一、遗传标记在水禽育种中的应用(论文文献综述)
王统苗[1](2020)在《我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定》文中研究说明我国是世界上鸭遗传资源最为丰富的国家,经过长期的保护与开发利用,部分资源存在遗传多样性衰减、品种血统混杂等现象。为了加强鸭遗传资源保护,支持和引导鸭遗传资源监测评估。本研究以国家级水禽基因库(福建)15个鸭遗传资源为试验材料,测量其体重和体尺性状,进行各指标间相关性分析及逐步回归分析,通过全基因组重测序,分析它们的群体结构及进行品种鉴定。接着选用我国6个小体型鸭品种,通过STR分型技术进行遗传多样性分析及品种特异性鉴定。主要研究结果如下:1、15个鸭遗传资源内体重和部分体尺性状多样性丰富,其中缙云麻鸭体重变异系数最大,为12.81%;不同类型鸭资源的体重与体尺性状间存在显着相关,特别是大体型鸭品种,如巢湖鸭和吉安红毛鸭,体重与体尺性状之间存在强相关性;通过体重与部分体尺指标的回归分析,建立了 15个鸭遗传资源体重回归方程;将本研究中鸭遗传资源与中国家禽品种志(1984年)和中国畜禽遗传资源志(2006年)上的同一鸭品种的体重和体尺比较发现,金定鸭与攸县麻鸭等体重、体斜长等指标有明显改进,保种效果较好。综上,经过长期的保护,15个鸭遗传资源保持了丰富的遗传多样性,具有较大的开发利用潜力。2、通过PCA分析、群体结构分析、系统发育树分析发现,15个鸭遗传资源的遗传分化相似,系统发育树结果显示麻旺鸭单独聚为一类,攸县麻鸭、山麻鸭和缙云麻鸭聚为一类;连城白鸭、莆田白鸭和莆田黑鸭聚为一类;三穗鸭和金定鸭聚为一类;绍兴鸭、吉安红毛鸭、龙胜翠鸭、中山麻鸭、巢湖鸭聚为一类,褐色菜鸭聚为一类;通过对重测序数据筛选发现存在于特定群体中的47个SNP,将这些SNP进行组合可以鉴别不同鸭遗传资源。3、使用Microsatellite-Toolkit软件统计6个小体型鸭品种在10个微卫星位点上的等位基因数、杂合度和多态信息含量,结果发现所有微卫星位点在这6个鸭品种中都是中高度多态位点(0.25<PIC<1.00),平均期望杂合度为0.596,观察杂合度为0.443;利用DA遗传距离构建的UPGMA图显示,金定鸭先与山麻鸭聚为一类,然后和荆江鸭、连城白鸭聚为一类,再与攸县麻鸭聚为一类,广西小麻鸭单独聚为一类。选用4对具有共有基因型的微卫星位点,构建鸭品种鉴定柱形图,根据基因型频率的不同,将不同位点进行组合可以区分这6个鸭品种。10对微卫星位点在6个鸭品种中遗传多样性丰富,遗传变异程度适中,用其进行品种特异性鉴定具有较高的有效性和可靠性。综上,对15个鸭遗传资源体重和体尺性状进行测量,为鸭遗传育种提供基础数据;通过全基因组重测序挖掘存在于15个鸭遗传资源的特定SNP,利用其鉴别不同鸭群体;利用10个微卫星位点进行遗传多样性分析发现,6个小体型鸭品种遗传多样性丰富,遗传变异程度适中;利用共有基因型频率的不同,构建鸭品种鉴定柱形图,通过几个位点组合可以有效鉴别6个小体型鸭品种。
张杉杉[2](2019)在《黑番鸭卵巢组织mRNA差异表达与产蛋性状关联分析研究》文中研究说明黑羽番鸭作为优良的瘦肉型肉用鸭,具有生长速度快、饲料报酬高、易饲养及产肉性能好等优点,具有广阔的市场前景。但由于母番鸭的就巢性强及年产蛋率低,严重制约番鸭生产性能。且黑羽番鸭未经过系统的选育,为黑羽番鸭育种提供了丰富素材。随着分子生物学技术的快速发展,传统育种手段逐渐被科学、高效的选育方法替代,为筛选高繁殖力性状功能基因或分子标记提供更有力途径。本试验以黑羽番鸭为研究对象,对不同饲养方式番鸭生产性能进行比较,同时运用RNA-seq、PCR-RFLP技术对番鸭产蛋性状的遗传机理进行探讨。研究主要内容及结果如下:1.黑羽番鸭在笼养与平养条件下生产性能的比较研究本试验选取1800只黑羽番鸭母鸭,随机分为笼养组与平养组。从31周龄开始,记录黑羽番鸭的开产日龄及每天的产蛋数、破蛋数与次蛋数,计算产蛋率、破蛋率、次蛋率、累计产蛋数和≥60%产蛋率维持时间等生产指标,试验共记录19周的数据。从蛋鸭300日龄起,连续3天测定鸭蛋的蛋品质。获得以下结论:(1)笼养组黑羽番鸭产蛋率、累计产蛋数、破蛋率、均优于平养组,具有极显着性差异(P<0.01),笼养组蛋重及蛋横径与平养组比具有明显差异(P<0.05),笼养模式下黑羽番鸭≥60%产蛋率维持时间同样高于平养组。(2)平养组次蛋率极显着低于笼养组(P<0.01),开产日龄(222天)略早于笼养组(224天)。2.高、低产黑羽番鸭卵巢组织mRNA差异表达研究选取产蛋高峰期(40周龄)高产(产蛋率>90%)、低产(产蛋率25%30%)黑羽番鸭各3只,采用Illumina测序平台对番鸭卵巢组织进行转录组测序。得到以下结果:(1)差异表达分析共鉴定出差异表达基因(DEGs)619个,与低产组相比,356个DEGs表达上调,263个DEGs表达下调。(2)对DEGs分析发现,与繁殖性状相关的关键基因有:TGFB2、FGF18、EFNA5、POSTN、SMOC1、ESR1和SLIT2。(3)GO分析表明:12682个注释基因参与GO数据库的64个小GO类别,506个DEGs被GO功能注释,DEGs主要集中在细胞组分和分子功能上。涉及膜的整体成分(integral component of membrane)、核(nucleus)、质膜(plasma membrane)、ATP结合(ATP binding)、锌结合(zinc ion binding)和钙离子结合(calcium ion bindin g)等条目。(4)KEGG数据库共富集到13371个功能注释基因,涉及265个pathway,41个pathway显着富集。KEGG数据库分析差异基因主要富集在癌症途径(Pathways in can cer)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、细胞粘附分子(Cell adhes ion molecules(CAMs))和Rap1信号通路(Rap1 signaling pathway)等途径,其中TGFB2、FGF18、EFNA5、POSTN和SMOC1主要富集在生殖相关的PI3K-Akt信号通路。(5)筛选的7个DEGs经qPCR验证,与RNA-seq测序结果一致。3.MTNR1B、BMP6、NSG1和MC4R基因多态性研究从试验开始(31周龄)统计番鸭65天产蛋数,试验结束时称取番鸭体重。以MTNR1B、BMP6、NSG1和MC4R基因为研究对象,对番鸭进行多态性研究,并与产蛋性状做关联分析,共检测到5个SNP位点,结果如下:(1)MTNR1B基因外显子1检测到1个多态位点(g9880654 C>T),与黑羽番鸭产蛋数显着相关(P<0.05),CC等位基因型个体产蛋数明显低于TT型个体,T等位基因在群体中属于优势基因,TT等位基因频率显着高于CC和CT基因型。MTNR1B基因突变位点具有较高的遗传多样性(PIC=0.256),可作为番鸭繁殖性状相关候选基因。(2)BMP6基因5’UTR区检测到1个SNP位点(g67793146 G>A),对BMP6突变位点进行酶切分析,发现与黑羽番鸭产蛋数无明显关联(P>0.05)。AG型个体产蛋数明显高于其他两种基因型,在群体中处于优势地位,其中,纯合度与杂合度相同,表明群体中等位基因分布较均匀。多态位点PIC值为0.375,呈中度多态。(3)NSG1基因共检测到2个多态位点,SNP1(g63052875 A>C)和SNP2(g63058214 C>T),分别位于内含子4、内含子5内。其中,SNP2多态位点(g63058214 C>T)CT基因型频率较低,但CT基因型个体产蛋数明显优于其他基因型。本试验发现的SNPs位点PIC值均在0.2500.500之间,具有较高的遗传多样性。此外,酶切得到的3种基因型与黑羽番鸭产蛋数并无显着相关(P>0.05)。(4)MC4R基因3’非翻译区存在1个SNP(g76929165 A>T)。基因型-表型关联分析表明MC4R基因SNPs位点与黑羽番鸭产蛋数无显着关联(P>0.05)。群体中T等位基因频率显着优于A等位基因频率,AA基因型个体产蛋数明显高于AT和TT基因型。MC4R基因突变位点PIC值大于0.025,处于中度多态。(5)MTNR1B、BMP6、NSG1和MC4R基因SNPs突变位点与黑羽番鸭体重均无显着关联(P>0.05)。
黄雪雯[3](2016)在《西南地区野生菰种质资源遗传多样性与遗传结构分析》文中研究说明菰属(Zizania L.)为禾本科,水生草本植物,稻亚科,稻族,是水稻的其中一个近缘属。在我国,菰(Zizania latzifolia)主要分布于东北、华南以及华东地区,绝大部分生长在长江中下游的各湿地、湖泊流域。菰的营养价值、生态价值、观赏价值和基因价值的挖掘和利用前景十分广阔。菰对稻瘟病、纹枯病等水稻病害有很强的抗性,且具有很强的耐热和耐冷等优良特性,是水稻育种外源优良基因资源的宝贵来源。所以,对我国野生菰种质资源的调查和遗传多样性的研究有着重要意义。本研究对我国西南地区的野生菰种质资源进行了调查分析,并做了表型水平和分子水平上的遗传多样性和遗传结构的分析,来了解该地区野生菰种质资源的概况与遗传多样性情况,为当地野生菰种质资源的保护及利用提供一定的依据。主要研究结果如下:1.采用文献查阅、访问和实地调查相结合的方法,针对我国西南地区野生菰种质资源的分布、生境及居群状况进行了调查分析。调查结果显示,该地区野生菰种质资源较少,部分地区生境遭受大量破坏,某些地区种质甚至濒临灭绝,因此提出了保护的迫切性,种质资源保护利用的对策。2.对西南地区野生菰的园林应用做了分析和评价,分析了野生菰园林应用的优势、应用的形式等。野生菰与其它园林要素搭配,构成的景观朴素无华且富有野趣,将会越来越多的应用于园林景观中。3.对西南地区的25个野生菰居群共91份样本的叶长、宽、面积等7个叶面形态性状进行了叶面变异度分析、主成分分析、聚类分析和性状与地理因子的相关性分析。结果表明叶面变异范围为25.35%-59.44%,平均变异系数38.19%,反映出该地区野生菰种质资源具有丰富的遗传多样性;主成分分析结果表明大部分变异信息的有2个主成分,其累积贡献率为99.61%。其中,第一主成分独立贡献率为82.79%,贡献力最大的叶面形态性状是长度(0.999)和周长(0.999);第二主成分只有一个形状因子(0.994),独立贡献率为16.8%。聚类分析结果将25个居群划分为三大类;相关性分析结果表明,各叶片性状与该地区海拔高度成负相关,其中海拔与长度的相关性最大,Pearson相关系数为-0.922。4.用本项目前期筛选出来的19对水稻SSR引物对西南地区包括云南省、贵州省、四川省和重庆市的25个野生菰居群做了遗传多样性及遗传结构的分析。分析结果得出西南地区野生菰居群多态性条带百分比(PPL)为91.37%,观察到等位基因数(Na)为2,有效等位基因数(Ne)1.6192,Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s多样性信息指数(Ⅰ)分别为0.3522和0.5194,表明该地区野生菰有着丰富的遗传多样性。5.遗传结构分析得出居群间基因多样性(Ht)为0.3541,居群内基因多样性(Hs)为0.3265,居群间遗传分化系数(Gst)为0.3883,基因流为0.7876<1,说明遗传漂变在西南地区野生菰植物的遗传分化中起到了一定的作用。各居群间的Nei’s遗传一致度(GI)在0.6293-0.9672之间,Nei’ s遗传距离(GD)在0.0257-0.4396之间。聚类分析结果,阈值在0.202时,可将25个居群聚分成6组,阈值为0.212时可将第一组分为四个亚组,居群间的聚类结果与地理分布无明显相关性。
喻世刚[4](2015)在《鹅产蛋性能相关遗传变异的全基因组发掘及候选基因研究》文中研究说明鹅具有很强的就巢性和低产蛋性能,产蛋性能作为鹅养殖生产中一项重要的经济性状,它与鹅产业发展、养殖企业的经济效益密切相关。但产蛋性能是一个低遗传力性状,其表型值受非遗传因素影响较大,运用传统表型选育的方法很难提高,严重阻碍了鹅产业化发展。分子标记辅助选择(MAS)技术作为分子生物学水平上选择目标性状的有效技术措施,具有适合低遗传力性状、不受环境影响和选择结果可靠等特点,但其前提是找到与目标性状关联的分子标记或功能基因。为发掘鹅产蛋性能相关分子遗传标记,本研究首先运用简化基因组测序(RAD-sequencing)技术筛选产蛋性能高组与低组中等位基因频率差异显着的SNP,进一步在大群体中验证分析候选SNP与鹅产蛋量的相关性。在此基础上克隆SNP所在基因,对基因的结构和功能进行研究。最终,将本研究鉴定的两个分子标记与鹤场选育工作结合,开展鹅产蛋性能分子标记辅助选育的初步探索。主要实验结果如下:1、运用简化基因组测序(RAD-sequencing)技术筛选产蛋性能相关SNP本实验共采集492只健康扬州鹅血液样品,为保证能筛选出大量准确可靠的分子遗传标记,利用个体表型值选择、个体估计育种值和家系内选择三种方法分别建立了3个高产蛋量DNA池(HIPV、HEBV、HF)和3个低产蛋量DNA池(LIPV、LEBV、LF)。RAD-sequencing结果显示在HIPV和LIPV组,共产生4.0Gb数据,4355万条Clean Reads,分别获得893,579和992,670个RAD-tag,最终共得到96,848个群体SNP标记。对于HEBV和LEBV组,共产生3.8Gb数据,4229万条Clean Reads,分别获得942,117和884,827个RAD-tag,最终共得到139,013个群体SNP标记。对于HF和LF组,共产生4.4Gb数据,4795万条Clean Reads,分别获得898,219和953,964个RAD-tag,共得到95,889个群体SNP标记。运用卡方检验分别分析HIPV和LIPV、HEBV和LEBV、HF和LF三组SNP等位基因频率分布差异。经Bonferroni矫正后,在HIPV和LIPV组共得到25个差异显着SNP(P<5.2×10-6)。