疗决策和相关新药研发提供参考依据。方法:（1）筛选基因标志物:1)以生物信息学方法,获取和清洗TCGA数据库的MM病例的基因组表达谱、生存数据,因为数据库中缺乏恶性黑色素瘤原发病例和转移病例的配对样本,所以根据数据库中恶性黑色素瘤病例的临床特征、治疗干预措施等,我们严格制定纳入和排除标准,保证原发病例样本和转移病例样本的一般资料具有可比性后,进行两组样本的差异表达基因分析;2)使用Imm Port（The Immunology Database and Analysis Portal）数据库的免疫相关基因数据集,取交集匹配出免疫相关基因标志物。3)为了保证预后时间的准确性,我们使用观察到的生存间隔时间（observed survival interval,OBS,即从TCGA采样到患者死亡或最后一次随访的时间间隔）代替总生存时间（overall survival,OS）;为了排除病例临床表型和治疗干预措施等因素的影响,我们纳入了年龄、性别、AJCC分期、Clark评分、Breslow厚度值进行单变量和多变量逐步Cox风险比例回归分析以构建预后基因标志物的预测模型,并通过R软件的“survminer”软件包构建,根据ROC曲线下面积验证模型的有效性。4)通过CIBERSORTx反卷积方法重构MM样本的免疫浸润淋巴细胞的相对含量丰度,“Spearman”相关性分析确定预后模型基因与免疫浸润淋巴细胞的相关性;5)本研究还收集MM单细胞测序数据,通过单细胞组学数据对转移预后基因标志物与肿瘤微环境的浸润淋巴细胞亚组进行相关性分析并比较计算结果,进一步对反卷积计算的结果加以验证。（2）验证基因标志物:1)利用人类蛋白质图谱（The human protein atlas,HPA）数据库的人类肿瘤样本免疫组学数据验证基因标志物,包括目标蛋白在细胞内的定位、肿瘤组织中的表达水平及免疫组化的特征等;针对缺乏免疫组化数据的目标靶基因,使用TCGA泛癌数据验证该基因对多种肿瘤的预后作用;2)利用分子生物学方法,通过Cas9技术基于向导RNA（small guide RNA,sg RNA）敲除CXCR4,构建敲除目标基因的恶性黑色素瘤细胞系sg-A375细胞,通过划痕实验、Transwell实验、CCK-8实验获取CXCR4影响黑色素瘤细胞恶性生物学行为的功能证据,以实验研究验证CXCR4基因对A375细胞侵袭和转移的促进作用。结果:（1）通过一系列分析,构建了一个可以预测MM转移患者预后的由6个免疫相关基因（immune-related genes,IRGs）-SLPI,S100A7,LYZ,CCL19,CXCR4和CD79A-组成的基因标志物模型,该模型能够在训练集中区分转移MM患者的预后风险,（TCGA,n=226,log-rank test,P<0.001）;且6-IRGs是MM独立的预后危险因素,不受性别、年龄和病理分期等临床特征的影响（HR=20.84,95%CI:5.00-86.93,P<0.001）;在GEO独立数据集中的验证结果显示该模型对转移患者的预后也能做出有效预测（GSE19234,n=106,log-rank test P<0.001,GES53118,n=79,log-rank test,P<0.001）,并通过ROC曲线验证模型的有效性;通过CIBERSORTx重构免疫浸润细胞的含量丰度,6个IRGs与免疫浸润细胞及免疫检查点基因（immune-checkpoint genes,ICGs）均具有一定的相关性。（2）通过GEO（GSE72056）单细胞测序数据集,运用单细胞分析软件及方法分析了MM转移病例样本中的细胞特征和聚类分型。结果显示,样本细胞注释后分为18类,与免疫微环境有关的肿瘤细胞亚群包括B细胞、DC细胞、成纤维细胞、粒细胞集落刺激因子、CD34造血干细胞、神经上皮细胞、神经元细胞、嗜中性粒细胞、NK细胞、前体CD34B细胞、晚期CD34B细胞、早幼粒细胞、T细胞和组织干细胞。与原发病例样本的肿瘤微环境比较,上述细胞（除NK细胞和T细胞）在淋巴结转移病例样本的含量丰度有显着差异（P<0.001）;单细胞中检测到的3个基因标志物（CXCR4,LYZ和CD79A）与上述差异细胞具有显着的相关性（P<0.001）。其中,CXCR4和多种免疫浸润细胞具有较高的相关性,因此CXCR4作为后期的实验验证对象,进行生物实验验证其功能。（3）通过HPA数据库中102例MM样本的免疫组化数据验证分析了筛选出的5个IRGs（SLPI,S100A7,LYZ,CCL19和CD79A）的蛋白组化结果显示在恶性黑色素瘤中均可以看到5个基因的蛋白免疫组化的染色;CXCR4和免疫浸润细胞呈高度相关,但是CXCR4在HPA数据库缺少蛋白组化数据,因此,为深入探讨CXCR4在肿瘤中的功能,基于TCGA泛癌的数据,分析CXCR4出恶性黑色素瘤之外的多种肿瘤的预后风险比（hazard radio,HR）,将CXCR4对不同肿瘤患者预后的HR进行Meta分析。结果显示,CXCR4对胃癌、骨肉瘤、卵巢癌、肺腺癌、肾透明细胞癌、头颈部癌、食管腺癌和宫颈癌的OS有预测作用（P<0.001）,其中,在胃癌和肾透明细胞癌的预后是保护性因素（HR<1）,在其余肿瘤的预后为危险性因素（HR>1）。CXCR4对于多种肿瘤患者的无复发生存时间（Relapse-Free Survival,RFS）预后HR的Meta分析结果显示,CXCR4的高表达对胃癌、卵巢癌、肺腺癌、肾透明细胞癌和膀胱癌具有预后预测作用（P<0.001）,在胃癌、肺腺癌和肾透明细胞癌患者的RFS是保护性因素（HR>1）,而在卵巢癌还和膀胱癌中是高风险因素（HR>1）。（4）通过生物实验验证CXCR4与MM的增殖、转移功能关联:使用Cas9技术,利用sg-RNA转染敲除CXCR4后构建MM的CXCR4基因敲除细胞系A375细胞（sg-A375）,然后通过划痕实验和Transwell小室实验检测sg-A375细胞的迁移及穿透力,获取CXCR4与黑素瘤恶性行为相关功能的证据。与A375细胞比较,sg-A375细胞的划痕实验修复能力和迁移及侵袭能力显着下降。结果证实敲除CXCR4可抑制黑素瘤增殖、侵袭、迁移过程,表明MM中CXCR4高表达和患者预后不良相关。结论:（1）通过TCGA数据库筛选获得6个IRGs（SLPI,S100A7,LYZ,CCL19,CXCR4和CD79A）组成的可用于MM转移患者预后预测的免疫相关基因标志物（immune-related gene signature,IRGS）,经GEO不同维度的独立数据集验证该6个IRGs组成的IRGS模型具有很好的适用性。（2）转移MM病例的单细胞分析结果说明:转移病例样本中的B细胞、粒细胞集落刺激因子、中性粒细胞和成纤维细胞的浸润,与MM患者预后相关,同时上述浸润细胞含量丰度和免疫预后基因表达呈显着正相关。（3）HPA数据库验证基因标志物的结果显示,除CXCR4外,其余SLPI,S100A7,LYZ,CCL19和CD79A5个基因蛋白可以在数据库验证;基于泛癌数据的meta分析结果显示,CXCR4对多种肿瘤患者的OS和RFS均具有较好的预测作用。对不同的肿瘤,CXCR4具有不同的预后判断价值。（4）CXCR4不仅促进A375细胞的增殖和克隆,还与细胞的迁移和侵袭行为密切相关,说明CXCR4可能通过影响免疫微环境而改变患者的预后。
朱丽娟[7]（2021）在《生物网络比对及其在疾病研究中的应用》文中认为蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络蕴含着重要的生物信息,对分子生物学的影响也越来越大。例如,通过提取PPI网络中的信息可以预测蛋白质的功能以及PPI网络的进化,了解相互作用的细节能够为研究疾病和药物靶标提供参考。目前,基于PPI网络的研究主要包括PPI网络比对以及基于PPI网络的相关研究。网络比对被广泛用于预测蛋白质功能,识别保守的功能模块以及研究物种的进化关系。但是,网络比对是一个NP-complete问题,大部分算法通常在比对大型网络时速度较慢或准确性较差。因此,需要开发高效的网络比对算法。另一方面,人类疾病被视为高度联系的细胞网络的扰动,即疾病不是彼此独立,而是高度相关,我们将相互关联的疾病称为合并症。识别合并症可以为了解疾病进展、探索治疗方案提供参考。PPI网络已被广泛用于评估疾病间的关联。本文就PPI网络比对算法以及基于PPI网络的疾病相关性研究算法进行了探讨。论文的主要内容安排如下:第一章主要介绍了本文的研究背景、研究现状和研究意义。第二章提出了一种快速而准确的算法—NAIGO.该算法首先利用已知的先验知识（例如,基因本体论）将网络划分为子网;对于每个子网对,通过考虑蛋白质同源信息及其局部结构信息,将网络比对问题转化为目标优化问题来对齐它们;然后,基于贪婪算法进行子网比对的局部扩展和全局扩展,进而得到更具生物意义的局部比对和全局比对。我们将NAIGO算法应用于人类和酿酒酵母S288c的PPI网络比对,并将比对结果与其他公认的方法（例如,IsoRank,GRAAL,SANA和NABEECO）进行比较。结果表明,NAIGO方法优于其他方法。第三章提出并比较了 10种基于PPI网络的疾病相关性方法,以研究糖尿病与其他疾病、肥胖与癌症间的关联,其中,DIconnectivity-eDMN方法具有最佳性能。首先,DIconnectivity-eDMN将BP术语映射到PPI网络上以构建BP功能子网,然后,通过重启的随机游走（RWR）对其进行扩展（在整个PPI网络中）以生成扩展的模块化网络（eMN）.此外,我们还基于RWR生成扩展的疾病相关基因,并将扩展的疾病相关基因映射到eMN上,疾病间的关联是通过映射基因集在eMN上的加权互作数来衡量的。DIconnectivity-eDMN方法不仅可以预测疾病间的相关性,而且还可以揭示关联疾病的重要生物学过程。本文提出的网络比对算法以及疾病相关性研究算法在PPI网络上得到了成功运用,但这两种算法的应用不限于PPI网络,还可将其推广到其他类型的生物网络中。
姜文丽[8]（2021）在《海洋来源化合物Asperolide A抑制三阴性乳腺癌细胞溶骨性破坏的作用及分子机制研究》文中研究说明一、研究背景乳腺癌已成为全球女性发病率（24.2%）和死亡率（15%）最高的恶性肿瘤。三阴性乳腺癌是雌激素受体（Estrogen receptor,ER）、孕激素受体（Progesterone receptor,PR）和人表皮生长因子受体2（Human epidermal growth factor receptor 2,HER2）均为阴性的乳腺癌临床亚型,约占乳腺癌人群的15～20%。与其他激素受体阳性的乳腺癌相比,三阴性乳腺癌具有侵袭性强、进展快、易转移、生存时间短等特点。由于缺乏相应受体,三阴性乳腺癌对内分泌治疗和HER-2靶向治疗均不敏感,化疗仍然是核心治疗方案。但是,化疗相关多药耐药限制了药物的选择,且化疗对晚期转移患者的治疗效果非常有限。三阴性乳腺癌因其生物侵袭性极强,极易出现复发转移。骨骼是三阴性乳腺癌最常见的转移部位之一,且以溶骨性骨转移为特征。调节三阴性乳腺癌细胞与骨微环境之间的相互作用,抑制溶骨性病变是防治三阴性乳腺癌骨转移的关键。双磷酸盐是目前乳腺癌骨转移治疗的一线药物,它能有效抑制骨转移灶中破骨细胞活性异常升高引起的骨溶解,进而达到防治溶骨性骨转移的目的。但双磷酸盐无法直接抑制三阴性乳腺癌细胞恶性表型,也不能促进成骨细胞修复受损骨质,疗效有限。因此,在针对三阴性乳腺癌伴骨转移的临床治疗中,仍亟需寻找新的药物靶点和特异性药物。从天然产物中筛选具有抗肿瘤活性的先导化合物是药物研发的重要途径。天然产物来源多样,而浩瀚海洋也堪称“蓝色药库”,海洋生物生存环境特殊多样（例如:低温、高盐、低氧和高压等）,其提取物也具有结构多样、活性特殊等特性,为药物研发提供了丰富的先导化合物,海洋药物顺势成为备受关注的研究热点。海藻是海洋生物资源的重要组成部分。海藻及其附生菌提取物中包含了大量生物活性物质,具有天然、独特、新颖等优势。中医理论认为海藻具有理气散结功效,可入药用于治疗乳癖（乳腺增生、纤维腺瘤）等疾患,且对骨质疏松具有潜在防治作用。本课题组前期从海洋褐藻门马尾藻属温特曲霉菌中,提取了Wentilactone A、Wentilactone B、Botryosphaerin B、LL-Z1271-β、Asperolide A、Asperolide B、Asperolide C等四降二萜双内酯类衍生物。近期研究中发现,这类化合物具有潜在抗肿瘤活性。此外,在我们的前期初筛过程中,还发现Asperolide A对破骨细胞活性还具有明显的抑制作用。因此,本课题选定Asperolide A作为候选研究的小分子,在细胞、动物水平研究其对三阴性乳腺癌骨破坏的抑制作用及分子机制。二、研究目的本课题拟从实际问题出发,明确Asperolide A对三阴性乳腺癌细胞周期、迁移、侵袭和转移等恶性表型的抑制作用,并阐明Asperolide A抑制三阴性乳腺癌的作用靶点及分子机制。明确Asperolide A对破骨细胞分化、溶骨作用的影响,探究三阴性乳腺癌骨转移微环境中,Asperolide A对骨破坏的抑制作用及分子机制。结合临床数据,初步探索Asperolide A作用靶点在三阴性乳腺癌中的表达情况及预后相关性。综上,为开发针对三阴性乳腺癌骨转移的个体化治疗新药奠定研究基础。三、研究方法首先,我们培养了人三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436和正常乳腺细胞系MCF-10A,进行了Asperolide A细胞毒检测;通过平板划痕实验验证Asperolide A对三阴性乳腺癌细胞迁移能力的影响;通过Western blot实验检测Asperolide A细胞迁移相关蛋白MMP9和MMP7表达情况的影响;通过Transwell侵袭实验评估Asperolide A对三阴性乳腺癌细胞侵袭能力的影响;通过流式细胞术检测Asperolide A对三阴性乳腺癌细胞周期的影响;最后设计裸鼠三阴性乳腺癌全身转移模型,给药并观察评估裸鼠肿瘤转移情况。为了进一步寻找Asperolide A的潜在作用靶点,明确其在三阴性乳腺癌中的调控作用,运用Swissdock分子对接服务器预测Asperolide A的靶蛋白,模拟Asperolide A-靶蛋白的结合模式;利用表面等离子共振（Surface plasma resonane,SPR）技术检测Asperolide A与靶蛋白的结合力;通过荧光探针标记技术观察Asperolide A在活细胞中的作用部位;利用RNA干扰技术和蛋白印迹（Western blot）对Asperolide A靶点后效应进行了验证;运用Oncomine数据库和UALCAN数据库分析靶蛋白在三阴性乳腺癌中的表达情况,及其与预后的关系;制备组织芯片观察靶蛋白在三阴性乳腺癌组织与癌旁组织中表达的差异。随后,我们通过实验验证Asperolide A对原代小鼠骨髓来源单核巨噬细胞（Bone marrow-derived macrophages,BMMs）向破骨细胞分化的影响。在评估细胞毒后,运用含巨噬细胞集落刺激因子（Macrophage colony stimulating factor,M-CSF）和核因子κB受体活化因子配体（Receptor activator of nuclear factor-kappa B ligand,RANKL）的培养基诱导BMMs向破骨细胞分化,同时加入安全浓度Asperolide A尝试抑制该过程;运用抗酒石酸酸性磷酸酶（Tartrate resistant acid phosphatase,TRAP）染色技术、F-actin染色技术、骨吸收实验、活性氧（Reactive oxygen species,ROS）检测实验评价抑制效果;运用酶联免疫吸附测定（Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA）技术检测Asperolide A处理后对三阴性乳腺癌分泌RANKL的影响;与此同时,运用成骨细胞分化培养基诱导骨髓间充质干细胞（Bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs）向成骨细胞分化,并通过碱性磷酸酶（Alkaline phosphatase,ALP）染色和茜素红（Alizarin red,AR）染色检测化合物对成骨分化进程的影响;通过Western blot检测了Asperolide A对靶蛋白下游信号通路、破骨和成骨调控相关信号通路的影响。最后,我们设计了裸鼠胫骨髓腔荷瘤模型,给药并观察评估了裸鼠肿瘤骨破坏情况。四、研究结果体外细胞实验中,我们观察到Asperolide A在一定浓度下能显着抑制MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞迁移和侵袭,并阻滞细胞周期进程。此外,在体内肿瘤转移模型中,我们观察到Asperolide A能抑制三阴性乳腺癌转移。生物信息学预测结果提示:Asperolide A与Stem cell factor/c-KIT的TYR568和TYR570发生弱中等强度相互作用,ΔG为-6.93 kcal/mol;SPR、RNA干扰技术、荧光探针标记技术和Western blot验证了Asperolide A能够与c-KIT发生相互作用,并抑制其下游PI3K、AKT和m TOR蛋白的磷酸化活化。与此同时,肿瘤基因芯片数据库分析结果提示:与非三阴性乳腺癌相比,c-KIT基因在三阴性乳腺癌中表达量显着升高,c-KIT表达与预后负相关。此外,实验结果显示Asperolide A通过抑制NF-κB和JNK信号的磷酸化活化,进而抑制c-FOS和NFATC1表达,最终抑制破骨分化和骨吸收功能。但是,Asperolide A对成骨分化进程无显着影响。同时,我们的动物实验结果也表明Asperolide A能抑制三阴性乳腺癌导致的骨破坏:与模型组相比,Asperolide A高剂量给药组,肿瘤生长受限,骨组织中破骨细胞数量显着降低,胫骨受肿瘤破坏程度下降,骨小梁完整度提高。五、结论通过本研究,我们论证了海洋微生物来源小分子化合物Asperolide A在不损伤机体正常乳腺细胞的浓度下,能够抑制三阴性乳腺癌恶性表型和趋化破骨细胞的能力。同时,Asperolide A通过抑制小鼠BMMs细胞中NF-κB信号通路、PI3K/AKT/m TOR信号通路以及JNK蛋白的磷酸化活化,进而抑制破骨标记基因的表达,最终抑制破骨分化和骨吸收功能。本研究为开发Asperolide A成为抗三阴性乳腺癌骨转移和继发性骨破坏药物提供理论基础。