在HEBV和LEBV组共得到467个差异显着SNP(P<3.69×10-7),在HF和LF组共得到817个差异显着SNP(P<5.2×10-6)。通过计算遗传分化系数FST评价高低组间遗传差异大小,比较三种方法组建产蛋性状高低组的效果。结果显示个体表型值选择的FST为0.073,小于个体估计育种值选择(0.093)和家系内选择(0.101),表明个体表型值选择法高低组间遗传差异较小,选择准确性较另外两种方法低。因此,在候选产蛋相关SNP的挖掘中,本研究主要集中于个体估计育种选择和家系内选择法。运用AS-PCR分型技术,在HEBV(n=10)和LEBV(n=10)组共获得55个SNP的个体基因分型,其中10个SNP高低组间等位基因频率差异显着(P<2.44×10-4-4.63×10-10)。在HF(n=14)和LF(n=10)组共获得37个SNP的个体基因分型,其中5个SNP高低组间等位基因频率差异显着(P<1.80×10-4-8.04×10-8)。将高低组间验证差异显着的候选SNP进行群体验证,结果显示其中8个SNP与鹅产蛋性能显着相关。运用线性回归模型对8个显着影响产蛋量的SNP进行多标记回归分析,发现Record-111407、106975和112359三个SNP能共同影响鹅产蛋量。基于8个SNP所在RAD-tag序列,运用反向PCR技术,获得8条延长的核苷酸序列。经BLAST比对和同源基因检索,获得Record-106975、134172、112359、106582和111407五个SNP对应的功能基因,分别为膜结合鸟苷酸激酶1(M4GI1)、KIAA1462、Rho GTP酶激活蛋白21(ARHGAP21)、乙酰辅酶A合成酶2(ACSF2)、星形肌动蛋白2(ASTN2)。研究表明这8个SNP和5个基因将为鹅产蛋性能改良提供新的研究思路。2、ACSF2基因克隆及基因表达分析鹅乙酰辅酶A合成酶2(ACSF2)基因编码区序列全长1770bp,编码589个氨基酸,其核苷酸序列与禽类其它物种ACSF2基因同源性较高,其中与鸭、鸡的序列一致性为88.20%、76.55%。在鹅卵巢中发现4种剪接体,分别命名为ACSF2-1、ACSF2-2、ACSF2-3和ACSF2-4,其中ACSF2-1为优势剪接体(1770bp)。ACSF2-2、ACSF2-3和ACSF2-4编码区序列全长分别为1692bp、1599bp、1917bp,分别编码563、532、638个氨基酸。与优势剪接体(ACSF2-1)相比,ACSF2-2在第14外显子缺失46bp,发生可变的5’端剪接。ACSF2-3完整缺失外显子7、外显子8和外显子9,同时在外显子13和14之间插入127bp(E14a)。ACSF2-4在外显子13和14之间插入E14a。ACSF2基因4种剪接体蛋白的亚细胞定位显示,4种剪接体蛋白均定位于线粒体。ACSF2-1、ACSF2-3和ACSF2-4在肾脏、卵巢、小肠、肝脏、腹脂、肌胃、胸肌、心脏、下丘脑、垂体10个组织以及卵泡颗粒细胞中均表达,而ACSF2-2基因下丘脑、垂体和卵泡颗粒细胞不表达。ACSF2-1、ACSF2-3和ACSF2-4在不同发育阶段卵泡(F1~F5、SMF、1wf、swf)颗粒细胞中均表达,其中ACSF2-1表达量高于ACSF2-3和ACSF2-4。采用Real-time PCR对鹅高低产蛋组(HEP、LEP)卵巢组织中ACSF2基因mRNA表达水平进行检测。结果显示HEP卵巢组织中ACST2基因mRNA表达水平极显着低于LEP(P<0.01),同样HEP卵巢组织中ACSF2-2,ACSF2-3和ACSF2-4 mRNA表达水平显着低于LEP(P<0.05)。卵泡颗粒细胞中ACSF2基因过表达实验表明,转染ACSF2-1、ACSF2-3和ACSF2-4后,颗粒细胞Caspase-3 mRNA表达水平均极显着高于对照组(P<0.01)。siRNA干扰实验发现siRNA771和siRNA1381能显着抑制ACSF2基因在卵泡颗粒细胞中mRNA表达,ACSF2基因敲减导致卵泡颗粒细胞中Caspase-3 mRNA表达水平显着降低(P<0.05)。本研究表明ACSF2基因表达与鹤产蛋性能相关,其表达水平影响卵泡颗粒细胞中Caspase-3表达水平,揭示ACSF2可能在卵泡颗粒细胞的增殖和凋亡过程中发挥重要作用。3、MAGI1基因克隆及基因表达分析鹅膜结合鸟苷酸激酶1(MAGI1)基因编码区全长4152bp,编码1383个氨基酸。MAGI1核苷酸序列与禽类其它物种ACSF2基因同源性较高,鹤与鸡之间一致性为90.98%。在鹅卵巢中发现5种剪接体,分别命名为MAGI1-1、MAGI1-2、MAGI1-3、MAGI1-4和M4GI1-5,其中MAGI1-1即为优势剪接体(4152bp)。MAGI1-2、MAGI1-3、MAGI1-4和MAGI1-5编码区序列全长分别为4116bp、3945bp、4149bp和2805bp,分别编码1371、1314、1382和934个氨基酸。MAGI1基因在鹅卵巢、卵泡颗粒细胞、腹脂以及肌胃中表达量较高、其次为肾脏,下丘脑和垂体中表达量最低。在不同发育阶段卵泡颗粒细胞中,MAGI1基因在等级卵泡F2中表达量显着升高,在F1、F3、F4、F5卵泡表达量较低。MAGI1基因在等级前卵泡syf、lwf、swf中表达水平一致,且低于F2卵泡。采用Real-time PCR对鹤HEP和LEP卵巢组织中MAGI1基因mRNA表达水平进行检测,结果显示HEP卵巢组织中MAGI1基因mRNA表达水平显着低于LEP(P=0.05)。卵泡颗粒细胞中MAGI1基因过表达实验表明,转染MAGI1-1、MAGI1-2、MAGI1-3和MAGI1-4后,颗粒细胞中Caspase-3 mRNA表达水平均极显着高于对照组(P<0.01)。在siRNA干扰实验中,siRNA507和siRNA847能显着抑制MAGI1基因在卵泡颗粒细胞中mRNA表达,其中siRNA847基因敲减效果最佳。siRNA847处理后,导致卵泡颗粒细胞中Caspase-3 mRNA表达水平显着升高。本研究表明MAGI1基因表达与鹅产蛋性能相关,其表达水平能调节卵泡颗粒细胞中Caspase-3表达,表明MAGI1可能通过自身在细胞连接中的作用,维持卵泡颗粒细胞的正常生长,从而调控卵泡的生长发育。4、PAPPA基因克隆及基因表达分析鹅妊娠相关血浆蛋白A(PAPPA)基因编码区全长4884bp,包括24个外显子,编码1627个氨基酸。PAPPA核苷酸序列与禽类其它物种同源性极高,鹅与鸭序列一致性为98%。亚细胞定位预测发现PAPPA蛋白为分泌性蛋白,定位于内质网和细胞外。鹅PAPPA基因在除肝脏以外的其它组织组织中均表达,在卵巢中的表达量最高,其次为心脏、胸肌。在不同发育阶段卵泡颗粒细胞中,PAPPA基因在syf、lwf和swf的表达量较高,而在等级卵泡(F1-F5)其mRNA表达水平逐渐降低。PAPPA基因在不同发育阶段卵泡颗粒细胞中的时空表达模式,进一步说明PAPPA基因在卵泡的生长和发育过程中发挥着重要作用。采用Real-time PCR对鹅HEP和LEP卵巢组织中PAPPA基因mRNA表达水平进行检测。结果显示PAPPA基因在HEP卵巢中mRNA表达水平高于LEP,但差异不显着(P>0.05)。PAPPA基因在卵泡颗粒细胞中过表达显着降低Caspase-3基因的表达(P<0.01),且随着PAPPA基因过表达量的升高而降低。本研究表明随着卵泡的生长,PAPPA基因在颗粒细胞的表达不断降低,同时PAPPA基因上调能显着降低颗粒细胞中Caspase-3的基因表达,虽然在高低组卵巢中PAPPA基因mRNA表达无显着差异,但分析认为PAPPA基因与卵泡颗粒细胞的生长相关,且参与卵泡的生长发育调控。5、鹅分子标记辅助选择育种本实验采集第七世代(2014年)400只成年健康扬州母鹤和第九世代(2015年)596只幼鹅(公鹅221只,母鹅375只)血液样品,并完成Record-106582、106975和1111407三个SNP在第七代鹅群的基因分型,结果表明Record-106582 AA和CA基因型产蛋量显着高于CC基因型(P<0.05),AA与CA基因型差异不显着(P>0.05)。Record-106975三种基因型间产蛋量差异不显着,但GG基因型产蛋量高于AA基因型4.4个(P<0.09),高于全群平均产蛋量(69.72±20.98)7.2个。Record-111407三种基因型间产蛋量差异不显着(P>0.05)。最终确定Record-106582和106975作为产蛋性能分子标记。根据女儿生产记录计算第七世代公鹅估计产蛋量,同时结合第七世代母鹅产蛋量估计第八世代公鹅的个体产蛋性能;第八世代母鹅产蛋性能以前20周产蛋量表示。根据第八世代鹅场实际选配方案,选择39只高产公鹅与78只高产母鹅的后代作为留种群(第九世代),共596只,其中公鹤221只,母鹅375只。根据Record-106582、106975在留种群基因型分析结果,最终组建两个高产纯合基因型核心群,分别为141只(公鹅39只,母鹅102只)和280只(公鹅76只,母鹅204只)。
张扬[5](2014)在《我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构分析》文中进行了进一步梳理为全面了解我国地方鸭品种遗传资源的遗传多样性,群体间的关系、结构及我国地方鸭品种的起源和保种现状,采集了我国不同地域的22个地方鸭品种(包含中国番鸭)或资源群以及绿头野鸭和斑嘴鸭群体,共计1890个个体样本。通过SSR荧光标记技术,检测了这些个体在12个SSR位点的基因型。分析了等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体间的Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析PCA和群体遗传结构分析等方法(Structure程序),对24个群体的遗传多样性、群体分化时间、群体结构、品种起源、杂种优势预测等进行了分析。同时,本研究利用mtDNA D-loop区部分序列和mtDNA COI基因序列,对24个群体在核外序列上的遗传多样性、系统进化、单倍型分布等进行了分析,并选取了巢湖鸭作为我国地方鸭品种的代表,进行了异地小群保种效果的监测,其分析与监测结果如下。1.利用已报道的58个微卫星(SSR)座位中筛选出了12个等位基因丰富的座位,并根据等位基因大小分为:第Ⅰ组:AY493256、CM011、APH01,第Ⅱ组:APL2、AJ272579、AJ515884,第Ⅲ组:AJ272578、AJ415887、AY493313,第Ⅳ组AJ272577、AY493289、AJ515893。12个座位检测到的等位基因范围为3.04~6.96,有效等位基因数均大于2.000,有7个座位在所有群体中均为中高度多态性位点(0.25<PIC<1.00)。11个座位在所有群体中均存在多个等位基因,所检测到的基因频率在24个群体中分布均匀,用其分析地方鸭品种或资源群的遗传多样性与群体结构具有较高的有效性和可靠性。2.对于群体而言,24个群体内的固定系数(Fst)在0.116~0.349之间,个体固定系数(Fit)的范围为0.180~0.537,个体的近交系数(Fis)的范围为-0.037~0.336,其中位点AJ272578最小为负值,表现为杂合子过剩,其他位点均表现为杂合子缺失。用每个位点的Fis、Fst和Fit参数来检测群体的遗传分化,对于整个群体,遗传分化有21.2%来自品种间,则有78.8%来源于个体差异,并且所有的位点都显着的贡献于这个结果(P<0.001)。3.12个座位在斑嘴鸭群体中检测到的平均有效基因数最小,为3.58;麻旺鸭最大,为8.42。Obs He的数值范围为0.4086~0.6918,其中广西小麻鸭最低,建水黄褐鸭最高;而对于Exp He期望杂合度,中国番鸭群体最低,为0.4132,绿头野鸭最高,为0.7273。PIC与Exp He之间存在相关性,其变化范围为0.3800~0.6825,中国番鸭最小,绿头野鸭最大。4.基于12个座位计算的Ds遗传距离为0.1228~2.335,北京鸭与中山麻鸭最近,中国番鸭与广西小麻鸭最远。DA遗传距离的计算结果与Ds遗传距离存在一定的差异,其数值范围为0.0914~0.7883,荆江麻鸭与枞阳媒鸭最近,中国番鸭与斑嘴鸭最远。对绿头野鸭、斑嘴鸭与地方鸭品种或资源群的遗传距离进行方差分析,虽然绿头野鸭与各群体间的距离均小于斑嘴鸭与各群体的距离,但差异不显着(P>0.05)。本研究结果进一步证实我国地方鸭品种的起源过程中绿头野鸭与斑嘴鸭均有所贡献。5.基于Ds、DA遗传距离构建的UPGMA大体一致,可将24个品种划分为6大类群:高邮鸭与吉安红毛鸭、绿头野鸭和广西小麻鸭4个群体聚为第1类群;金定鸭与山麻鸭、荆江麻鸭与枞阳媒鸭各自聚类后两者再聚为第2类群;大余麻鸭与攸县麻鸭聚类后再依次与临武鸭和巢湖鸭依次聚类,作为第3大类群。斑嘴鸭与靖西麻鸭2个群体可单独作为第4大类群。剩余的9个群体聚为第5大类群,最后标记外群中国番鸭独自作为1个类群。6.本研究采用DA遗传距离来计算各群体的平均分化年代,推算出的分化年代范围在255年~8491年间不等。其中,高邮鸭与吉安红毛鸭间的分化年代最晚。高邮鸭与番鸭之间的分化年代最早。基于本实验筛选的12对SSR引物,检测了另外3个地方鸭品种(♀)与番鸭(♂)的Ds遗传距离,并对遗传距离与杂种优势率进行了相关性分析,提出了半番鸭杂种优势的预测的Logarithmic线性拟合公式。7.利用Structure程序对24个群体的群体结构进行分析,K=5时,中国番鸭最早被分离。Structure程序将遗传距离较近的群体分为3个类群,第1类群:北京鸭、建昌鸭、建水黄褐鸭和中山麻鸭(或已灭绝);第2类群:巢湖鸭、大余麻鸭、靖西麻鸭和枞阳媒鸭;第3类群:斑嘴鸭、广西小麻鸭、高邮鸭、吉安红毛鸭、金定鸭、绿头野鸭,其中第3类群中,只有高邮鸭个体在所属类群的基因组分数超过了80.0%。8.在24个群体中,最终获得了mtDNA D-loop区序列667bp,分析发现碱基C的含量最高,为34.29%,22个群体中均是A+T的含量略高于G+C,只有建昌鸭和攸县麻鸭的G+C含量略低于50%。检测到的单碱基突变位点有9个,占1.46%。简约信息位点为27个,其中23个2种变异位点,占4.38%,4个3种变异位点,占0.64%。这些多态位点中共有114次颠换,94次转换,其中AC、AT、CG、TG颠换次数分别为19、22、23、47次;TC转换次数分别为32、62次。颠换略高于转换。在24个群体中共检测到59种单倍型单倍型多样度的范围为0~0.929,吉安红毛鸭、靖西麻鸭与中山麻鸭最高;平均核苷酸差异数(K)的范围为0~8.143,核苷酸多样度(R)的范围为0~1.303,均是北京鸭最高。整个大群体中性检验利用Tajima’s D值进行,其值为-0.11344,P>0.05,符合中性突变。在中国番鸭群体中只发现了2种单倍型,是由187位和458位的碱基突变共同造成的。9.对于鸭COI基因,碱基组成比例与mtDNA D-loop区序列相似,但是A+T的含量略低于G+C,与mtDNA D-loop区的检测结果相反。全群中共检测到93个碱基突变位点,其中单碱基突变位点为53个,简约信息位点为40个,检测到41种单倍型,多样度的范围为0~0.893,平均核苷酸差异数(K)与核苷酸多样度(Pi)的范围分别为0-21.2857、0-1.385。整个大群体的Tajima’s D值为-0.1391,P>0.1,符合中性突变在中国番鸭群体中只检测到1种单倍型H41。10.选取原产地和基因库(泰州)保种的巢湖鸭2个群体进行异地保种效果监测,2个群体间的等位基因频率无显着性差异(P=0.480>0.05);He和PIC差异均不显着(PHe=0.209、PPIC=0.118);Fis高于原产地群体,差异显着(PFis=.0.022).初步表明对巢湖鸭采取异地小群保种的方法是可行的。