张圆圆[9]（2021）在《山核桃萜类醌的生物合成途径及其成分胡桃醌抑制Ishikawa癌细胞增殖的分子机理》文中研究说明山核桃,胡桃科,是一种广泛栽培的木本油料树种。山核桃仁因富含油脂、蛋白质、纤维、酚酸和萜类等生物活性成分而受到人们亲睐。子宫内膜癌是女性生殖道最常见的恶性肿瘤之一,膳食干预是预防疾病的重要措施。本论文首先调查了山核桃授粉后萜类醌的合成,联合转录组学与代谢组学方法明确了山核桃发育期萜类合成与代谢的机制;接着考察了山核桃青皮中胡桃醌对子宫内膜癌Ishikawa细胞增殖抑制效果,利用mRNA-miRNA组学从整体水平明确了胡桃醌对子宫内膜癌Ishikawa细胞的增殖抑制的机制;最后,明确了胡桃醌抑制子宫内膜癌Ishikawa细胞增殖和迁袭的机制。本学位论文的研究结果为山核桃萜类化合物胡桃醌开发成特殊医学用途的功能性食品提供了理论的支持。（1）山核桃授粉后发育期萜类物质代谢机制。山核桃授粉后90-105天（P1-P2）是次级代谢物形成的关键时期。从P1至P2阶段,山核桃中的萜类化合物大量累积,而山核桃授粉后120-165天（P2-P6）萜类化合物含量急剧下降,此外,MENB和C4H基因在山核桃胚胎中高表达,最高的转录组表达量分别为671和1469,其中MENB的高表达水平可能是山核桃胚胎中萜类醌（萘醌）含量高的重要原因。通过网络共表达分析,6种萜烯醌代谢物与86个差异表达基因之间存在显着的正负相关性（r>0.8或<0.8,p<0.05）,且次级代谢产物的表达水平在早期是最高的,这与调控其差异表达基因水平基本一致。（2）山核桃青皮提取物胡桃醌抑制子宫内膜癌Ishikawa细胞的增殖作用。利用超声波辅助提取山核桃青皮提取物的工艺条件为:85%乙醇浸泡8 h、料液比为1:8、超声提取30 min,40℃减压浓缩,在此条件下得到的山核桃青皮粗提取物经大孔树脂与硅胶柱联合纯化后,化合物含量为3.31 mg/kg,纯度为98%,经二次质谱和离子碎片数据数据库比对后该组分鉴定为胡桃醌。胡桃醌处理Ishikawa细胞24 h的半增殖抑制率(IC50)为20.81μmol/L。用不同浓度的胡桃醌（0、10、15、20μM）处理24 h后,Ishikawa细胞的形态变化呈剂量依赖性。（3）转录组学和miRNA组学联合分析胡桃醌抑制Ishikawa细胞增殖。子宫内膜癌Ishikawa细胞经胡桃醌（20μM）处理24 h后,942个mRNA的表达量差异显着。差异表达的mRNA中,789个上调、153个下调,其富集分析在与细胞周期和凋亡相关的通路上。通过Cytoscape的Cytohubba插件分析String数据库构建的差异表达mRNA间蛋白质-蛋白质互作关系（PPI）,发现筛选出的16个特征（Hub）基因主要参与细胞周期G1/S期和铁死亡相关HIF-1信号通路。胡桃醌处理Ishikawa细胞后50个miRNA的表达量显着变化,其中24个上调、26个下调。通过构建miRNA共表达网络,鉴定出4个关键的miRNA（hsa-let-7i-5p,hsa-let-7g-5p,hsa-mir-148b-3p和hsa-mir-148a-3p）,其靶基因富集分析在与凋亡相关通路中。miRNA-mRNA调控网络分析表明,胡桃醌诱导子宫内膜癌Ishikawa细胞增殖抑制与铁死亡和细胞凋亡、周期机制密切相关,且为进一步探究成为功能性食品成分提供线索。（4）胡桃醌诱导Ishikawa细胞凋亡及其机理。胡桃醌通过Cdc25A/CDK2/Cyclin A信号途径将Ishikawa细胞阻滞在S期,显着促进子宫内膜癌Ishikawa细胞的晚期凋亡的发生。胡桃醌诱导Ishikawa细胞凋亡,线粒体途径和死亡受体途径都参与其中。在线粒体途径中,抑凋亡蛋白Bcl-2和Bcl-x L的表达显着下调,而促凋亡蛋白Bad和Bak表达上调。Caspase 3抑制剂与胡桃醌的联合作用在一定程度上减弱了这种抑制作用,表明线粒体途径中的Caspase3在胡桃醌诱导的Ishikawa细胞凋亡中起关键作用,进一步证实了线粒体途径参与胡桃醌诱导的细胞凋亡。同时在死亡受体途径中,TNF-α、TNF-R1、TRADD、FAS、FADD、Caspase 8、Caspase 10和DR3/5的mRNA和蛋白表达显着上调。当用Caspase-8抑制剂（Z-IETD-FMK）处理时,Caspase 8的表达水平显着降低;而胡桃醌的添加在一定程度上减弱了这种抑制作用,进一步说明了死亡受体通路参与了胡桃醌诱导的Ishikawa细胞凋亡。（5）胡桃醌诱导的子宫内膜癌Ishikawa细胞铁死亡及其机理。胡桃醌处理子宫内膜癌Ishikawa细胞24 h后,出现了Fe2+的积累、脂质过氧化、GSH消耗、HMOX1上调等现象,说明铁死亡可能参与了胡桃醌诱导的细胞死亡。在胡桃醌处理的Ishikawa细胞中,Beclin 1呈剂量依赖性下调。此外,胡桃醌和铁死亡抑制剂Fer-1联合处理24 h后,Ishikawa细胞中Beclin 1的表达增加,表明胡桃醌诱导细胞发生铁自噬。在胡桃醌处理的Ishikawa细胞中,E-cadherin、MMP 9和MMP 2蛋白发生显着变化。结果表明胡桃醌可能通过抑制上皮-间充质转化（EMT）来抑制Ishikawa细胞的迁移。同时,通过用Fer-1抑制剂和胡桃醌处理,进一步说明了胡桃醌诱导的Ishikawa细胞死亡与铁死亡有关。此外,胡桃醌诱导子宫内膜癌Ishikawa细胞发生内质网应激。
翟韵怡[10]（2021）在《养阴解毒方联合化疗对NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达影响的临床研究》文中认为目的:本研究旨在“癌毒致病”理论指导下,以非小细胞肺癌（NSCLC）患者为研究对象,分析NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达与复发转移相关因素的联系,通过组内对照及组间对照,观察养阴解毒方联合化疗对阴虚毒热证患者血清中β3GnT8、CD147及其他肿瘤标志物表达、免疫性指标、中医症状积分、体重改变的影响,探究养阴解毒方的作用机理。方法:本次研究收集2019年10月至2021年01月在南京中医药大学附属苏州市中医医院肿瘤科、常熟市第二人民医院肿瘤科、苏州市第九人民医院肿瘤科住院NSCLC患者90例,40例健康志愿者,记录患者的一般资料（年龄、性别、原发部位、病理类型、转移情况）,血清中β3GnT8、CD147表达。后将其中符合纳排标准的50例病例列为实验研究对象,随机分为对照组和观察组,观察过程中,观察组3例、对照组12例因资料缺失、严重不良事件无法按时完成研究所需疗程等因素予以剔除,最终完成观察全程病例共35例,观察组22例,对照组13例。对照组依据NCCN非小细胞肺癌临床实践指南（2019.7版）原则予以化疗方案,观察组在化疗基础上联合使用养阴解毒方。均以3周为一个疗程,连续用药2个疗程。2个疗程观察结束后比较各组治疗前后血清中β3GnT8、CD147表达、肿瘤标志物CEA、CA125、免疫细胞CD4+、CD8+计数、CD4+/CD8+比值、中医证候疗效评分、体重变化、血常规、尿常规、肝肾功能等相关安全性指标,运用统计软件进行数据分析,归纳结论。结果:血清中β3GnT8、CD147的表达水平在健康人群与罹患NSCLC的患者中有差异,NSLCL患者的表达水平明显高于健康人（P<0.01）,且伴转移患者的两个指标表达均较无转移者更高（P<0.05）。阴虚毒热证的研究病历中,相较于单纯运用化疗的对照组,养阴解毒方与化疗联合使用的观察组在多个方面都展现出治疗优势,两组均可以降低血清中β3GnT8、CD147表达,且中西医结合的观察组效果明显优于对照组（P<0.01）。但在肿瘤标志物CEA、CA125的数值改变上,两组比较未表现出统计学差异（P>0.05）。治疗后的免疫细胞方面,对照组免疫功能下降,以CD4+计数和CD4+/CD8+比值的改变最为明显（P<0.01）,而观察组免疫功能各项指标变化显着（P<0.01）,免疫功能提升。中医证候积分的改变方面,观察组治疗后的分值较前明显下降（P<0.01）,而对照组数值改变无统计学意义（P>0.05）。从体重改变的角度看,无论是组内比较还是组间比较,均无统计学意义（P>0.05）。血尿常规、肝肾功能等安全性指标方面,除对照组治疗后血常规中白细胞及血小板计数明显下降（P<0.01）、观察组治疗后谷丙转氨酶较前升高以外（P<0.05）,余各组各项安全性指标治疗前后差异无统计学意义（P>0.05）,而观察组的总不良反应发生率低于对照组,显示中医药可以减少化疗副反应,且有减毒增效的作用。结论:（1）NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达高于健康人群,且与疾病转移情况相关,有转移者表达更高;（2）养阴解毒方与化学治疗联合使用可以降低血清中β3GnT8、CD147表达,改善中医临床症状,且效果均较单纯化疗组更为显着;（3）与单纯运用化学治疗手段相比,养阴解毒方联合化学治疗可以改善NSCLC患者免疫功能,安全性也较好。
二、癌症发生的分子生物学研究方法以及生物治癌药物的开发（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、癌症发生的分子生物学研究方法以及生物治癌药物的开发（论文提纲范文）