吉文林[6](2013)在《黑羽番鸭生长发育规律及GH、LPL基因克隆表达与遗传效应研究》文中研究表明近年来,我国大部分地区所饲养的肉用型鸭主要是樱桃谷鸭、北京鸭,虽然生长速度快,饲料报酬高,但存在脂肪含量高、肉质不够理想等缺点,难以满足已经实现小康的消费者需求。为了满足人们对小型优质肉鸭的需求,我们利用国内外番鸭资源进行杂交培育,开展了瘦肉率高、肉质好、体型适中、羽色纯黑的优质番鸭新品系---黑羽番鸭的培育工作,目前该品系遗传特性已基本稳定。本研究以黑羽番鸭为试验素材,测定了不同周龄体重,13周龄体尺、屠宰性能、常规肉品质、肌肉营养成分等指标,同时对黑羽番鸭生长激素(GH)和脂蛋白脂酶(LPL)基因进行了克隆、序列分析及多态性检测,分析了生长激素基因多态性与生长、屠宰性能的关联性及脂蛋白脂酶基因多态性与肉质性能的关联性,检测了2个基因在肌肉组织中mRNA发育性表达。主要研究结果如下:1、对黑羽番鸭生长发育性能测定结果表明,初生重在公母之间没有显着差异,随着周龄的上升,公鸭生长速度明显高于母鸭(P<0.05),13周龄时,公鸭体重为3149.6g,母鸭体重为1916.9g,公鸭是母鸭体重的1.64倍,公鸭日增重极显着大于母鸭(P<0.01);13周龄体尺测定结果发现,公鸭体斜长、胸深、胸宽、龙骨长、胫长、胫围、半潜水长等7个体尺指标均极显着大于母鸭(P<0.01);体重与体尺呈极显着正相关(P<0.01)。2、对黑羽番鸭早期体重生长曲线进行了拟合,结果显示Logistic、Gompertz、Von Bertalanffy3种曲线模型均能较好拟合黑羽番鸭的生长曲线,其中Gompertz模型在估计黑羽番鸭早期体重效果更优。Gompertz模型估计公鸭拐点体重和时间分别为1309.9g、5.3w,母鸭拐点体重和时间分别为754.7g、4.2w。Gompertz曲线模型结果可以为黑羽番鸭培育提供参考。3、黑羽番鸭屠宰性能测定结果表明,除腹脂重外,黑羽番鸭公鸭所有屠宰指标及比率均极显着高于母鸭(P<0.01)。肉品质测定结果发现,公鸭胸肌剪切力和腿肌失水率显着高于母鸭(P<0.05);公鸭胸肌铁、铜含量显着高于母鸭,腿肌4种矿物元素含量均显着高于母鸭(P<0.05);胸肌中铁、铜、镁含量显着高于腿肌,锌含量显着低于腿肌(P<0.05)。母鸭腿肌中肌苷酸含量显着高于公鸭(P<0.05)。肌肉中部分氨基酸含量在不同性别的组织中有显着差异(P<0.05)。这些结果显示不同组织、不同性别会影响肌肉肉品质。4、利用同源克隆策略,获得了黑羽番鸭生长激素基因(GH)761bp的cDNA序列,包括651bp的编码区,编码216个氨基酸。与禽类GH基因核苷酸和氨基酸序列同源性均在90%以上,与人和哺乳动物同源性在55%-77%之间。实时荧光定量PCR检测结果显示,GH基因在第2周龄肌肉中mRNA表达量最高;第4周龄发生了大幅度下降;在第6周龄时胸肌中表达量有所回升,腿肌仍然处于较低水平;在以后的周龄中维持在一定水平。5、利用同源克隆策略,获得了黑羽番鸭脂蛋白脂酶基因(LPL)1515bp的cDNA序列,包括1485bp的编码区,编码494个氨基酸。与禽类LPL基因核苷酸和氨基酸序列同源性均在90%以上,与人和哺乳动物同源性在70%-75%之间。实时荧光定量PCR检测结果显示,LPL基因在第2周龄肌肉组织中mRNA表达量较低,在第4周龄出现大幅度上升;在第6周龄公鸭胸、腿肌中表达量继续上升,然后下降并维持在较低水平;母鸭腿肌中LPL基因mRNA表达量起伏变化,胸肌维持在较低水平。6、利用PCR-SSCP技术,在GH基因第1内含子上发现了A1251C、A1322G、T1378C、 G1440A、G945A,T1039G共6个SNP,群体平均纯合度为0.5030,多态信息含量为0.3735。前4个点突变形成了AA、AB、BB3种基因型,在番鸭早期生长发育过程中,BB型公鸭体重在不同周龄时处于最高值;在13周龄屠宰时,公鸭BB型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重显着高于AA型和AB型(P<0.05);在内脏组织中,BB型腹脂重、心重显着高于AB型(P<0.05);AA型、AB型、BB型3种基因型间屠宰指标百分比无显着差异(P>0.05);母鸭所有指标在3种基因型间均无显着差异(P>0.05)。后2个点突变形成了CC、CD、DD3种基因型,在番鸭早期生长发育过程中,CC型公鸭体重在不同周龄时处于最高值;在13周龄屠宰时。公鸭CC型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腹脂重、腺肌胃重显着高于CD型和DD型(P<0.05);CC型心重显着高于CD型(P<0.05);CC型、CD型、DD型3种基因型间屠宰指标百分比无显着差异(P>0.05)。母鸭所有指标在3种基因型间均无显着差异(P>0.05)。这些关联分析表明B、C基因可能是公鸭早期增重的有利基因,在母鸭上还需进一步验证。7、利用PCR-SSCP技术,在LPL基因第3内含子上发现了A4G, G120A、A128G共3个SNP,群体平均纯合度为0.5028,多态信息含量为0.3736。前1个点突变形成了EE、EF、FF3种基因型,EF型母鸭腿肌失水率显着高于FF型(P<0.05,下同)。EF型公鸭腿肌中镁含量显着高于FF型。EE型公鸭胸肌中Ala含量显着性高于EF型、FF型;FF型母鸭胸肌中Asp、His含量显着性高于EF型;FF型公鸭腿肌中Ser、Pro含量显着高于EE型;EE型母鸭腿肌Lys含量显着高于EF型,EF型Cys、Met含量显着性高于FF型(P<0.05)。后2个点突变形成了HH、HI、Ⅱ3种基因型,Ⅱ型公鸭胸肌中Pro含量显着高于HI型,Ⅱ型Val、Met、Phe含量显着高于HH型;HI型母鸭胸肌中His含量显着性高于Ⅱ型;Ⅱ型公鸭腿肌中Asp含量显着高于HI型,HH型His含量显着高于Ⅱ型,Ⅱ型Pro含量显着高于HH型,Ⅱ型Ile、Phe含量显着高于HH型、HI型;HI型母鸭腿肌中Gly含量显着高于Ⅱ型,HI型Arg含量显着高于HH型(P<0.05)。这些结果推断LPL可作为公鸭胸肌中Ala、Pro、Val、Met、Phe含量,公鸭腿肌中镁、Ser、Pro、Asp、His、Ile、Phe含量,母鸭胸肌中Asp、His含量,母鸭腿肌中失水率、Lys、Cys、Met、Gly、Arg含量的辅助选择标记。
昭日格[7](2011)在《应用RAPD技术进行白榆种群遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理本研究以科尔沁沙地和浑善达克沙地的6个天然白榆种群为研究对象,采用RAPD分子标记技术,在DNA水平上对天然白榆的遗传多样性进行分析研究,揭示内蒙古自治区榆树的遗传变异状况,从而为榆树遗传资源的科学保护、利用和遗传改良提供科学依据,以最大限度的保护与开发利用内蒙古自治区丰富的榆树遗传资源。通过对天然白榆RAPD反应体系的随机引物浓度、模板DNA用量、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶浓度和Mg2+浓度等进行梯度试验,建立了适合白榆RAPD扩增的最佳反应体系:TaqDNA聚合酶1U,dNTP 0.2mM,Mg2+ 2.0mM,引物1mM,1×Buffer2.5μL,模板DNA 30ng,总体积25μL反应体积。扩增程序:94℃预变性3min;94℃变性1.0min,37℃退火1.5min,72℃延伸1.5min,40个循环;72℃延伸5min。从35条引物中筛选出扩增多态性较多且扩增产物稳定的RAPD引物17条。对6个白榆种群的180个叶片样品的基因组DNA进行扩增,共检测到181个位点,多态位点有96个,多态位点百分比为52.89%。天然白榆的不同种群内的遗传多样性水平差异不大,6个白榆种群的Nei’s多样性指数(h)和Shannon’s多样性指数(I)介于0.1918~0.2999和0.2873~0.4366。Nei’s多样性指数(h)和Shannon’s多样性指数(I)的统计结果均显示白榆的遗传多样性主要存在于种群内。6个天然白榆间的遗传分化系数Gst为0.3768,即种群间的遗传变异所占比例为37.68%,种群内的遗传变异所占比例为62.32%。科尔沁沙地3个白榆种群的遗传分化系数Gst为0.3398,浑善达克沙地3个白榆种群的遗传分化系数Gst为0.3142。遗传分化系数表明科尔沁沙地白榆种群间遗传分化相对于浑善达克沙地白榆种群间遗传分化比较明显,且两地白榆各种群间的主要遗传变异均来自于在种群内;科尔沁沙地白榆种群间基因流Nm=0.9716小于1,表明种群间基因交流水平较低;浑善达克沙地白榆种群间基因流Nm=1.0914大于1,表明种群间基因交流水平较高。6个种群的遗传距离显示,在浑善达克沙地种群间,白音塔拉种群与那岱庙种群之间遗传距离最大,达到0.4081,宝绍岱种群和那岱庙种群之间遗传距离最小,为0.2482。6个种群明显聚为两类,那岱庙种群和宝绍岱种群聚为一类;白音塔拉、乌丹林场、乌苏吐保护区3个种群聚和高格斯台种群聚为一类,最终两大类聚在一起。科尔沁沙地和浑善达克沙地白榆各种群间的遗传距离不明显。基于以上研究结果,从白榆种群遗传改良种群遗传多样性保护两方面提出了相应的资源利用和保护策略。
杜文兴[8](2011)在《中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究》文中进行了进一步梳理我国地方鹅品种资源丰富,品种间体型外貌,生产性能及遗传特性差异较大。为全面了解中国家鹅遗传资源现状、遗传多样性及遗传关系,本研究通过原产地调查并采集了来自中国不同地区的11个中国家鹅品种及7个江苏省内品种(类群),2个引进的欧洲家鹅品种和来自2个动物园的灰雁、鸿雁,利用双重抑制PCR技术获得的10对鹅微卫星引物对437个鹅个体基因组DNA进行分析。分析了等位基因频率、群体杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析(FCA)和群体遗传结构分析等方法,对11个中国家鹅品种及7个江苏省内地方品种的群体内的遗传变异进行了分析。基于线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段对13个品种79个个体和GenBank中相关序列的分析进行了中国鹅品种分类地位探讨。其研究结果如下:1.经双重抑制PCR技术分离得到鹅的微卫星引物12对,其中仅一对不能完全扩增出微卫星片段,其余均能扩出,且退火温度变化范围较大,很容易进行PCR扩增反应。有一对引物扩增后在所有品种上都呈单态,其余10对引物均具多态性。从微卫星引物扩增出的片段中选择两个相对较小且清晰的等位基因片段A和B,A等位基因为11个(CA/TG)重复,B为14个重复。结果显示,在鹅的基因组中可能存在大量的(TG)n重复序列。2.从上述获得的微卫星引物中筛选出10对具有较好多态性的引物,对13个国内外的鹅种基因组DNA进行PCR扩增和基因型判断;由Fstat软件计算结果显示,13个品种中共检测到61个等位基因;每个座位的等位基因数为4~11个。61个等位基因中仅有7个在13个鹅品种中出现;有12个在11个中国鹅群体中出现,中国鹅中共有等位基因数占总等位基因数的19.56%。但有些特有的等位基因仅在某一群体中出现,如溆浦鹅、豁眼鹅、太湖鹅、狮头鹅分别在四个不同位点出现稀有的等位基因。除G08的143 bp位点在狮头鹅中出现较高的等位基因频率外(0.868),其余三个稀有等位基因均只有较低的频率。同时还发现,个别品种存在个别位点等位基因缺失现象,如伊犁鹅中在G01的143bp位点上出现等位基因缺失。3.10个微卫星在13个中外鹅品种中的平均群体杂合度(H)为0.545;除G04、G09和G12位点平均杂合度低于0.5外,其余7个位点的平均杂合度都超过0.5。我国11个地方鹅品种的群体杂合度较高,最高的长乐鹅(0.605),最低的东北籽鹅(0.488),两个外来品种莱茵鹅和朗德鹅的群体杂合度较低,分别为0.470和0.421;表明我国地方鹅品种的遗传变异相对较大;外来鹅种遗传变异相对较小、品种比较纯、选育程度较高。13个品种所有基因座的平均多态信息含量(PIC)为0.485,仍以中国鹅种较高,外来鹅种较低;表明我国地方鹅品种内的遗传基因丰富,外来鹅种遗传基因相对较纯。10个微卫星在13个品种的平均等位基因观察数为3.53、平均有效等位基因数为2.539;中国鹅种普遍高于外来鹅种。品种间的遗传变异分析表明:10个微卫星在13个鹅种的FST(群体分化系数即遗传分化系数)为21.39%(p<0.001),所有位点都出现极显着分化(p<0.001)。13个鹅品种的F(>)(总近交系数)值为23.7%,达到极显着水平(p<0.001);其中G04、G06、G08、G09、G10和G12位点的Frr值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平(p<0.001)。13个鹅品种的FIs(鹅种间的近交系数)值为2.98%,达到显着水平(p<0.05);其中G04、G08、G09、G10的FIs值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平(p<0.001)。Nm(基因流值)变化范围从G04的0.3863到G10的1.7854,平均值为0.8890。从FST和Nm值可知,FST值越大、Nm值越小,也即群体(品种间)分化程度越大、基因流值越小。通过分子方差分析得出我国新疆伊犁鹅与我国其它10个地方鹅品种间的FST值差异达到显着水平(P<0.05)。欧洲的莱茵鹅、朗德鹅与我国地方10个鹅品种(伊犁鹅除外)间的FST值差异达到极显着水平(P<0.01)。我国地方大型鹅品种与中、小型鹅之间的FST值差异达到显着水平(P<0.05)。从基因流值来看,皖西白鹅和雁鹅之间基因流值最大(Nm=9.554);四川白鹅和雁鹅之间次之(Nm=7.947);而朗德鹅和东北籽鹅之间基因流值最小(Nm=0.325)。莱茵鹅和朗德鹅两品种间遗传分化系数较小(FST=0.072);皖西白鹅和雁鹅间遗传分化程度最小(FST=0.026)。但总体来说,中国地方鹅品种间(除伊犁鹅外)群体遗传分化系数较小,说明中国家鹅的起源均受到了同一祖先的影响;中国鹅品种间的基因流值大于与外来鹅种间的基因流值,说明中国鹅种间相互迁移率更高。4.UPGMA和NJ法聚类均能把13个鹅群体在总体上分为两大类:中国鹅种(伊犁鹅除外)聚为一类,外来2个鹅种先聚后再与伊犁鹅聚为第二类。用Structure程序对13个鹅种的遗传结构进行分析,当K=2时,13个鹅种分成二类,其中伊犁鹅和欧洲鹅聚在一类;当K=3时,伊犁鹅仍和欧洲鹅聚在一类;中国其他鹅种中的浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅、皖西白鹅聚为一类,其除中国鹅聚为一类;当K=4、5时,浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅聚为一类,豁眼鹅、东北籽鹅、皖西白鹅聚为一类,四川鹅、雁鹅、溆浦鹅聚为一类,狮头鹅单独一类;当K=6时,伊犁鹅从欧洲鹅中分离出来,其除中国鹅种间聚类基本不变。此结果与UPGMA和NJ法聚类结果基本一致。5.选择11个品种79个个体的线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段进行分析。结果表明:11个群体的Hd(单培型多样度)为0.6219±0.036;Pi(核苷酸多样度)为0.00120±0.00011;11个群体共有6种单倍型,且以H2和H3为主体单倍型,两者频率分别为51.9%和31.65%;而H4、H5和H6单倍型仅为一个个体的少数单倍型。采用Mega4软件进行多序列比对后发现,其中保守位点677个,可变位点4个,简约信息位点4个,单信息位点2个。群体内单倍型多样度(Hd)以莱茵鹅最高(0.8100±0.0169),其次为灰雁(0.7140±0.0151),伊犁鹅品种Hd为0。将中国地方家鹅品种间的Hd进行比较,皖西白鹅明显高于其它鹅品种。群体内核苷酸多样度(Dx/Dy)以菜茵鹅最高(0.00168),伊犁鹅最低为0。群体间核苷酸分歧度(Dxy)以鸿雁与中国鹅(伊犁鹅除外)间、灰雁与欧洲鹅及伊犁鹅间较小。群体间遗传分化指数(GST),以中国伊犁鹅与鸿雁的GsT遗传分化大于与灰雁的遗传分化程度;除伊犁鹅之外,中国地方鹅种群体间的GST相对较小,表明除伊犁鹅外的中国鹅间遗传关系更一致。6.对雁亚科32条COI基因序列的统计分析发现,4种碱基(T、C、A、G)的平均含量分别为23.8%、34.6%、24.9%、16.7%,嘌呤平均含量与嘧啶平均含量相近,说明序列碱基不存在明显的偏向性。31条雁亚科mtDNACoI基因序列中共检测到24种单倍型,作为外群的鹊雁亚科(Anseranatinae)的鹊鹅(magpie goose)形成一个独立的单倍型,所有物种Hd为0.9819;其中中国家鹅、鸿雁与下载鸿雁序列共享同一单倍型,伊犁鹅、欧洲鹅与灰雁共享同一单倍型。7.基于10对鹅微卫星引物分析结果显示:鸿雁与莱茵鹅的遗传分化程度最高,为0.386;莱茵鹅与朗德鹅、伊犁鹅的遗传距离较近,分别为0.1484和0.2099,还与灰雁的距离相对较近,分别为0.2850和0.3031;中国家鹅(除伊犁鹅外)与鸿雁的遗传距离较近,为0.1768。鸿雁、中国家鹅与朗德鹅间的遗传距离最大,分别为0.855和0.854;相应地,它们之间的品种分化时间也最早,达到了777.2年和776.1年。中国家鹅(除伊犁鹅外)与上述集合中的所有群体的遗传距离均较远,伊犁鹅与欧洲鹅的分化时间较晚于与中国家鹅的分化时间。聚类分析结果发现:鸿雁与中国家鹅聚为一类,莱茵鹅与朗德鹅先聚,再分别与伊犁鹅、灰雁聚为一类。每个分枝上都获得较高的支持率。综合研究结果表明:中国家鹅(除伊犁鹅外)起源于鸿雁,欧洲鹅(包括伊犁鹅)起源于灰雁。8.基于10对鹅微卫星引物对江苏省鹅种遗传基因研究结果表明,江苏省内鹅品种资源可以分为四大类型。一类是太湖鹅:包括苏州种鹅场的太湖鹅、南农大种鹅场的太湖鹅、以及盐城建湖的太湖鹅。第二类是四季鹅:包括句容和溧水二地的四季鹅,以及含有浙东白鹅和皖西白鹅血缘的洪泽鹅。第三类是四川鹅:主要是引进饲养推广的四川白鹅,实际上常熟饲养的不是太湖鹅,而是引入的四川白鹅。第四类是扬州鹅:由于扬州鹅是通过引入四川白鹅等品种与太湖鹅杂交后选育的鹅种,所以遗传基因丰富,可以自成一体进行继续选育和推广。而豁眼鹅和狮头鹅至今仍游离于江苏养鹅业外。
决肯·阿尼瓦什[9](2010)在《巴什拜羊生物学特性及其遗传多样性研究》文中认为我国是世界养羊大国,新疆是我国主要绵羊生产基地,巴什拜羊是新疆乃至国内外不可多见的地方优良品种,具有特殊生物学特征和特性。近年来,虽然对巴什拜羊进行了本品种选育为主的多方面常规育种工作,但对巴什拜羊的生物学特性和遗传多样性方面分子水平的研究很少,未见从形态特征到分子遗传标记的系统研究报告。本文采用从形态标记、细胞遗传标记、生化标记到分子遗传标记的各项研究方法,比较系统的研究了巴什拜羊的生物学特性和遗传多样性,为今后肉羊生产中常规育种与分子育种相结合的研究、传统畜牧业的提升、区域经济的发展提供一些实践和理论依据。1.巴什拜羊生物学特性研究发现(1)巴什拜羊种质特性研究显示:巴什拜羊的外形呈方圆形,躯体各部位结构匀称,肉用型明显,遗传性稳定、属于结实性体质。毛属粗毛,毛色以宗红色毛为主,有黑色和白色毛。角形以公母羊都无角为主,有两角和多角形。巴什拜断奶公、母羔羊生长指标之间没有明显差异,生长指标的差异随着年龄的增加而加大,到成年差异最显着(P<0.01)。巴什拜羊从断奶到成年一直保持屠宰率、净肉率和骨肉比等主要产肉指标平均56%、45%和1:4kg以上的水平,放牧条件下春季到秋季抓膘性能达20—25%1巴什拜羊受胎率97%,繁殖力110%、羔羊成活率98%以上。巴什拜羊的基础生理指标在正常范围之内,血液生理生化指标中血清胆固醇含量低其它地方绵羊品种,其它成分属于正常范围之内。巴什拜公、母羊胆小,容易受惊,野性大,但合群性好,在正常情况下很难将牧群分开,具有良好的放牧特性,表现为采食快、爬山能力强,采食过程中的选择性不强,采食前进速度和采食速度较快。(2)巴什拜羊产肉性能研究显示:巴什拜羊在没有任何补给草料的自然放牧条件下,4.5月龄断奶羔羊平均屠宰率为56.00%、胴体重为19.0kg、净肉率为45.7%、骨肉比为1:4.00kg,周岁公、母羊和成年公、母羊同样的保持这个水平。以上四个主要产肉指标居全国首位,基本接近欧洲6月龄育肥羔羊的中等水平巴什拜羔羊眼肌面积15.60cm2,腰部肌厚和大腿肌厚各4 cm2,臀脂占活重的5%,总脂肪占活重的19.39%。肉色鲜红、肉嫩多汁,营养成分全面,蛋白质含量19.38%、脂肪含量10.1%,胆固醇含量42mg/100g,脂肪酸种类齐全,必需脂肪酸含量44.25%,必需氨基酸和鲜味氨基酸含量占总氨基酸含量的88.27%,微量元素含量丰富。(3)生长规律研究显示:巴什拜羊一出生就进入最高体重增长速度和强度,也是从初生到0-60日龄绝对增长速度最高,公羔393g-295g/d,母羔372g-275g/d,相对增长强度强,公羔80.38%-19.22%、母羔78.37%一18.92%,4月龄羔羊体重35.5kg,达到成年羊体重的一半以上,典型的早熟绵羊品种。(4)巴什拜羊与野生盘羊杂交结果分析显示:野生盘羊杂交三代(回交二代)羔羊的瘦肉重显着的高于纯巴什拜羊(P<0.05),而肌内脂肪和背部脂肪层厚度显着的低于纯巴什拜羔羊(P<0.05),脂臀重、总脂肪重、脂臀占活重率、总脂肪占活重率、腰部脂肪厚度等指标及显着的低于纯巴什拜羊(P<0.01)。回交二代羊其屠宰率、胴体重、净肉率和骨肉比与纯巴什拜羊的成绩相似,但总脂肪比纯巴什拜羊减少3910g,净肉重增多了15.0%,脂臀重减少了85.3%,腰部及大腿肌层各增厚0.5cm,腰部和背部脂肪层各减薄1.5cm和1.Ocm,总脂肪含量减少53.36%,尾脂肪、肌内脂肪、肾脂肪和大网膜(脂肪)都有减少的趋势。纯巴什拜羊和盘羊杂交后代羊肉的常规营养成分中,水分、蛋白质含量、钙、磷和胆固醇之间有一定的数值差异,但差异不显着(P>0.05),脂肪含量之间存在显着差异(P<0.05)。所有脂肪酸含量之间不存在显着差异(P>0.05)。纯巴什拜羊肉成分中钾的含量显着(P<0.05)的高于杂交后代羊,杂交后代羊肉中锌的含量级显着(P<0.01)的高于纯巴什拜羊,其它成分差异不显着(P>0.05)。纯巴什拜羊和盘羊杂交后代羊肉的每个氨基酸含量之间差异不显着,但必需氨基酸和鲜味氨基酸总合值之间存在显着差异(P<0.05)。巴什拜羊改良效果明显,有保留本身的优点,也吸收野生盘羊的优点,杂交后代出现双重效益的杂种优势。2.巴什拜羊多态性研究发现(1)形态标记研究证实:巴什拜羊的毛色有红、黑、白三种颜色,受三对有显性等级的复等位基因的控制,显性等级为红>黑>白,处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。红毛基因的基因、基因型频率和产肉性能比其它毛色羊占优势,巴什拜羊的不同毛色可以作产肉性能的形态遗传标记参考。巴什拜羊角与其它的绵羊一样受三对复等位基因的控制和从性遗传的支配。但角形遗传比较特殊,有多角型,多角羊在公、母羊中都有,是特有的品种标志,有角巴什拜羊的屠宰率低于无角羊。巴什拜羊群体中角形基因处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。这与实际育种工作方向相符。巴什拜羊的白脸性状受一对基因的控制,而且绝对显性的常染色体遗传。(2)细胞遗传标记研究显示:巴什拜羊正常体细胞的染色体数为2n=54,性染色体构成为,雄性XY;雌性XX。正常体细胞(2n=54)占总观察细胞数的比率为90.42%,而2n≠54的细胞频率为9.58%。发现部分染色体的结构和数量变异,可能属于正常范围内,也可能是试验失误。(3)生化遗传标记证实:巴什拜羊LDH同工酶含量顺序为LDH1> LDH3> LDH2 > LDH5> LDH4;与其它品种之间存在多态性。LDH同工酶中LDH1和LDH3与巴什拜羊的体重有着级显着(P<0.001)的正相关,LDH2、LDH4和LDH5与巴什拜羊的体重呈负相关,而且LDH2和LDH4呈级显着(P<0.001)的负相关。LDH1和LDH3可以作巴什拜羊产肉性状早期选种的辅助遗传标记参考。Es同工酶中除了Es5与巴什拜羊的体重呈极显着(P<0.001)的正相关外,其余的全部呈负相关,而且Es1、Es3、Es4呈级显着(P<0.01)的负相关,表明,Es同工酶中只有Es5可以作巴什拜羊产肉性状的早期选中辅助遗传标记参考。Tf基因座的七个等位基因中Tfa和Tfp为优势基因,基因频率分别为0.3750和0.2292。Hb基因座具有A、B两个等位基因,各基因频率为0.5208和0.4792。发现巴什拜羊的HbAB介于高原型与平原型之间,海拔适应范围比较广,可作为早期选择的遗传标记参考。HbAB基因型各类群的各座位均处于Hardy-Weinderg平衡状态(P>0.05),比较适合于公羊的早期种选择。(4)微卫星遗传标记研究证实:①在10个微卫星位点中,共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数11个。②巴什拜羊红毛品系、黑毛品系、白毛品系和瘦肉型新品系的平均多态信息含量(PIC)分别为0.7926、0.7690、0.7721和0.8320,平均杂合度(H)分别为0.8174、0.7985、0.7921和0.8468,遗传多样性丰富。③巴什拜羊群体的总近交系数为-0.1782,群体内近交系数为-0.2112,群体间基因分化系数为0.0237,巴什拜羊2.37%的遗传变异来自群体间,而97.63%的遗传变异是由个体间的差异引起的;基因流Nm平均值为8.9167,没有遗传分化现象。聚类分析发现,红毛品系与黑毛品系亲缘关系较近,之后与白毛品系相聚,最后与瘦肉型新品系聚在一起,聚类结果与品系育成史基本一致。④微卫星座位BM143、OARJMP8、BL1038、OARHH35、ILSTS018、BMS648 BM143、BM4311八个标记对巴什拜羊红毛、黑毛、白毛三个品系的体重体尺都有不同程度的显着性相关,但与野生盘羊杂交的瘦肉型品系没有任何显着性相关。其中BMS648对红毛品系的所有生长指标都呈级显着的相关(P<0.01),BL1038对体长、胸围、管围有极显着相关(P<0.01),体高和体重有显着相关(P<0.05),BM143对胸围、管围体重有极显着相关(P<0.01),对体长有显着相关(P<0.05), ILSTS018对体长、管围、体重有极显着相关(P<0.01),对胸围有显着相关(P<0.05),其他座位没有相关或相关性不大。OARHH35对黑毛品系的体重有极显着相关(P<0.01),对体长和胸围有极显着相关(P<0.05),其他座位没有相关或相关性不大。BMS648座位对白毛品系的体高和体长有极显着相关(P<0.01),对胸围和体重有显着相关(P<0.05),其他座位没有相关或相关性不大。对差异显着的座位不同基因型进行多重比较显示:同一座位不同基因型对不同品系生长指标产生正、负效应。(5)巴什拜羊Callipyge基因和Leptin检测发现采用PCR-SSCP技术分析巴什拜羊双肌臀(CLPG)基因和瘦素(LEPTIN)基因SNPs,发现CLPG基因和LEPTIN基因的SNPs在巴什拜羊群体中存在多态性,在CLPGD和CLPGE引物扩增区域四个群体都发现了AA、AB和BB三种基因型,但没有发现A→G碱基突变。LA、LB引物扩增区域发现AA、AB基因型,LC引物扩增区域发现、BB两个纯合基因型。