（1）老药二次研发策略在抗疟疾和抗罕见病结膜黑色素瘤新药研发中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 绪论 老药新用与老药二次研发简介 |
| 第一部分 基于Quisinostat的新型抗疟疾衍生物设计合成与活性研究 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 疟疾及其危害 |
| 1.2 疟原虫及其生命周期 |
| 1.2.1 疟原虫在人体内的发育阶段 |
| 1.2.2 疟原虫在按蚊体内的发育阶段 |
| 1.3 疟疾防治药物的历史与现状 |
| 1.4 耐药疟疾的威胁 |
| 1.5 抗疟疾临床候选新药研究概况 |
| 1.6 抗疟疾新药开发面临的问题与对策 |
| 1.7 本团队拟解决的主要问题及研究思路 |
| 第2章 HDAC抑制剂在抗疟疾研究中的应用 |
| 2.1 疟原虫HDAC表观遗传学研究的重要性 |
| 2.2 恶性疟原虫HDAC的分类及生理功能 |
| 2.3 抗疟疾HDAC抑制剂研究进展 |
| 2.3.1 异羟肟酸类HDAC抑制剂 |
| 2.3.2 其它种类HDAC抑制剂 |
| 2.4 抗疟疾HDAC抑制剂的优势与不足 |
| 2.5 新型抗疟疾HDAC抑制剂Quisinostat的发现 |
| 2.6 本论文的研究目标与思路 |
| 第3章 衍生物的设计与合成 |
| 3.1 前期研究进展 |
| 3.2 衍生物设计思路 |
| 3.3 衍生物的合成 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 衍生物的体内外生物活性研究 |
| 4.1 Linker衍生物A1～A6的红内期体外抗疟疾活性与细胞毒性 |
| 4.2 衍生物B1～B39的红内期体外抗疟疾活性与细胞毒性 |
| 4.3 衍生物C1～C30的红内期体外抗疟疾活性与细胞毒性 |
| 4.4 衍生物的构效关系总结 |
| 4.4.1 衍生物构效关系总论 |
| 4.4.2 Linker衍生物A1～A6的构效关系 |
| 4.4.3 CAP衍生物B1～B39与C1～C30的构效关系 |
| 4.5 衍生物体外代谢稳定性评价 |
| 4.6 衍生物B35和B39的小鼠急性毒性评估 |
| 4.7 衍生物红内期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.7.1 B35与B39红内期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.7.2 A2、C9与C14～C17红内期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.7.3 红内期体内药效实验小结 |
| 4.8 衍生物肝期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.8.1 B35与B39的肝期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.8.2 C9的肝期体内抗疟疾药效评价 |
| 4.9 衍生物小鼠体内药代性质评价 |
| 4.10 衍生物抑制多重抗性疟疾临床虫株活性评价 |
| 4.11 衍生物红内期时期特异性抗疟疾性质评价 |
| 4.12 本章小结 |
| 第5章 衍生物抑制恶性疟原虫与人源HDAC活性研究 |
| 5.1 衍生物抑制PfHDAC活性研究 |
| 5.2 PfHDAC1/2基因条件性敲减虫株的构建 |
| 5.3 衍生物抑制PfHDAC1活性研究 |
| 5.4 衍生物对人源HDAC的抑制作用 |
| 5.5 本章小结 |
| 第6章 实验部分 |
| 6.1 化合物的合成与表征 |
| 6.2 疟原虫相关药效与机制测试 |
| 6.2.1 恶性疟原虫的培养 |
| 6.2.2 化合物红内期体外杀虫活性测试 |
| 6.2.3 化合物细胞毒性测试 |
| 6.2.4 化合物肝微粒体代谢测试 |
| 6.2.5 体内药效实验中化合物溶液的配置 |
| 6.2.6 化合物红内期体内杀虫活性测试 |
| 6.2.7 化合物肝期体内杀虫活性测试 |
| 6.2.8 化合物红内期时期特异性抗疟疾药效实验 |
| 6.2.9 RSA测试 |
| 6.2.10 流式细胞计数 |
| 6.2.11 Western Blot实验 |
| 6.2.12 PfHDAC1/2敲减虫株的构建及化合物抑制活性测试 |
| 6.2.13 化合物体外抑制重组人源HDAC活性测试 |
| 6.2.14 化合物体外抑制重组PfHDAC1活性测试 |
| 6.2.15 化合物药代动力学性质测试 |
| 6.2.16 统计分析 |
| 第二部分 普罗帕酮抗罕见病结膜黑色素瘤新用途衍生物的设计合成与活性研究 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 罕见病CM及其临床预后情况 |
| 1.2 CM的分子生物学研究进展 |
| 1.3 CM临床治疗研究进展 |
| 1.3.1 CM传统治疗方法 |
| 1.3.2 CM的潜在疗法 |
| 1.4 CM治疗药物(孤儿药)研发的困境 |
| 1.5 本团队拟解决的主要问题及研究思路 |
| 第2章 普罗帕酮抗结膜黑色素瘤新用途的发现 |
| 2.1 新型抗CM化合物普罗帕酮的发现 |
| 2.2 普罗帕酮的临床用途、老药二次研发现状及其抗CM研究潜力 |
| 2.3 本论文的研究目标与思路 |
| 第3章 衍生物的设计、合成与体外活性研究 |
| 3.1 衍生物的设计 |
| 3.2 衍生物的合成 |
| 3.3 衍生物的体外抑制CM细胞增殖活性与细胞毒性研究 |
| 3.4 衍生物构效关系小结 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 实验部分 |
| 4.1 化合物的合成与表征 |
| 4.2 化合物体外抑制细胞增殖活性测试 |
| 全文总结与展望 |
| 参考文献 |
| 缩略词中英对照表 |
| 博士就读期间发表文章 |
| 博士就读期间申请专利 |
| 致谢 |
（2）电离辐射诱导非小细胞肺癌DNA损伤与线粒体功能紊乱的应答机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 肺癌现状与放射治疗 |
| 1.1.1 肺癌现状 |
| 1.1.2 肺癌放射治疗及综合治疗进展 |
| 1.2 DNA损伤形成及应答 |
| 1.2.1 DNA损伤在放射治疗中的形成 |
| 1.2.2 DNA损伤监督 |
| 1.2.3 DNA损伤识别修复 |
| 1.2.4 DNA损伤诱导的细胞死亡 |
| 1.3 线粒体功能紊乱 |
| 1.3.1 线粒体功能紊乱与癌症的形成和发展 |
| 1.3.2 线粒体与辐射抗拒性 |
| 1.3.3 Ras/PI3K/Akt/mTOR通路 |
| 1.3.4 线粒体翻译 |
| 1.4 DNA损伤应答和线粒体功能紊乱的相互作用 |
| 1.4.1 细胞核与线粒体之间的双向信号 |
| 1.4.2 DNA损伤应答与线粒体功能的共同调控通路 |
| 1.5 本文研究目的及意义 |
| 第2章 重离子诱导非小细胞肺癌复杂性DNA损伤的识别及修复 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与试剂 |
| 2.2.1 细胞来源 |
| 2.2.2 试剂及药品 |
| 2.2.3 主要使用仪器 |
| 2.3 实验方法与步骤 |
| 2.3.1 细胞培养传代 |
| 2.3.2 辐照与博来霉素处理 |
| 2.3.2.1 X射线辐照 |
| 2.3.2.2 碳离子辐照 |
| 2.3.2.3 博来霉素处理 |
| 2.3.3 细胞增殖检测CCK-8 实验 |
| 2.3.4 克隆形成实验 |
| 2.3.5 DNA凝胶电泳及DNA损伤频率的计算 |
| 2.3.6 免疫荧光试验 |
| 2.3.7 Western blot蛋白免疫印迹实验 |
| 2.3.8 数据统计分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 非小细胞肺癌对X射线和碳离子的辐射敏感性具有差异 |
| 2.4.2 X射线辐照及联合博来霉素对A549 细胞活性的影响 |
| 2.4.3 碳离子联合博来霉素诱导最明显的复杂DSB损伤 |
| 2.4.4 复杂DSA损伤的动态识别 |
| 2.4.5 复杂DNA损伤的主要修复方式可能为非同源末端连接(NHEJ) |
| 2.5 讨论 |
| 第3章 重离子联合替加环素诱导非小细胞肺癌线粒体功能紊乱的机理研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与试剂 |
| 3.2.1 细胞来源 |
| 3.2.2 试剂及药品 |
| 3.2.3 主要使用仪器 |
| 3.3 实验方法与步骤 |
| 3.3.1 细胞培养 |
| 3.3.2 辐照与替加环素处理 |
| 3.3.2.1 碳离子辐照 |
| 3.3.2.2 替加环素处理 |
| 3.3.3 克隆形成实验 |
| 3.3.4 免疫荧光实验 |
| 3.3.5 细胞凋亡实验 |
| 3.3.6 细胞内ATP检测 |