黄慧蓉[10](2010)在《山麻鸭产蛋性能三个候选基因的多态性研究》文中指出催乳素(Prolactin, PRL)是垂体前叶腺特化细胞分泌的激素,由于其来源和功能的多样性,因此人们也称之为“全能素(omnipotin)”或“多能素(versatilin)”。在家禽中PRL主要影响就巢性,进而影响到产蛋性能等繁殖性状。催乳素要行使其特有的功能,就必须与它的受体PRLR(prolactin receptor)相结合,通过与受体结合之后,相互作用于靶细胞,从而引起靶基因的表达。在PRL基因和PRLR基因中,如果碱基发生突变或基因被敲除都会引起动物的繁殖障碍。胰岛素样生长因子(insulin-like growth factors, IGFs)是一类多功能细胞增殖调控因子。在细胞的分化、增殖、个体的生长发育中具有重要的促进作用。产蛋量是蛋鸭的重要经济性状,提高产蛋量是目前水禽保种工作中的研究重点。本文利用PCR-SSCP分子标记技术,分析了山麻鸭的三个候选基因,催乳素PRL(PRL-e21、PRL-e42、PRL-e5)、催乳素受体PRLR(PRLR-e10)和类胰岛素样生长因子IGF-1(侧翼1和5′UTR)的遗传多态性以及与产蛋量之间的关系。结果如下:(1)在PRLR基因的第10个外显子中找到一个多态位点,在PRL基因的第4个外显子和第5个外显子中各找到一个多态位点,而PRL基因第2外显子、IGF-1基因侧翼1和5′UTR则没有筛选出多态位点。(2)测序后发现在有多态的三个扩增片段中,PRLR-e10基因型为AA的纯合子与北京鸭的PRLR基因序列比对,在第338bp处发生T→C转换。在PRL-e5中发现基因型为AA的纯合子与纯合子BB、CC、DD存在C→T转换、G→T颠换、T→C转换,而DD与EE则存在不同位点的C→T转换。在PRL-e42中发现基因型为AA与CC的纯合子个体存在G→C颠换。在没有筛选出多态的扩增片段中,PRL-e21基因型均为AA,且在第4bp和第67bp的位置与鹅的第二外显子出现一个A缺失和出现A→C的颠换;IGF-1 5′UTR的基因型均为AA,在第141bp连续出现2个A插入,第198bp出现G→A的转换,在第230bp的位置出现T→C转换;IGF-1侧翼1的基因型均为AA,在第58bp出现T→C转换,从109bp开始连续3个A缺失,第265bp出现C→T的转换,第320bp开始连续3个T插入。(3)引物PRL-e42、PRLR-e10、PRL-e5的扩增片段在山麻鸭群体中分别属于低度多态、中度多态和高度多态。(4)Hardy-Weinberg平衡检验表明,PRLR-e10(3.84<χ2 <6.63,P<0.05)显着地偏离了Hardy-Weinberg平衡,另外PRL-e5(χ2>>13.28,P<0.01)和PRL-e42(χ2>9.21,P<0.01)均极显着偏离了Hardy-Weinberg平衡。(5)基因多态性检测结果表明,平均产蛋量最高的个体存在于PRL-e5的CC基因型中,平均产蛋量最低的出现在PRLR-e10的AA基因型。(6)在PRL-e5的基因型中,仅BB与其它5个基因型相对应的产蛋量差异显着(P<0.05)。且产蛋量是最低的,初步认为BB与产蛋量呈负相关,B是劣势基因;而PRLR-e10的基因型AA、AB与其相对应的产蛋量也是差异显着(P<0.05),基因型AB对应的产蛋量显着高于基因型AA的,由于没有检测到BB基因型,初步推测等位基因B有可能是与山麻鸭产蛋相关的优势基因。在PRL-e42的AA、AB、CC三种基因型相对应的产蛋量差异不显着(P>0.05)。(7)本研究结果可为进一步开展蛋鸭品种的育种工作提供了一定的科学依据。
二、遗传标记在水禽育种中的应用(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、遗传标记在水禽育种中的应用(论文提纲范文)
(1)我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
第1章 文献综述 |
1.1 引言 |
1.2 本研究所用鸭遗传资源简介 |
1.3 微卫星标记 |
1.3.1 微卫星概述 |
1.3.2 微卫星标记优点 |
1.3.3 微卫星标记的局限性 |
1.3.4 微卫星分型技术 |
1.3.5 STR标记在畜禽传育种研究中的应用 |
1.4 畜禽品种鉴定的概述 |
1.4.1 形态学标记 |
1.4.2 细胞学标记 |
1.4.3 生化标记 |
1.4.4 DNA分子标记技术 |
1.4.5 微卫星标记在生物品种鉴定中的应用 |
1.5 研究的目的及意义 |
第2章 地方鸭遗传资源体重和体尺性状测定及分析 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验动物 |
2.1.2 测量工具 |
2.1.3 测定指标 |
2.1.4 数据分析 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 鸭品种体重与体尺各项基本参数 |
2.2.2 鸭品种体重、体尺相关性分析 |
2.2.3 体尺对体重指标的回归分析(逐步回归分析) |
2.2.4 部分鸭品种体重和体尺性状与中国家禽品种志比较 |
2.3 讨论 |
2.3.1 体重与体尺指标的特征 |
2.3.2 体重与体尺相关性分析 |
第3章 基于全基因组重测序对不同鸭遗传资源群体结构分析及品种鉴定 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验动物 |
3.1.2 血液DNA提取 |
3.1.3 全基因组重测序 |
3.2 结果分析 |
3.2.1 基因组DNA检测结果 |
3.2.2 群体结构分析 |
3.2.3 品种鉴定 |
3.3 讨论 |
3.3.1 15个鸭遗传资源群体结构关系分析 |
3.3.2 15个鸭遗传资源的系统发生关系 |
3.3.3 15个鸭遗传资源鉴定 |
第4章 我国6个小体型鸭品种遗传多样性分析及品种鉴定 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 样本采集 |
4.1.2 主要仪器和设备 |
4.1.3 DNA提取 |
4.1.4 溶液配制 |
4.1.5 PCR反应体系及引物设计 |
4.1.6 PCR产物检测 |
4.1.7 STR分型测序 |
4.1.8 统计原理与基因型判定 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 基因组DNA的提取 |
4.2.2 PCR扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
4.2.3 10对荧光引物的最优化反应条件 |
4.2.4 荧光PCR产物的STR分型 |
4.2.5 所选微卫星座位的遗传参数 |
4.2.6 引物在单个群体中的群体遗传学参数 |
4.2.7 F统计量 |
4.2.8 单个群体的遗传学参数分析 |
4.2.9 遗传距离及其初步应用 |
4.2.10 群体结构分析 |
4.2.11 利用特有等位基因型进行品种鉴定 |
4.2.12 利用共有基因型频率进行品种鉴定 |
4.3 讨论 |
4.3.1 各群体的样本含量 |
4.3.2 群体遗传学参数与遗传距离 |
4.3.3 Structure程序分析 |
4.3.4 品种鉴定 |
全文结论 |
参考文献 |
攻读学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(2)黑番鸭卵巢组织mRNA差异表达与产蛋性状关联分析研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 中国肉鸭产业发展现状 |
1.2 黑羽番鸭概述 |
1.3 家禽产蛋性状的影响因素 |
1.3.1 不同饲养方式对家禽产蛋性状的影响研究 |
1.3.2 生理生化因子对家禽产蛋性状的影响研究 |
1.4 产蛋性状候选基因研究进展 |
1.4.1 MTNR1B基因 |
1.4.2 BMP6 基因 |
1.4.3 NSG1 基因 |
1.4.4 MC4R基因 |
1.5 高通量测序技术及分子标记在家禽领域的应用 |
1.5.1 RNA-Seq |
1.5.2 SNP |
1.6 本研究的目的与意义 |
1.7 本试验的技术路线 |
第二章 黑羽番鸭在笼养与平养条件下产蛋性能的比较研究 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验设计及饲养管理 |
2.1.2 性能测定指标及方法 |
2.1.3 数据统计分析 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 产蛋性能 |
2.2.2 蛋品质物理性状 |
2.3 讨论 |
2.3.1 产蛋性能的比较研究 |
2.3.2 蛋品质物理性状的比较研究 |
2.4 小结 |
第三章 高产和低产黑羽番鸭卵巢组织转录组研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 主要试剂 |
3.1.3 仪器设备 |
3.1.4 转录组测序技术路线 |
3.1.5 转录组测序生物信息分析流程 |
3.1.6 qPCR验证 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 转录组原始数据产量评估 |
3.2.2 差异表达基因的筛选与分析 |
3.2.3 差异表达基因的GO注释和KEGG pathway富集分析 |
3.2.4 实时荧光定量PCR验证结果 |
3.3 讨论 |
3.3.1 PI3K-Akt信号通路 |
3.3.2 繁殖性状相关调控基因 |
3.4 小结 |
第四章 MTNR1B、BMP6、NSG1和MC4R基因多态性与产蛋性状关联分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 动物生产性能测定及血样采集 |
4.1.2 试验试剂 |
4.1.3 主要仪器 |
4.1.4 血液DNA提取及DNA池构建 |
4.1.5 引物设计及PCR扩增 |
4.1.6 基因型分型 |
4.1.7 数据分析 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 黑羽番鸭多态位点鉴定及基因型分型 |
4.2.2 多态位点群体遗传学分析 |
4.2.3 关联性分析 |
4.3 讨论 |
4.3.1 MTNR1B基因多态性与黑羽番鸭产蛋性状的关联分析 |
4.3.2 BMP6 基因多态性与黑羽番鸭产蛋性状的关联分析 |
4.3.3 NSG1 基因多态性与黑羽番鸭产蛋性状的关联分析 |
4.3.4 MC4R基因多态性与黑羽番鸭产蛋性状的关联分析 |
4.4 小结 |
第五章 结论与创新点 |
5.1 结论 |
5.2 创新点 |
5.3 进一步研究内容 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
个人简介 |
(3)西南地区野生菰种质资源遗传多样性与遗传结构分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略表 |
1 文献综述 |
1.1 遗传多样性与遗传标记的研究 |
1.1.1 遗传多样性 |
1.1.2 遗传标记 |
1.2 菰属植物的研究概况 |
1.2.1 菰的起源与进化 |
1.2.2 菰的形态特征与生长习性 |
1.2.3 菰种质资源分布概况 |
1.2.4 菰的价值 |
1.2.5 菰在水稻育种中的应用 |
1.2.6 遗传标记在菰中的研究应用 |
1.3 本论文的研究意义与内容 |
1.3.1 研究意义 |
1.3.2 研究内容 |
2 西南地区野生菰种质资源调查分析 |
2.1 调查方法 |
2.1.1 文献调查法 |
2.1.2 野外实地考察 |
2.2 调查结果与分析 |
2.2.1 居群概况 |
2.2.2 现状评价 |
2.2.3 资源利用及保护的对策 |
2.3 小结 |
3 西南地区野生菰种质资源叶面形态多样性分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 表型性状及采集标准 |
3.1.3 数据处理与统计分析 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 叶面性状变异分析 |
3.2.2 叶面性状主成分分析 |
3.2.3 居群聚类分析 |
3.2.4 性状与地理因子相关性分析 |
3.3 小结 |
4 基于SSR的西南地区野生菰种质资源遗传多样性分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 实验仪器设备 |
4.1.2 主要生化试剂 |
4.1.3 植物材料 |
4.1.4 菰叶片3种DNA提取方法的筛选 |
4.1.5 引物来源 |
4.1.6 PCR扩增 |
4.1.7 电泳过程 |
4.1.8 数据统计分析 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 DNA溶液检验 |
4.2.2 菰种质的遗传多样性分析 |
4.2.3 菰种质遗传结构的分析 |
4.2.4 聚类分析 |
4.2.5 主坐标轴分析 |
4.3 小结与讨论 |
4.3.1 从遗传指标上看 |
4.3.2 从聚类分析上看 |
4.3.3 小结 |
5 总结 |
5.1 菰种质资源调查及园林应用 |
5.2 菰叶面形态的遗传多样性分析 |
5.3 基于SSR菰的遗传多样性分析 |
5.4 形态标记与SSR分子标记的结果比较分析 |
参考文献 |
致谢 |
(4)鹅产蛋性能相关遗传变异的全基因组发掘及候选基因研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
缩略语中英文对照(Abbrebiation) |
第一篇 文献综述 |
第一章 禽类产蛋性能研究现状 |
1 性成熟家禽卵泡的发育 |
1.1 家禽卵泡等级发育的特点 |
1.2 家禽卵泡发育的阶段划分 |
1.2.1 原始卵泡 |
1.2.2 生长卵泡 |
1.2.3 成熟卵泡 |
1.3 家禽卵泡的闭锁 |
2 卵泡颗粒细胞对卵泡的调控作用 |
2.1 颗粒细胞在卵泡发育过程中的调控作用 |
2.2 颗粒细胞与卵母细胞的生长成熟 |
3 卵泡膜细胞对卵泡生长发育的调控作用 |
4 鹅产蛋性能遗传基础研究 |
第二章 基因组测序技术的发展与应用 |
1 DNA测序技术的发展 |
2 基因组测序技术在动物科学研究上的应用 |
3 简化基因组测序(RAD-sequencing) |
第三章 畜禽育种目标与选择技术研究 |
1 畜禽育种目标的确定 |
2 畜禽选择方法 |
3 分子遗传标记辅助选择 |
3.1 遗传标记 |
3.2 单核苷酸多态性标记(SNP) |
3.3 SNP的检测方法 |
第四章 鹅育种工作存在的问题与现状 |
1 鹅育种工作存在的问题 |
2 鹅育种工作的现状 |
参考文献 |
第二篇 实验部分 |
第一章 运用简化基因组测序技术筛选鹅产蛋性能相关候选SNP |
1 材料与方法 |
1.1 实验动物 |
1.2 主要试剂和仪器 |
1.2.1 主要试剂及配制 |
1.2.2 仪器 |
1.3 实验鹅产蛋性能与分组 |
1.4 RAD文库的准备与测序 |
1.5 测序结果的分析与突变位点的鉴定 |
1.6 候选SNP的群体验证 |
1.6.1 聚合酶链式反应(PCR) |
1.6.2 禽血DNA提取步骤 |
1.7 鹅产蛋性能相关基因的鉴定 |
1.7.1 反向PCR实验步骤 |
1.7.2 TA克隆及测序 |
1.8 数据统计与分析 |
2 实验结果 |
2.1 简化基因组测序结果 |
2.2 产蛋相关SNP的挖掘 |
2.3 候选SNP的群体验证 |
2.4 产蛋量相关标记的多标记线性回归分析 |
2.5 产蛋性能相关SNP功能基因的鉴定 |
3 讨论 |
3.1 池DNA RAD-sequencing |
3.2 产蛋量相关SNP的发掘 |
3.3 SNP与产蛋量的相关性分析 |
3.4 鹅产蛋性能相关基因的克隆 |
3.5 基于高通量测序的基因分型技术 |
参考文献 |
第二章 ACSF2基因克隆及基因表达分析 |
1 材料与方法 |
1.1 实验动物及样品采集 |
1.1.1 实验动物 |
1.1.2 样品采集 |
1.2 主要试剂和仪器 |
1.2.1 主要试剂 |
1.2.2 主要仪器设备 |
1.3 RNA提取和cDNA合成 |
1.3.1 RNA提取 |
1.3.2 cDNA的合成 |
1.4 ACSF2基因克隆与剪接体的发现 |
1.4.1 ACSF2基因克隆 |
1.4.2 ACSF2剪接体的克隆 |
1.5 pEGFP-ACSF2表达载体的构建与亚细胞定位 |
1.5.1 pEGFP-ACSF2表达载体的构建 |
1.5.2 ACSF2基因的亚细胞定位 |
1.6 ACSF2基因在组织中的表达 |
1.6.1 半定量RT-PCR |
1.6.2 实时荧光定量PCR |
1.7 鹅卵泡颗粒细胞的分离、培养及过表达 |
1.7.1 鹅卵泡颗粒细胞的分离 |
1.7.2 鹅卵泡颗粒细胞生长曲线绘制 |
1.7.3 ACSF2基因在鹅卵泡颗粒细胞的过表达 |
1.8 siRNA的准备与转染 |
1.9 生物信息学分析 |
2 实验结果 |
2.1 ACSF2基因的克隆 |
2.2 ACSF2氨基酸序列比对及系统发育分析 |
2.3 鹅ACSF2基因四种剪接体及结构分析 |
2.4 ACSF2基因四种剪接体蛋白的亚细胞定位 |
2.5 卵泡的发育 |
2.6 鹅ACSF2基因在不同组织器官中的表达 |
2.7 ACSF2基因在高产蛋组和低产蛋组卵巢组织中的差异表达 |
2.8 ACSF2基因过表达与siRNA干扰 |
2.8.1 鹅卵泡颗粒细胞的生长曲线 |
2.8.2 ACSF2基因对鹅卵泡颗粒细胞中Caspase-3基因表达的影响 |
3 讨论 |
参考文献 |
第三章 MAGI1基因克隆及基因表达分析 |
1 材料与方法 |
1.1 主要试剂和仪器 |
1.2 实验动物及样品采集 |
1.2.1 实验动物 |
1.2.2 样品采集 |
1.3 RNA提取和cDNA合成 |
1.4 MAGI1基因克隆与剪接体的发现 |
1.4.1 MAGI1基因克隆 |
1.4.2 MAGI1不同剪接体的克隆 |
1.5 pEGFP-MAGI1表达载体的构建 |
1.6 MAGI1基因在组织中的表达 |
1.6.1 半定量RT-PCR |
1.6.2 实时荧光定量PCR |
1.7 鹅卵泡颗粒细胞的分离、培养及过表达 |
1.8 siRNA的准备与转染 |
1.9 生物信息学分析 |
2 实验结果 |
2.1 MAGI1基因的克隆 |
2.2 MAGI1基因不同剪接体鉴定 |
2.3 MAGI1氨基酸序列及系统发育分析 |
2.4 鹅MAGI1基因在不同组织器官中的表达 |
2.5 MAGI1基因在高产蛋组和低产蛋组卵巢组织中的差异表达 |
2.6 MAGI1基因过表达与siRNA干扰 |
3 讨论 |
参考文献 |
第四章 PAPPA基因克隆及基因表达分析 |
1、材料与方法 |
1.1 实验动物及样品采集 |
1.1.1 实验动物 |
1.1.2 样品采集 |
1.2 主要试剂和仪器 |
1.3 RNA提取和cDNA合成 |
1.4 PAPPA基因克隆 |
1.5 pEGFP-PAPPA表达载体的构建 |
1.6 PAPPA基因在组织中的表达 |
1.7 鹅卵泡颗粒细胞的分离、培养及过表达 |
1.8 生物信息学分析 |
2 实验结果 |
2.1 PAPPA基因的克隆 |
2.2 PAPPA基因氨基酸序列及系统发育分析 |
2.3 鹅PAPPA基因在不同组织器官中的表达 |
2.4 PAPPA基因在高产蛋组和低产蛋组卵巢组织中的差异表达 |
2.5 PAPPA基因过表达对卵泡颗粒细胞的影响 |
3 讨论 |
参考文献 |
第五章 鹅分子标记辅助选择育种 |
1 材料与方法 |
1.1 实验动物及样品采集 |
1.2 DNA提取 |
1.3 AS-PCR基因分型 |
1.4 选种选育方案 |
1.5 数据资料 |
1.6 数据统计分析 |
2 实验结果 |
2.1 候选SNP第七世代的群体验证 |
2.2 种鹅的选留 |
2.3 第九世代鹅群基因分型结果 |
2.4 育种核心群组建 |
3 讨论 |
参考文献 |
全文结论 |
创新点 |
致谢 |
攻读博士学位期间发表的论文 |
附录 |
附表一 候选SNP及AS-PCR基因分型引物 |
(5)我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
缩略词说明 |
第一章 绪论 |
1 遗传多样性的概念及畜禽遗传资源保护 |
1.1 遗传多样性的概念 |
1.2 畜禽遗传资源保护 |
1.2.1 畜禽遗传资源保种理论 |
1.2.2 畜禽遗传资源保种方法 |
2 我国地方鸭种起源及品种资源概况 |
2.1 我国地方鸭品种起源与进化 |
2.2 我国地方鸭品种遗传资源概况 |
2.3 地方鸭品种遗传多样性及群体结构研究进展 |
2.3.1 形态水平遗传多样性与群体结构 |
2.3.2 细胞水平遗传多样性与群体结构 |
2.3.3 生化水平遗传多样性与群体结构 |
2.3.4 分子水平遗传多样性与群体结构 |
2.4 SSR标记及其在家禽遗传育种研究中的应用 |
2.4.1 SSR DNA的发现、结构及分布 |
2.4.2 SSR DNA多态性形成的机制及研究方法 |
2.4.3 SSR标记的优点 |
2.4.4 SSR标记研究的方法 |
2.4.5 SSR标记在畜禽遗传育种研究中的应用 |
2.4.6 SSR标记的缺陷与不足 |
2.5 mtDNA的遗传多样性与群体结构分析 |
2.6 系统发育树构建方法 |
2.6.1 非加权组平均法(UPGMA) |
2.6.2 最小二乘法(LS) |
2.6.3 最小进化法(ME) |
2.6.4 邻接法(NJ) |
2.6.5 最大简约法(MP) |
2.6.6 最大似然法(ML) |
2.7 本研究的目的与意义 |
第二章 基于STR分型技术分析我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构 |
1 材料与方法 |
1.1 样本采集 |
1.2 SSR引物选择 |
1.3 主要仪器与试剂 |
1.3.1 主要仪器设备 |
1.3.2 主要试剂 |
1.4 主要溶液的配制 |
1.5 鸭基因组总DNA提取 |
1.6 PCR反应体系及程序的优化 |
1.7 PCR产物检测 |
1.7.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
1.7.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳及硝酸银染色 |
1.8 基于丙烯酰胺凝胶的基因型判定 |
1.9 荧光引物的筛选与组合 |
1.10 多色PCR扩增产物ABI-3730XL DNA Analyzer检测 |
1.11 统计原理与基因型判定方法 |
1.11.1 统计原理 |
1.11.2 基因型判定方法 |
1.12 聚类方法 |
2 结果 |
2.1 基因组DNA的提取 |
2.2 普通PCR扩增产物PAGE电泳检测 |
2.3 筛选的标记引物及其组合 |
2.4 荧光PCR产物的STR分型 |
2.5 所选SSR座位的遗传参数 |
2.6 引物在单个群体中的群体遗传学参数 |
2.6.1 等位基因数 |
2.6.2 多态信息含量 |
2.6.3 杂合度 |
2.6.4 优势等位基因及频率 |
2.6.5 特有等位基因及频率 |
2.6.6 共有等位基因 |
2.7 F统计量 |
2.8 单个群体的遗传学参数分析 |
2.9 遗传距离与其初步应用 |
2.9.1 遗传距离 |
2.9.2 基于遗传距离的聚类分析 |
2.9.3 基于遗传距离的分化时间推测 |
2.9.4 基于遗传距离的杂种优势预测 |
2.10 PCA分析 |
2.11 群体结构分析 |
3 讨论 |
3.1 各群体的样本含量 |
3.2 SSR引物的选择及标记 |
3.3 群体遗传学参数与遗传距离 |
3.4 PCA与Structure程序分析 |
第三章 基于MTDNA D-LOOP区序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构 |
1 材料和方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 mt DNA提取 |
1.2.2 mtDNA D-loop区扩增 |
1.3 统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 mtDNA D-loop区扩增效果及测序结果 |
2.2 鸭mtDNA D-loop区的碱基组成 |
2.3 鸭mtDNAD-loop区遗传结构 |
2.4 鸭mtDNA D-loop区遗传多样性 |
2.5 聚类分析 |
2.6 Network网络图分析 |
3 讨论 |
第四章 基于COI基因序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 mtDNA的提取 |
1.2.2 mtDNA COI基因的扩增 |
1.3 统计分析 |
2 结果 |
2.1 鸭COI基因扩增效果及测序结果 |
2.2 鸭COI基因的碱基组成 |
2.3 鸭COI基因的遗传多样性 |
2.4 聚类分析 |
2.5 Network网络图分析 |
3 讨论 |
第五章 巢湖鸭异地小群保种效果监测 |
1 材料和方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 血样采集与基因组DNA提取 |
1.2.2 SSR引物的选择与数据处理 |
2 结果与分析 |
2.1 荧光PCR扩增产物检测分型结果 |
2.2 保种群体与原产地群体优势等位基因的比较 |
2.3 保种群体与原产地群体He、PIC的比较 |
3 讨论 |
第六章 全文结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
攻读学位期间发表的学术论文目录 |
(6)黑羽番鸭生长发育规律及GH、LPL基因克隆表达与遗传效应研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
主要略缩词中英文对照 |
第一章 文献综述 |
1 番鸭描述与特性介绍 |