| 3.3.7 线粒体膜电势检测 |
| 3.3.8 线粒体内Ca~(2+)水平检测 |
| 3.3.9 Western blot蛋白免疫印迹实验 |
| 3.3.10 数据统计分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 碳离子、替加环素以及两者联合作用均能显着抑制肺癌细胞增殖 |
| 3.4.2 碳离子、替加环素以及两者联合作用均诱导线粒体功能紊乱 |
| 3.4.3 碳离子、替加环素及两者联合作用诱导细胞凋亡 |
| 3.4.4 碳离子、替加环素及两者联合作用在H1299 细胞中诱导自噬 |
| 3.4.5 碳离子通过Akt/AMPK/mTOR通路调控线粒体翻译蛋白 |
| 3.4.6 碳离子通过p53和Akt/AMPK/mTOR通路调控线粒体翻译蛋白 |
| 3.4.7 P53 缺失的H1299 细胞对线粒体翻译抑制更加敏感 |
| 3.5 讨论 |
| 第4章 DNA损伤与线粒体功能紊乱的共同应答通路 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与试剂 |
| 4.2.1 细胞来源 |
| 4.2.2 试剂及药品 |
| 4.2.3 主要使用仪器 |
| 4.3 实验方法与步骤 |
| 4.3.1 细胞培养 |
| 4.3.2 辐照与抑制剂处理 |
| 4.3.2.1 辐照 |
| 4.3.2.2 抑制剂处理 |
| 4.3.3 克隆形成实验 |
| 4.3.4 线粒体内Ca~(2+)水平检测 |
| 4.3.5 Western blot蛋白免疫印迹实验 |
| 4.3.6 数据统计分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 ATM抑制剂KU-55933 增加A549 细胞对碳离子的辐射敏感性 |
| 4.4.2 抑制ATM下调碳离子辐照后DSB损伤修复蛋白的表达 |
| 4.4.3 KU-55933 增加碳离子辐照后线粒体Ca~(2+)水平 |
| 4.4.4 ATM调控p53和mTOR参与碳离子辐照应答 |
| 4.4.5 自噬受ATM通路的调控参与碳离子应答 |
| 4.5 讨论 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文及研究成果 |
（3）PI3K/AKT/mTOR信号通路在亚砷酸钠联合黄芪甲苷抗肝癌中的作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 砷与黄芪的抗癌作用 |
| 1.1.1 砷的应用 |
| 1.1.2 黄芪的应用 |
| 1.2 砷与中药联合的抗癌研究 |
| 1.3 PI3K/AKT/mTOR信号通路与癌症 |
| 1.3.1 PI3K/AKT/mTOR信号通路调控机制 |
| 1.3.2 PI3K/AKT/mTOR信号通路的作用及其与癌症的关系 |
| 1.4 砷、黄芪甲苷与PI3K/AKT/mTOR信号通路 |
| 1.4.1 砷通过PI3K/AKT/mTOR信号通路发挥抗癌作用 |
| 1.4.2 黄芪甲苷通过PI3K/AKT/mTOR信号通路发挥抗癌作用 |
| 1.5 本研究目的及意义 |
| 1.5.1 研究目的 |
| 1.5.2 研究意义 |
| 2 NaAsO_2和AS-Ⅳ最佳有效浓度的筛选及其抑制HepG2 细胞增殖的转录组学研究 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 NaAsO_2和AS-Ⅳ抑制HepG2 细胞的时间及IC50 的确定 |
| 2.2.2 NaAsO_2和AS-Ⅳ抑制HepG2 细胞的转录组学分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 NaAsO_2和AS-Ⅳ抑制HepG2 细胞的有效浓度及时间 |
| 2.3.2 不同药物处理差异基因表达情况 |
| 2.3.3 不同药物处理差异基因GO功能富集分析 |
| 2.3.4 不同药物处理差异基因KEGG功能富集分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 NaAsO_2和AS-Ⅳ抑制HepG2 细胞的体外研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 主要材料 |
| 3.1.2 主要试剂耗材 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 siRNA筛选 |
| 3.2.2 CCK-8 试验 |
| 3.2.3 划痕试验 |
| 3.2.4 Transwell迁移侵袭试验 |
| 3.2.5 流式细胞术检测细胞周期凋亡试验 |
| 3.2.6 RT-qPCR试验 |
| 3.2.7 Western Blot试验 |
| 3.2.8 免疫荧光试验 |
| 3.2.9 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 siRNA筛选结果 |
| 3.3.2 CCK8 法检测NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞增殖情况的影响 |
| 3.3.3 划痕试验检测NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞迁移的影响 |
| 3.3.4 Transwell试验检测NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞迁移的影响 |
| 3.3.5 Transwell试验检测NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞迁移的影响 |
| 3.3.6 NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞周期的影响 |
| 3.3.7 NaAsO_2和AS-Ⅳ对 HepG2 细胞凋亡的影响 |
| 3.3.8 NaAsO_2和AS-Ⅳ对 PI3K/AKT/mTOR通路关键基因、蛋白的影响 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 4 NaAsO_2和AS-Ⅳ抗肝癌作用的体内研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 主要材料 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 裸鼠肝癌移植瘤模型的建立 |
| 4.2.2 ELISA试验 |
| 4.2.3 HE染色 |
| 4.2.4 TUNEL染色 |
| 4.2.5 RT-qPCR试验 |
| 4.2.6 Western Blot试验 |
| 4.2.7 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 NaAsO_2和AS-Ⅳ对裸鼠肝癌移植瘤的抑制作用 |
| 4.3.2 NaAsO_2和AS-Ⅳ对裸鼠血清AFP、DCP、CEA、TNF-α的影响 |
| 4.3.3 HE染色观察NaAsO_2和AS-Ⅳ对裸鼠肝癌移植瘤的影响 |
| 4.3.4 TUNEL染色检测裸鼠肝癌移植瘤凋亡情况 |
| 4.3.5 NaAsO_2和AS-Ⅳ对 PI3K/AKT/mTOR通路关键基因、蛋白的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 5 结论 |
| 6 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（4）芪甲扶正方防治肺癌癌因性疲乏的有效性及作用机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 癌因性疲乏的西医研究进展 |
| 1 癌因性疲乏的诊断 |
| 2 癌因性疲乏的程度评估 |
| 3 癌因性疲乏的治疗 |
| 4 癌因性疲乏的影响因素 |
| 5 癌因性疲乏的发病机制假说 |
| 6 展望 |
| 参考文献 |
| 综述二 中医药治疗癌因性疲乏的研究现状 |
| 1 古代医籍中关于癌因性疲乏的记载 |
| 2 现代各医家对于癌因性疲乏的认识 |
| 3 癌因性疲乏的中医药治疗现状 |
| 4 展望 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第一部分 芪甲扶正方治疗脾肾亏虚型肺癌癌因性疲乏的临床研究 |
| 1 研究对象 |
| 2 试验方案 |
| 3 观察指标 |
| 4 研究工具及流程 |
| 5 统计分析 |
| 6 伦理原则 |
| 7 研究结果 |
| 8 讨论 |
| 第二部分 基于网络药理学探究芪甲扶正方治疗肺腺癌癌因性疲乏的作用机制 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三部分 芪甲扶正方防治肺癌癌因性疲乏作用机制的实验研究 |