1.1 番鸭品种描述 |
1.2 番鸭种质特性 |
1.3 番鸭性状特点 |
2 黑羽番鸭培育进展 |
2.1 黑羽番鸭培育背景 |
2.2 黑羽番鸭培育目标 |
2.3 黑羽番鸭培育已取得的工作进展 |
3 番鸭育种研究进展 |
3.1 早期生长发育规律研究 |
3.2 肉鸭资源的杂交改良 |
4 相关功能基因在水禽育种中的应用 |
4.1 生长激素基因 |
4.2 脂蛋白脂酶基因 |
5 基因筛选技术在水禽育种中的应用 |
6 畜禽经济性状候选基因DNA多态性的检测方法 |
6.1 限制性片段长度多态性(RFLP) |
6.2 扩增片段长度多态性(AFLP) |
6.3 双链构象多态性(PCR-DSCP) |
6.4 单链构象多态性(PCR-SSCP) |
7 分子标记在番鸭中的研究进展 |
8 本研究意义、目标及技术路线 |
8.1 研究意义 |
8.2 研究目标 |
8.3 技术路线 |
第二章 黑羽番鸭的生长发育规律分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验对象 |
1.2 番鸭营养需要 |
1.3 饲养管理 |
1.4 测定内容 |
1.5 体重生长曲线函数 |
1.6 数据处理与统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 黑羽番鸭早期体重测定结果 |
2.2 不同周龄体重之间的相关分析 |
2.3 番鸭日增重变化规律分析 |
2.4 黑羽番鸭第13周龄体尺测定 |
2.5 黑羽番鸭13周龄体尺、体重的相关分析 |
2.6 不同生长曲线模型拟合分析 |
2.7 体重测定与估计值之间的比较 |
3 讨论 |
3.1 早期体重分析 |
3.2 绝对生长速度分析 |
3.3 体重、体尺相关性分析 |
3.4 生长曲线模型拟合分析 |
第三章 黑羽番鸭屠宰性能、肉品质、矿物元素和营养物质含量分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 主要仪器 |
1.3 主要溶液的配制 |
1.4 测定项目与方法 |
1.5 数据分析 |
2 结果 |
2.1 屠宰测定 |
2.2 常规肉品质测定 |
2.3 矿物元素测定 |
2.4 肌肉营养成分测定 |
3 讨论 |
3.1 屠宰测定分析 |
3.2 肉品质测定分析 |
3.3 矿物元素测定分析 |
3.4 肌肉营养物质测定分析 |
第四章 黑羽番鸭GH和LPL基因的克隆与表达分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验对象 |
1.2 主要试剂 |
1.3 主要仪器 |
1.4 主要溶液的配制 |
1.5 引物设计 |
1.6 试验步骤及方法 |
1.7 统计方法 |
2 结果与分析 |
2.1 总RNA完整性检测 |
2.2 GH基因克隆和序列分析 |
2.3 LPL基因克隆和序列分析 |
2.4 GH基因在组织中mRNA表达 |
2.5 LPL基因在组织中mRNA表达 |
3 讨论 |
3.1 GH基因克隆 |
3.2 GH基因在组织中的表达 |
3.3 LPL基因克隆 |
3.4 LPL基因在组织中的表达 |
第五章 黑羽番鸭GH和LPL基因遗传效应分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验对象 |
1.2 主要试剂 |
1.3 主要仪器 |
1.4 主要溶液的配制 |
1.5 引物设计 |
1.6 试验步骤及方法 |
1.7 统计方法 |
2 试验结果与分析 |
2.1 GH基因多态性检测 |
2.2 LPL基因多态性检测 |
3 讨论 |
3.1 PCR-SSCP的影响因素 |
3.2 黑羽番鸭GH基因SNPs及其与生产性能的相关分析 |
3.3 黑羽番鸭LPL基因SNPs及其与生产性能的相关分析 |
结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
攻读学位期间发表的学术论文 |
(7)应用RAPD技术进行白榆种群遗传多样性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
插图和附表清单 |
缩略语表 |
1 引言 |
1.1 遗传多样性研究背景及意义 |
1.2 遗传多样性研究的主要方法 |
1.2.1 形态学标记 |
1.2.2 细胞学标记 |
1.2.3 生化标记 |
1.2.4 分子标记 |
1.2.4.1 RFLP |
1.2.4.2 SSR |
1.2.4.3 RAPD |
1.2.4.4 AFLP |
1.2.4.5 ISSR |
1.2.4.6 SCAR |
1.2.4.7 STS |
1.2.4.8 CAPs |
1.2.4.9 SNP |
1.3 植物种群遗传多样性的度量 |
1.4 白榆研究现状 |
1.5 本研究的目的与意义 |
1.6 技术路线 |
2 材料与方法 |
2.1 实验采集地的自然条件 |
2.1.1 浑善达克沙地自然条件 |
2.1.2 科尔沁沙地自然条件 |
2.1.3 样本采集地概况 |
2.2 实验材料采集 |
2.3 仪器与试剂 |
2.3.1 主要仪器 |
2.3.2 主要实验试剂 |
2.4 试验方法 |
2.4.1 DNA 提取 |
2.4.2 DNA 含量测定 |
2.4.3 RAPD-PCR 反应优化体系的建立 |
2.4.4 引物筛选 |
2.5 数据处理与统计分析 |
2.5.1 数据统计 |
2.5.2 遗传多样性参数分析 |
2.5.3 遗传结构分析 |
2.5.4 聚类分析 |
3 结果分析 |
3.1 DNA 的提取纯化 |
3.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
3.1.2 紫外分光光度检测 |
3.2 RAPD 扩增结果分析 |
3.2.1 RAPD 反应体系的优化与建立 |
3.2.1.1 dNTP 浓度对 RAPD 反应的影响 |
3.2.1.2 模板DNA 浓度对RAPD 反应的影响 |
3.2.1.3 引物浓度对RAPD 反应的影响 |
3.2.1.4 Mg~(2+)浓度对RAPD 反应的影响 |
3.2.1.5 Taq 酶浓度对 RAPD 反应的影响 |
3.2.1.6 退火温度对RAPD 反应的影响 |
3.2.1.7 正交试验 |
3.2.2 RAPD 随机引物的筛选 |
3.2.3 白榆遗传多样性分析 |
3.2.4 白榆种群遗传结构分析 |
3.2.5 白榆种群的遗传一致度和遗传距离 |
4 讨论 |
4.1 RAPD-PCR 最佳反应体系及程序 |
4.2 白榆遗传多样性 |
4.3 白榆种群遗传结构 |
4.4 聚类与分析 |
4.5 资源保护策略和利用 |
4.5.1 白榆种群的遗传改良 |
4.5.2 白榆种群遗传多样性的保护 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
附图 |
作者简介 |
(8)中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一部分 文献综述 |
第一章 鸟类的起源、进化与鹅的起源、驯化 |
1 鸟类的起源与进化 |
1.1 鸟类的起源 |
1.2 鸟类的进化 |
1.3 鸟类的系统分类 |
2 鹅的起源和驯化 |
2.1 国外对鹅起源的研究 |
2.2 鹅的驯化历史 |
2.3 中国对鹅起源的研究 |
2.4 中国的养鹅技艺变迁 |
3 鹅的品种及生产特性 |
3.1 鹅品种分类和分布 |
3.2 世界标准鹅品种简介 |
3.3 中国鹅品种资源 |
第二章 鹅的生物学特性 |
1 鹅的生物学特性 |
1.1 喜水喜干习性 |
1.2 耐寒怕热习性 |
1.3 食性广,耐粗饲 |
1.4 生长速度快,成熟周期短 |
2 鹅的营养和经济价值 |
2.1 肉质好,营养价值高 |
2.2 副产品利用价值高 |
2.3 其他方面 |
第三章 鹅种选育研究进展与应用 |
1 常规选育 |
1.1 地方良种世代选育 |
1.2 不同地方品种杂交 |
1.3 引进外来品种杂交 |
1.4 品系(种)配套发展 |
2 鹅遗传特性的研究与应用 |
2.1 血液生化指标选育 |
2.2 DNA分子标记选育 |
3 常用的DNA分子标记及应用 |
3.1 限制性酶切片段长度多态性标记(RFLP) |
3.2 随机扩增DNA多态性标记(RAPD) |
3.3 扩增片段长度多态性(AFLP) |
3.4 微卫星DNA标记(Microsatellite) |
3.5 SNPs标记 |
参考文献 |
第二部分 研究内容 |
第四章 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星标记 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 主要仪器设备 |
1.3 主要试剂 |
1.4 溶液配制 |
1.5 实验方法 |
1.6 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星引物 |
2 结果与分析 |
2.1 基因组DNA的提取结果 |
2.2 筛选部分微卫星引物PCR扩增结果 |
2.3 微卫星位点测序结果 |
3 讨论 |
3.1 双重抑制PCR技术筛选微卫星标记的优缺点 |
3.2 鹅基因组DNA重复序列分析及双重抑制PCR技术的可行性 |
3.3 微卫星位点的筛选原则 |
第五章 中国地方鹅种遗传多样陛研究 |
1 材料和方法 |
1.1 实验动物及基因组DNA制备 |
1.2 主要仪器设备及主要试剂 |
1.3 实验方法 |
1.4 微卫星引物 |
1.5 PCR扩增 |
1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
1.7 银染 |
1.8 基因型分型 |
1.9 数据统计方法 |
2 结果与分析 |
2.1 微卫星DNA多态性检测 |
2.2 群体内的遗传变异分析 |
2.3 品种间的遗传变异分析 |
2.4 品种间遗传结构和亲缘关系分析 |
3 讨论 |
3.1 鹅微卫星标记在鹅品种中应用条件 |
3.2 中国在地方鹅种微卫星遗传多样性 |
3.3 群体遗传结构与遗传分化 |
3.4 群体间的遗传距离和聚类分析 |
第六章 基于微卫星标记和DNA条形码推断中国鹅种群分化及系统发育 |
1 材料和方法 |
1.1 实验动物及来源 |
1.2 实验方法 |
1.3 目的基因测序 |
1.4 数据处理与系统发生分析 |
2 结果 |
2.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列变异位点分析 |
2.2 中国家鹅群体内单倍型多样度及中性检验 |
2.3 中国家鹅群体内核苷酸多样度(Dx/Dy)、群体间核苷酸分歧度(Dxy)、遗传分化指数(GST)和净遗传距离(Da) |
2.4 鹅种群发育关系研究 |
2.5 微卫星分析结果 |
3 讨论 |
3.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列分析 |
3.2 COⅠ基因在系统发育中的适用性 |
3.3 基于线粒体DNA研究家鹅的遗传分化 |
3.4 家鹅的系统发生分析 |
第七章 江苏地方鹅品种(类群)的系统发育分析 |
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.2 试验方法 |
1.3 数据统计方法 |
2 结果与分析 |
2.1 各微卫星座位的部分扩增结果 |
2.2 等位基因及基因频率分布 |
2.3 各群体微卫星基因座的多态性 |
2.4 群体间遗传变异分析 |
2.5 品种间遗传距离 |
2.6 品种间的聚类分析 |
3 讨论 |
3.1 江苏地方鹅品种等位基因数和等位基因频率 |
3.2 江苏地方鹅品种的遗传多样性 |
3.3 群体系统发生关系分析 |
3.4 地方品种遗传多样性和品种保护 |
参考文献 |
全文总结 |
创新之处 |
攻读学位期间发表及待发表的学术论文 |
致谢 |
(9)巴什拜羊生物学特性及其遗传多样性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一部分 文献综述 |
第一章 国内外家畜遗传资源及遗传多样性 |
1 国内外家畜遗传资源及保护现状 |
2 国内外家畜遗传资源 |
2.1 国外家畜遗传资源 |
2.2 我国家畜遗传资源 |
3 遗传多样性 |
3.1 遗传多样性概述 |
3.2 遗传多样性的内涵及其研究层次 |
3.3 家畜遗传多样性 |
4 遗传多样性研究方法 |
4.1 形态学多样性 |
4.2 细胞水平的多样性 |
4.3 生化多态性 |
4.4 DNA分子标记 |
第二章 绵羊遗传资源现状及遗传多样性 |
1 绵羊在系统分类学中的地位 |
2 绵羊的起源 |
3 我国绵羊品种资源概况 |
4 绵羊遗传多样性研究进展 |
5 巴什拜羊 |
5.1 巴什拜羊的育成历史 |
5.2 巴什拜羊的研究进展 |
5.3 巴什拜羊原产地自然环境 |
5.3.1 地理位置 |
5.3.2 地形地貌 |
5.3.3 气候特征 |
5.4 巴什拜羊的生物学特性 |
5.4.1 巴什拜羊的品种特征 |
5.4.2 生产性能 |
第三章 分子遗传标记的研究进展 |
1 遗传标记的种类 |
1.1 遗传标记概念 |
1.2 分子标记分类 |
1.2.1 第一代分子标记技术 |
1.2.2 第二代分子标记技术 |
1.2.3 第三代分子标记技术 |
第四章 微卫星遗传标记的原理、特点及应用 |
1 微卫星标记的原理 |
2 微卫星标记分析 |
3 微卫星标记的特点 |
3.1 丰富的多态性 |
3.2 微卫星标记的保守性 |
3.3 易检测、重复性好、省时,适于自动化分析 |
4 微卫星在羊遗传育种的应用 |
4.1 构建基因图谱 |
4.2 制作DNA指纹图 |
4.3 定位功能基因和QTL |
4.4 个体及群体亲缘关系的鉴定 |
4.5 杂种优势预测 |
第五章 Callipyge、Leptin基因和SNP研究进展 |
1 Callipyge基因 |
1.1 Callipyge基因的遗传方式 |
1.2 Callipyge基因的印记性 |
1.3 Callipyge基因突变与SNP |
1.4 Callipyge基因的遗传效应 |
1.4.1 Callipyge基因对瘦肉率的影响 |
1.4.2 Callipyge基因对屠宰率的影响 |
1.4.3 Callipyge基因对胴体性状的影响 |
1.4.4 Callipyge基因对肉质的影响 |
1.4.5 Callipyge基因对生长性状的影响 |
2 Leptin基因 |
2.1 Leptin基因结构 |
2.2 Leptin的氨基酸序列 |
2.3 Leptin的生物学作用 |
2.3.1 Leptin与脂肪 |
2.3.2 Leptin与生长和代谢 |
2.3.3 Leptin与生殖和发育 |
2.3.4 Leptin与免疫和造血机能 |
2.3.5 Leptin参与应激反应 |
3 SNP分子标记 |
3.1 PCR-SSCP标记(Single-Strand Conformational Polymorphism) |
本研究的研究目的、意义 |
第二部分 巴什拜羊生物学特性研究 |
第一章 巴什拜羊种质特性的研究 |
1 引言 |
2 巴什拜羊原产地生态环境 |
2.1 地理位置 |
2.2 地形地貌 |
2.3 气候特征 |
2.3.1 气温 |
2.3.2 降水 |
2.3.3 日照 |
3 巴什拜羊的品种特征及特性 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 巴什拜羊外形体质描述 |
3.2.2 各龄巴什拜羊体尺、体重测量鉴定 |
3.2.3 毛色、毛质、毛量 |
3.2.4 生产性能 |
3.3 巴什拜羊的活动行为 |
4 巴什拜羊血液生理生化指标 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 方法 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 巴什拜羊与杂交后代基础生理、血液生理生化指标 |
5 讨论与小结 |
5.1 外形体质与体尺体重 |
5.2 生产性能 |
5.3 生理生化指标 |
5.4 巴什拜羊的活动行为 |
第二章 巴什拜羔羊生长发育规律的研究 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
2.2.1 收集资料 |
2.2.2 数据处理 |
3 结果与分析 |
3.1 羔羊不同生长时期体重、体尺测定结果 |
3.2 羔羊在不同生长阶段体重体尺变化规律的测定结果 |
3.3 生长曲线 |
3.3.1 体重生长曲线 |
3.3.2 体高生长曲线 |
3.3.3 体长生长曲线 |
3.3.4 体胸生长曲线 |
3.3.5 管围生长曲线 |
4 讨论与小结 |
第三章 巴什拜羊产肉性能与肉品质的研究 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
3 结果与分析 |
3.1 32只巴什拜羔羊屠宰实验结果 |
3.2 巴什拜羔羊肉剃肉及成分分析 |
4 讨论与小结 |
第四章 野生盘羊与巴什拜羊杂交效果分析 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
2.2.1 杂交后代羔羊生长发育观察、测定 |
2.2.2 屠宰鉴定 |
3 结果与分析 |
3.1 杂交一代生长发育 |
3.2 回交二代羔羊生长发育 |
3.3 巴什拜羊和各代杂交羊体尺、体重测量结果对比 |
3.4 屠宰性能结果对比 |
3.5 肉成分的结果对比 |
3.5.1 巴什拜羊和杂交后代羊肉常规营养成分 |
3.5.2 巴什拜羊和杂交后代羊肉脂肪酸含量 |
3.5.3 巴什拜羊和杂交后代羊肉微量元素含量 |
3.5.4 巴什拜羊和杂交后代羊肉氨基酸含量 |
4 讨论与小结 |
第三部分 巴什拜羊遗传多样性研究 |
第一章 巴什拜羊形态多样性 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
2.2.1 选配实验及观察收集资料方法 |
2.2.2 什拜羊毛色的遗传 |
2.2.3 什拜羊角形的遗传 |
2.2.4 什拜羊白脸性状的遗传 |
3 结果与分析 |
3.1 巴什拜羊毛色遗传结果 |
3.2 不同毛色巴什拜羊体尺、体重差异分析 |
3.3 巴什拜羊角形遗传结果 |
4 讨论与小结 |
4.1 毛色 |
4.2 角形 |
第二章 巴什拜羊细胞遗传多态性 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 试验羊 |
2.1.2 药品和仪器设备 |
2.2 方法 |
2.2.1 主要药品配制 |
2.2.2 染色体标本的制备 |
2.2.3 染色体核型分析 |
3 结果与分析 |
3.1 染色体多态性分析 |
3.2 染色体核型分析 |
3.2.1 不同品种染色体核型图片 |
3.2.2 染色体的相对长度 |
3.2.3 染色体着丝粒指数及臂比值 |
3.2.4 什拜羊部分染色体变异 |
4 讨论与小结 |
第三章 巴什拜羊生化遗传多态性分析 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 试验羊和来源 |
2.1.2 实验仪器和设备 |
2.2 方法 |
3 结果与分析 |
3.1 LDH同工酶的多态性 |
3.2 Es和LDH与巴什拜羊体重之间的相关性分析 |
3.3 巴什拜羊其它血清蛋白多态性分析 |
4 讨论与小结 |
4.1 同工酶 |
4.2 血清蛋白 |
第四章 巴什拜羊微卫星座位多态性分析 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验羊样品及性状记录 |
2.1.2 主要仪器设备 |
2.1.3 试验药品及试剂 |
2.1.4 常规溶液及试剂配制 |
2.1.5 分析软件 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 DNA的提取 |
2.2.2 基因组DNA质量及浓度检测 |
2.2.3 PCR扩增 |
2.2.4 PCR扩增产物检测 |
2.2.5 微卫星位点PCR产物的聚丙烯酰胺凝胶制备、电泳和染色 |
2.2.6 带型分析 |
3 数据统计分析 |
3.1 等位基因频率(Allele frequency) |
3.2 有效等位基因数(Effective number of alleles,E) |
3.3 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
3.4 群体杂合度(Heterozygosity,H) |
3.5 群体间遗传距离(Genetic Distance,DA) |
3.6 F-统计量 |
3.7 基因流 |
3.8 聚类分析 |
4 试验结果与分析 |
4.1 基因组DNA的提取效果及微卫星PCR产物的电泳结果 |
4.1.1 基因组DNA的提取效果 |
4.1.2 微卫星PCR扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱 |
4.2 等位基因及基因频率 |
4.3 个绵羊品系微卫星位点的群体遗传特性 |
4.4 品系间遗传变异分析 |
4.4.1 F-统计量与基因流 |
4.4.2 群体间遗传距离和系统发生关系 |
5 讨论 |
5.1 关于抽样和样本含量 |
5.2 微卫星座位的选择 |
5.3 关于基因型判断的问题 |
5.4 关于群体遗传多样性分析 |
5.5 群体间遗传分化和系统发育关系 |
5.5.1 基因分化系数与基因流 |
5.5.2 聚类分析 |
6 小结 |
第五章 微卫星标记与体重、体尺的相关性 |
1 引言 |
2 材料与方法(同四章) |
3 数据统计分析 |
4 结果与分析 |
4.1 体重与体尺性状之间的相关性 |
4.2 各微卫星位点对生产性能的影响 |
4.3 各微卫星标记对不同基因型个体间的分析 |
5 讨论 |
5.1 关于微卫星标记对生产性能的影响 |
5.2 关于微卫星标记基因型与体重、体尺的相关性 |
6 小结 |
第六章 巴什拜羊Callipyge基因和Leptin基因的PCR-SSCP检测 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.1.1 有关试剂和溶液的配制 |
2.1.2 数据分析软件 |
3 试验方法 |
3.1 基因组DNA的提取(同四章) |
3.2 引物设计 |
3.3 目的片段检测 |
3.3.1 PCR反应体系和扩增条件 |
3.3.2 PCR-SSCP检测 |
3.4 数据分析 |
3.4.1 基因型频率(Genotypic Frequency)(同四章) |
3.4.2 等位基因频率(Allele Frequencies)(同四章) |
3.4.3 杂合度(Heterozygosity,H)(同四章) |
3.4.4 有效等位基因数(Effective Number of Alleles,Ne)(同四章) |
3.4.5 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)(同四章) |
4 结果与分析 |
4.1 基因组DNA的检测结果 |
4.2 PCR产物结果 |
4.3 PCR-SSCP结果 |
4.3.1 基因多态性分析 |
4.4 品系间遗传变异分析 |
4.4.1 F-统计量与基因流 |
5 讨论与小结 |
全文结论 |
创新点 |
发表的论文 |
参考文献 |
致谢 |
(10)山麻鸭产蛋性能三个候选基因的多态性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1 繁殖性状的候选基因研究进展 |
1.1 常见的候选基因的研究进展 |
1.2 本文研究的三个候选基因的研究进展 |
1.2.1 催乳素受体(PRLR) |
1.2.2 催乳素(PRL) |
1.2.3 类胰岛素样生长因子(IGFs) |
2 遗传标记 |
2.1 遗传标记的定义 |
2.2 遗传标记的类型 |
2.2.1 形态学标记 |
2.2.2 细胞学标记 |
2.2.3 生物化学标记 |
2.2.4 免疫学标记 |
2.2.5 分子标记 |
3 PCR-SSCP 技术的发展 |
3.1 PCR-SSCP 的基本步骤 |
3.2 PCR-SSCP 发展历程 |
3.3 SSCP 注意的事项 |
4 本研究的目的和意义 |
第二章 实验部分 |
第一部分 材料与方法 |
1 实验材料 |
1.1 实验动物的来源 |
1.2 采样 |
2 主要仪器设备及实验所需的试剂、药品来源及其配制步骤 |
2.1 主要仪器设备 |
2.2 主要试剂药品及来源 |
2.3 分析工具软件 |
2.4 常用试剂的配制 |
3 实验具体方法与步骤 |
3.1 血液 DNA 提取 |
3.2 禽血基因组 DNA 浓度和纯度的检测 |
3.3 琼脂糖凝胶电泳检测 |
3.4 PRL、PRLR、IGF-1 三个基因的引物合成以及 PCR 扩增 |
3.5 山麻鸭三个基因的 SSCP 分析操作步骤 |
3.6 DNA 测序 |
3.7 统计和分析 |
第二部分 结果与分析 |
1 DNA 的提取 |
2 PCR-SSCP 多态性检测结果 |
2.1 PRLR-e10 基因多态性检测结果 |
2.2 PRL 基因的多态性检测结果 |
2.3 IGF-1 多态性检测结果 |
2.3.1 IGF-1 5′UTR |
2.3.2 IGF-1 侧翼1 |
3 Hardy-Weinberg 平衡检验 |
4 多态位点与山麻鸭产蛋数的相关性分析 |
第三部分 讨论 |
1 PCR-SSCP 影响因素的讨论 |
1.1 PAGE 胶电泳时的影响因素 |
1.2 影响 PAGE 胶银染效果因素 |
2 三个基因突变及分布情况的检验 |
2.1 基因型频率 |
2.2 测序结果 |
2.3 杂合度与多态信息含量 |
3 Hardy-Weinberg 平衡的讨论 |
4 基因多态性与山麻鸭产蛋的相关性 |
第四部分 结论 |
参考文献 |
致谢 |
附表 |
四、遗传标记在水禽育种中的应用(论文参考文献)
- [1]我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定[D]. 王统苗. 扬州大学, 2020
- [2]黑番鸭卵巢组织mRNA差异表达与产蛋性状关联分析研究[D]. 张杉杉. 西北农林科技大学, 2019(02)
- [3]西南地区野生菰种质资源遗传多样性与遗传结构分析[D]. 黄雪雯. 江西财经大学, 2016(06)
- [4]鹅产蛋性能相关遗传变异的全基因组发掘及候选基因研究[D]. 喻世刚. 南京农业大学, 2015(05)
- [5]我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构分析[D]. 张扬. 扬州大学, 2014(01)
- [6]黑羽番鸭生长发育规律及GH、LPL基因克隆表达与遗传效应研究[D]. 吉文林. 扬州大学, 2013(04)
- [7]应用RAPD技术进行白榆种群遗传多样性研究[D]. 昭日格. 内蒙古农业大学, 2011(12)
- [8]中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究[D]. 杜文兴. 南京农业大学, 2011(06)
- [9]巴什拜羊生物学特性及其遗传多样性研究[D]. 决肯·阿尼瓦什. 南京农业大学, 2010(06)
- [10]山麻鸭产蛋性能三个候选基因的多态性研究[D]. 黄慧蓉. 福建农林大学, 2010(04)