| 实验一 芪甲扶正方对肺癌本身导致的疲乏的预防作用 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 统计方法 |
| 4 实验结果 |
| 5 讨论 |
| 实验二 芪甲扶正方对肺癌癌因性疲乏模型免疫炎症水平的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 统计方法 |
| 4 实验结果 |
| 5 讨论 |
| 实验三 芪甲扶正方对肺癌癌因性疲乏模型瘤体增殖能力的影响 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 统计方法 |
| 4 实验结果 |
| 5 讨论 |
| 实验四 芪甲扶正方对肺癌癌因性疲乏模型瘤组织Akt/c-Myc信号轴的调节作用 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 统计方法 |
| 4 实验结果 |
| 5 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
（5）基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 复方苦参注射液治疗胃癌的研究进展 |
| 综述二 复方苦参注射液治疗食管癌的研究进展 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第一章 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌临床评价研究 |
| 第一节 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗胃癌临床评价研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于网状Meta分析的复方苦参注射液治疗食管癌临床评价研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二章 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌作用机制研究 |
| 第一节 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于整合高通量数据分析的食管癌关键基因研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三节 基于网络药理学的复方苦参注射液治疗食管癌作用机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三章 复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌相关作用机制实验研究 |
| 第一节 复方苦参注射液干预胃癌细胞实验研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第二节 基于蛋白组学的复方苦参注射液治疗胃癌作用机制研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 第三节 复方苦参注射液干预食管癌细胞实验研究 |
| 1 仪器与器材 |
| 2 实验方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在学期间主要研究成果 |
（6）基于转录组数据挖掘分析免疫标志物与恶性黑色素瘤转移机制的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 恶性黑色素瘤的流行病学特点及治疗现状 |
| 1.1.2 恶性黑色素瘤分子缺陷的研究进展 |
| 1.1.3 恶性黑色素瘤生物标志物的研究进展 |
| 1.1.4 肿瘤微环境的研究进展 |
| 1.2 研究目的 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 生物信息学方法 |
| 1.4.2 计算结果的独立数据集验证 |
| 1.4.3 分子生物学实验功能验证 |
| 1.5 技术路线图 |
| 参考文献 |
| 第二章 恶性黑色素瘤Bulk转录组测序数据分析 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.1.1 生物信息学与肿瘤治疗研究 |
| 2.1.2 技术路线图 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 数据来源和分类 |
| 2.2.2 数据预处理和数据质量标准化 |
| 2.2.3 差异基因分析 |
| 2.2.4 基因标志物的Cox风险比例回归分析 |
| 2.2.5 构建基因标志物预后风险模型 |
| 2.2.6 基因标志物通路和功能分析 |
| 2.2.7 反卷积网络重构恶性黑色素瘤的免疫微环境 |
| 2.2.8 预后基因标志物与肿瘤免疫浸润细胞的相关性分析 |
| 2.2.9 恶性黑色素瘤中突变基因分布统计 |
| 2.2.10 肿瘤突变负荷分数的计算和预后分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 患者人口统计学和临床因素 |
| 2.3.2 差异基因与免疫相关基因的识别 |
| 2.3.3 建立免疫相关基因的风险模型 |
| 2.3.4 评估预后模型的预测效果 |
| 2.3.5 基因本体分析与KEGG通路分析 |
| 2.3.6 原发和转移病例样本中肿瘤浸润免疫细胞的差异 |
| 2.3.7 基因标志物与肿瘤免疫微环境的相关性分析 |
| 2.3.8 GEO队列独立数据集验证模型的预后 |
| 2.3.9 GEO队列中恶性黑色素瘤验证集的免疫分析 |
| 2.3.10 评估低危和高危人群之间的免疫情况 |
| 2.3.11 评估基于CD274/PDCD1 转移亚组肿瘤微环境的差异 |
| 2.3.12 MM中的突变图谱 |
| 2.3.13 TMB对恶性黑色素瘤预后的影响 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 恶性黑色素瘤单细胞转录组测序数据验证 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 数据来源 |
| 3.2.2 关键软件及数据库资源 |
| 3.2.3 质控:细胞的选择和过滤 |
| 3.2.4 数据标准化 |
| 3.2.5 识别高变异基因 |
| 3.2.6 中心化(Scaling)分析 |
| 3.2.7 主成分(PCA)分析 |
| 3.2.8 非线性降维(t-SNE) |
| 3.2.9 寻找差异表达的特征(聚类生物标志物) |
| 3.2.10 注释cluster中细胞类型 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 质控和细胞群分类 |
| 3.3.2 数据标准化 |
| 3.3.3 质控和细胞群分类 |
| 3.3.4 PCA降维并提取主成分分析 |
| 3.3.5 T-SNE聚类分析和marker基因 |
| 3.3.6 寻找差异表达的特征 |
| 3.3.7 细胞类型鉴定 |
| 3.3.8 基因标志物与肿瘤浸润免疫细胞的相关性 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第四章 HPA数据库基因标志物的免疫组化分析 |
| 4.1 研究背景 |
| 4.1.1 人类蛋白质图谱网站数据对基因标志物的验证 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 数据来源与下载 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 蛋白SLPI的免疫组化特征 |
| 4.3.2 蛋白LYZ的免疫组化特征 |
| 4.3.3 蛋白CD79A的免疫组化特征 |
| 4.3.4 蛋白CCL19 的免疫组化特征 |
| 4.3.5 蛋白S100A7 的免疫组化特征 |
| 4.3.6 蛋白CXCR4 对泛癌的预后的meta分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 结论 |
| 参考文献 |
| 第五章 CXCR4促进 A375细胞的侵袭和转移的实验研究 |
| 5.1 研究背景 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 实验试剂与实验仪器 |
| 5.2.2 仪器和设备 |
| 5.2.3 细胞株选择 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 细胞培养 |
| 5.3.2 Cas9敲除实验 |
| 5.4 结果 |
| 5.4.1 构建CXCR4 敲除细胞系模型 |
| 5.4.2 实时荧光定量PCR检测A375细胞CXCR4 mRNA表达 |
| 5.4.3 CXCR4 能够促进A375 细胞克隆集落形成 |
| 5.4.4 CXCR4对A375细胞划痕实验的影响 |
| 5.4.5 CXCR4增强A375细胞转移和侵袭能力 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 结论 |
| 参考文献 |
| 第六章 结论与展望 |
| 附录一 CIBERSORTx计算结果(TCGA) |
| 附录二 CIBERSORTx计算结果(GSE19234,GSE53118) |
| 附录三 28 个差异基因的筛选结果 |
| 附录四 相关性分析结果(Primary Samples) |
| 附录五 相关性分析结果(Metastasis Samples) |
| 附录六 相关性分析结果(GSE19234) |
| 附录七 相关性分析结果(GSE72056) |
| 附录八 缩略语表(Abbreviation) |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（7）生物网络比对及其在疾病研究中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 生物信息学的概念 |
| 1.2 生物信息学的发展 |
| 1.3 生物信息学的研究内容 |
| 1.3.1 基因组学 |
| 1.3.2 蛋白组学 |
| 1.3.3 系统生物学 |
| 1.4 基于PPI网络的研究 |
| 1.4.1 PPI数据库 |
| 1.4.2 PPI网络比对 |
| 1.4.3 基于PPI网络的相关研究 |
| 1.5 本文的主要工作 |
| 第二章 PPI网络比对算法 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 NAIGO方法 |
| 2.2.1 网络划分 |
| 2.2.2 相似矩阵的构建 |
| 2.2.3 相似矩阵的参数设置 |
| 2.2.4 相似矩阵的简化 |
| 2.2.5 网络比对全局扩展 |
| 2.2.6 网络比对局部扩展 |
| 2.2.7 网络比对的性能评估 |
| 2.3 网络比对结果 |
| 2.3.1 数据集 |
| 2.3.2 算法设计和参数定义的有效性 |
| 2.3.3 局部比对的性能评估 |
| 2.3.4 全局比对的性能评估 |
| 2.3.5 NAIGO与其他方法的比较 |
| 2.3.6 基于网络比对局部扩展的蛋白质功能预测 |
| 2.4 总结与讨论 |
| 第三章 基于PPI网络的疾病相关性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 疾病相关性研究算法 |
| 3.2.1 DIoverlap算法 |
| 3.2.2 DIcd算法 |
| 3.2.3 DINet算法 |
| 3.2.4 DIconnectivity算法 |
| 3.3 糖尿病与其他疾病相关性的研究 |
| 3.3.1 数据集 |
| 3.3.2 糖尿病-疾病关联注释 |
| 3.3.3 糖尿病-疾病关联的研究结果 |
| 3.3.4 总结与讨论 |
| 3.4 肥胖与癌症相关性的研究 |
| 3.4.1 数据集 |
| 3.4.2 肥胖-癌症关联注释 |
| 3.4.3 肥胖-癌症关联的研究结果 |
| 3.4.4 总结与讨论 |
| 第四章 总结和展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 参数训练以及阈值训练结果 |
| 附录B 肥胖-癌症关联的AAF图形展示 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（8）海洋来源化合物Asperolide A抑制三阴性乳腺癌细胞溶骨性破坏的作用及分子机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩略词对照表 |
| 第一部分:Asperolide A对三阴性乳腺癌恶性表型的影响 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、实验结果 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分:Asperolide A抑制三阴性乳腺癌的分子机制 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分:Asperolide A对破骨细胞功能及对三阴性乳腺癌继发性骨破坏功能的影响 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 文献综述 转移性三阴性乳腺癌及其治疗研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文和科研工作情况 |
| 致谢 |
（9）山核桃萜类醌的生物合成途径及其成分胡桃醌抑制Ishikawa癌细胞增殖的分子机理（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 山核桃 |
| 1.1.1 山核桃概述 |
| 1.1.2 山核桃主要成分及功能 |
| 1.1.3 山核桃青皮中主要活性成分的抗癌机制 |
| 1.2 多组学探究植物生长机制 |
| 1.2.1 转录组学与植物生长 |
| 1.2.2 代谢组学与植物生长 |
| 1.3 子宫内膜癌 |
| 1.3.1 子宫内膜癌的现状 |
| 1.3.2 子宫内膜癌的发展机制 |
| 1.3.3 子宫内膜癌的治疗措施 |
| 1.3.4 子宫内膜癌细胞系研究的选择 |
| 1.4 多组学探究癌症机制 |
| 1.4.1 miRNA组学探究癌症机制 |
| 1.4.2 mRNA组学探究癌症机制 |
| 1.5 课题研究背景、意义及主要内容 |
| 1.5.1 课题研究背景、意义 |
| 1.5.2 课题研究主要内容 |
| 1.5.3 研究技术路线 |
| 第二章 不同发育期山核桃的转录组与代谢组分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样本采集 |
| 2.1.2 实验试剂和仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 不同发育期山核桃仁总RNA的提取 |
| 2.2.2 RNA纯度及浓度检测 |
| 2.2.3 山核桃仁文库的制备和测序建立 |
| 2.2.4 生物信息学分析 |
| 2.2.5 基因功能注释和分类 |
| 2.2.6 基因总体表达水平分析 |
| 2.2.7 差异基因表达分析 |
| 2.2.8 代谢组学实验流程分析 |
| 2.2.9 代谢物提取 |
| 2.2.10 液相参数 |
| 2.2.11 质谱参数 |
| 2.2.12 代谢组学信息分析流程 |
| 2.2.13 代谢组学信息分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 山核桃仁转录组测序质控分析 |
| 2.3.2 不同发育期山核桃仁基因组装结果分析 |
| 2.3.3 基因功能注释和分类 |
| 2.3.4 基因总体表达水平分析 |
| 2.3.5 不同发育期差异基因表达分析 |
| 2.3.6 代谢物检测 |
| 2.3.7 代谢物检测质控 |
| 2.3.8 代谢物鉴定 |
| 2.3.9 不同发育期山核桃仁代谢物定量分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 基于转录组学与代谢组联合分析山核桃萜类化合物合成规律 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 实验仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 萜类化合物的提取 |
| 3.2.2 RNA提取和Illumine测序 |
| 3.2.3 山核桃基因组装,基因注释以及功能分析 |
| 3.2.4 脂质代谢差异表达基因的KEGG和GO分析 |
| 3.2.5 RNA提取 |
| 3.2.6 反转录 |
| 3.2.7 定量PCR实验 |
| 3.2.8 代谢物提取与分析 |
| 3.2.9 关键萜类代谢组学的靶向测定 |
| 3.2.10 代谢物和转录物的综合分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 萜类化合物含量的动态变化 |
| 3.3.2 萜类化合物代谢差异表达基因的KEGG和GO分析 |
| 3.3.3 萜类化合物生成 |
| 3.3.4 山核桃发育过程中的关键萜类代谢产物 |
| 3.3.5 代谢组与转录组共表达网络分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 山核桃青皮胡桃醌的制备及其Ishikawa细胞增殖的抑制作用 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 细胞株 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 实验仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 山核桃青皮提取 |
| 4.2.2 纯化样品检测鉴定 |
| 4.2.3 细胞培养 |
| 4.2.4 MTT细胞实验 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 胡桃醌的提取 |
| 4.3.2 胡桃醌纯化及检测 |
| 4.3.3 胡桃醌对Ishikawa细胞增殖的抑制作用 |
| 4.3.4 胡桃醌对Ishikawa细胞形态的影响 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 转录组学与miRNA联合分析胡桃醌对Ishikawa细胞抑制作用的机制 |
| 5.1 实验材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料与试剂 |
| 5.1.2 细胞处理 |
| 5.1.3 制备文库和测序 |
| 5.1.4 测序信息分析 |
| 5.1.5 mRNA和 miRNA的提取 |
| 5.1.6 mRNA和 miRNA的反转录 |
| 5.1.7 mRNA和 miRNA的荧光定量PCR检测 |
| 5.1.8 功能和途径富集分析 |
| 5.1.9 PPI网络建立及模块分析 |
| 5.1.10 差异表达miRNA靶基因预测 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 总RNA质检分析 |
| 5.2.2 差异表达miRNA和mRNA分析 |
| 5.2.3 qRT-PCR检测差异表达miRNAs和差异表达基因的表达 |
| 5.2.4 差异表达基因的GO与 KEGG富集分析 |
| 5.2.5 PPI网络构建及模块分析 |
| 5.2.6 差异表达miRNA的靶基因预测 |
| 5.3 本章小结 |
| 第六章 胡桃醌诱导Ishikawa细胞凋亡及其机制 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 实验试剂 |
| 6.1.2 实验仪器 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 细胞培养 |
| 6.2.2 胡桃醌处理Ishikawa细胞 |
| 6.2.3 细胞周期检测 |
| 6.2.4 细胞凋亡荧光 Hoechst 33342/PI 双染 |
| 6.2.5 Annexin V-Alexa Fluor 488/PI 凋亡检测 |
| 6.2.6 活性氧检测 |
| 6.2.7 mRNA提取和定量PCR |
| 6.2.8 蛋白提取和 Western blot |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 胡桃醌对Ishikawa细胞周期的影响 |
| 6.3.2 胡桃醌对细胞凋亡形态学的影响 |
| 6.3.3 胡桃醌对Ishikawa细胞凋亡的影响 |
| 6.3.4 胡桃醌对线粒体途径影响 |
| 6.3.5 胡桃醌对死亡受体通路相关基因表达的影响 |
| 6.3.6 胡桃醌对细胞凋亡相关基因表达的影响 |
| 6.3.7 胡桃醌诱导ROS介导的Ishikawa细胞凋亡 |
| 6.4 本章小结 |
| 第七章 胡桃醌作为诱导剂诱导Ishikawa细胞铁自噬 |
| 7.1 实验材料 |
| 7.1.1 实验试剂 |
| 7.1.2 实验仪器 |
| 7.2 实验方法 |
| 7.2.1 细胞培养 |
| 7.2.2 细胞死亡检测 |
| 7.2.3 铁含量测定 |
| 7.2.4 丙二醛(MDA)测定 |
| 7.2.5 谷胱甘肽的测定 |
| 7.2.6 透射电镜观察 |
| 7.2.7 免疫荧光检测 |
| 7.2.8 细胞集落形成实验 |
| 7.2.9 细胞迁袭 |
| 7.2.10 转录组学分析 |
| 7.2.11 RNA提取和定量PCR实验 |
| 7.2.12 Western Blot实验 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 胡桃醌诱导Ishikawa细胞死亡 |
| 7.3.2 胡桃醌诱导Ishikawa细胞铁死亡 |
| 7.3.3 透射电镜显示胡桃醌诱导的铁自噬 |
| 7.3.4 胡桃醌诱导Ishikawa细胞铁自噬机制 |
| 7.3.5 胡桃醌抑制Ishikawa细胞的迁移和侵袭 |
| 7.3.6 胡桃醌诱导Ishikawa细胞内质网应激 |
| 7.4 本章小结 |
| 第八章 结论与展望 |
| 8.1 结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间的学术活动及成果情况 |
（10）养阴解毒方联合化疗对NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达影响的临床研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 理论研究 |
| 综述一 养阴解毒法治疗非小细胞肺癌的研究进展 |
| 1. 中医学对肺癌的认识 |
| 1.1 肺癌产生的病因病机 |
| 1.2 肺癌的中医辨证分型 |
| 2. 阴虚毒热证的中医病机 |
| 3. 养阴解毒法 |
| 3.1 养阴解毒法治疗NSCLC的理论依据 |
| 3.2 养阴解毒法在中药单药中的研究 |
| 3.3 养阴解毒法在方剂及成药中的研究 |
| 4. 结语 |
| 综述二 糖基化异常与恶性肿瘤诊治的生物学价值研究 |
| 1. O-糖基化、N-糖基化异常与肿瘤发生发展 |
| 1.1 O-糖基化与肿瘤 |
| 1.2 N-糖基化与肿瘤 |
| 2. 糖基转移酶或糖苷酶异常与肿瘤 |
| 3. 糖基化异常的相关蛋白与肿瘤 |
| 3.1 RAGE蛋白 |
| 3.2 CD73蛋白 |
| 4. 糖基化与肿瘤治疗 |
| 4.1 与化学治疗药物 |
| 4.2 与靶向治疗药物 |
| 4.3 与免疫治疗药物 |
| 4.4 新型药物研究 |
| 5. 讨论 |
| 第二部分 临床研究 养阴解毒方联合化疗对NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达影响的临床研究 |
| 1. 临床观察及研究方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 疗效评价标准 |
| 1.4 统计分析方法 |
| 2. 临床观察结果 |
| 2.1 疾病组与健康组血清中β3GnT8、CD147的表达 |
| 2.2 晚期NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达水平与疾病转移 |
| 2.3 临床疗效观察 |
| 2.4 安全性评估 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 现代医学β3GnT8、CD147的研究进展 |
| 3.2 “癌毒致病”学说的启示 |
| 3.3 组方分析 |
| 3.4 研究结果分析 |
| 3.5 存在的问题及未来展望 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表1: 英文缩略词表(ABBREVIATIONS) |
| 附表2: KPS评分 |
| 附表3: 肺癌中医临床证候积分表 |
| 附表4: 知情同意书 |
| 附表5: 伦理审查批件 |
| 附表6: 病例报告表 |
| 攻读学位期间取得的成果 |
| 致谢 |
四、癌症发生的分子生物学研究方法以及生物治癌药物的开发（论文参考文献）
- [1]老药二次研发策略在抗疟疾和抗罕见病结膜黑色素瘤新药研发中的应用[D]. 李若曦. 华东理工大学, 2021(08)
- [2]电离辐射诱导非小细胞肺癌DNA损伤与线粒体功能紊乱的应答机理研究[D]. 严俊芳. 中国科学院大学(中国科学院近代物理研究所), 2021(01)
- [3]PI3K/AKT/mTOR信号通路在亚砷酸钠联合黄芪甲苷抗肝癌中的作用研究[D]. 郭志伟. 内蒙古农业大学, 2021(01)
- [4]芪甲扶正方防治肺癌癌因性疲乏的有效性及作用机制研究[D]. 刘寰宇. 北京中医药大学, 2021(01)
- [5]基于整合大数据的复方苦参注射液治疗胃癌与食管癌上市后评价研究[D]. 周唯. 北京中医药大学, 2021(02)
- [6]基于转录组数据挖掘分析免疫标志物与恶性黑色素瘤转移机制的研究[D]. 原凌燕. 兰州大学, 2021(09)
- [7]生物网络比对及其在疾病研究中的应用[D]. 朱丽娟. 浙江师范大学, 2021(02)
- [8]海洋来源化合物Asperolide A抑制三阴性乳腺癌细胞溶骨性破坏的作用及分子机制研究[D]. 姜文丽. 中国人民解放军海军军医大学, 2021(01)
- [9]山核桃萜类醌的生物合成途径及其成分胡桃醌抑制Ishikawa癌细胞增殖的分子机理[D]. 张圆圆. 合肥工业大学, 2021(02)
- [10]养阴解毒方联合化疗对NSCLC患者血清中β3GnT8、CD147表达影响的临床研究[D]. 翟韵怡. 南京中医药大学, 2021(01)